土方歲三回到江戶之後，痛感舊式刀槍已然過時，如今已經是洋式軍備的時代。但是，身為效忠於江戶幕府的新選組，明知不敵，也要繼續為幕府而戰。在幕府重臣勝海舟的指令下，土方歲三與近藤勇將新選組殘餘隊員改組為甲陽鎮撫隊，並率領甲陽鎮撫隊一路開往甲斐（現山梨縣），試圖阻攔步步緊逼的新政府軍。
敵眾我寡，舊式刀槍也難敵新式軍備，不出意外甲陽鎮撫隊再次敗下陣來。土方見戰事吃緊，曾懇請江戶幕府派遣援軍，但幕府不為所動，任憑甲陽苦苦支撐。
土方歲三雖然機智過人，卻何曾想到鎮撫隊本來就是幕府高官勝海舟和新政府談判的棋子，他們的死活從未被幕府放在心上。
慶應四年4月3日，近藤勇被擒被審問後就判了斬首刑。
土方歲三前往江戶懇請勝海舟聯係新政府，救近藤勇一命，但勝海舟不為所動。
4月11日，勝海舟與東征大總督府參謀西鄉隆盛的努力終於奏效，江戶城無血開城。新政府軍與幕府軍避免了正麵衝突，江戶城得以保全，沒有化為一片火海，勝海舟等幕府高官鹹與維新，都搖身一變，成為新政府的官員。
而4月25日，曾經為江戶幕府出生入死的近藤勇於板橋刑場執行斬首刑，土方痛失多年的夥伴。
就這樣與新政府結下了血海深仇的土方歲三率領部分隊員前往會津，與堅持作戰的原幕府步兵奉行大鳥圭介的舊幕府軍聯合。
新政府依逐漸向北進攻，土方歲三一邊堅持反抗，一邊向更北方行進。在仙台，土方歲三遇見了原幕府海軍副總裁本武揚。在江戶無血開城之後，新政府要求幕府交出所有軍艦，但幕府海軍副總裁本武揚不甘心幕府就此滅亡，暗自聯係拒絕支持新政府的東北諸藩，私自率領最新型軍艦“開陽丸”等8艘軍艦，帶著同情幕府的法國人顧問離開江戶，途徑會津藩來到仙台。
土方歲三與本武揚目標一致，一拍即合，便帶著手下乘軍艦來到北海道。當時全國的大部分藩國都已經向新政府表示了臣服，土方歲三決意抵抗到底。