所謂“利瑪竇規矩”，其實是利瑪竇的傳教策略和方式。
利瑪竇總結了沙勿略、範禮安、羅明堅等前輩在中國傳教的經驗教訓。認識到，想要使天主教傳入中國，首先應該使天主教教義本土化。即使天主教教義與中國傳統儒家學說相結合，也就是所謂的“合儒”、“補儒”、“趨儒”。
利瑪竇知道，想要在大明廣傳聖教，要麼得到皇帝的支持，要麼得到士大夫群體的支持，至少不能讓這兩方都厭惡天主教的傳教活動。為此，他不惜修改教規，以聖經附會四書五經。
比之前輩，利瑪竇的高明之處在於，他對中國有更深刻的觀察和領悟。他明白，中國的世界觀或者是意識形態是全麵的，是一個包括科學、技術、倫理、哲學的有機體。要使得天主教教義為中國接受，必須使它成為中國文化的一個組成部分，即進行天主教的“中國化”。
利瑪竇身體力行，從生活方式、觀念及表達方式、道德規範、禮儀祭祀等四個方麵推行天主教的“中國化”。
利瑪竇認可中國教徒祭天、祭祖、祭孔的習俗。在他看來，中國人所謂的“天”和“上帝”本質上與天主教所說的“唯一真神”沒有分彆，隻是在表述上有所不同，故祭天本身就是在祭拜上帝。而祭祖與祭孔，這些隻屬緬懷先人與敬仰哲人的儀式，與信仰也沒有什麼乾涉，本質上並沒有違反天主教教義。
他花了將近十年的時間，用中文撰寫了一本名為《天主實義》著作。他撰寫此書的目的自然是為了宣揚天主教教義。但在此書中，他又處處注意教義與儒家思想的協調。比如利瑪竇特地援引儒家經典中的字句，論證西方的“真神”就是中國的“上帝”。說：吾天主，乃古經書所稱上帝。
又比如，他把基督概念中的“愛”與儒家概念中的“仁”等同起來。說，在真正的友誼中，對待彆人應當像對待自己一樣......
這樣的創新與突破，使得他的傳教活動得到了瞿太素、馮應京、徐光啟、李之藻、楊廷筠等名士的熱烈響應。也使他能夠破天荒地進入北京，在北京立足，直至病逝並葬於北京。
利瑪竇在世時，龍華民一直遵從“利瑪竇規矩”，從未在任何場合表現出對於該規矩的反對。在利瑪竇及其他中外耶穌會士看來，他就是“利瑪竇規矩”最忠誠的擁躉。
但萬曆三十八年利瑪竇去世之後，接掌教務的新任會長立刻改弦易轍。他首先宣布廢除“天”、“上帝”、“天主”、“靈魂”等詞，一律采用譯音，將Deus譯為“陡斯”。
其次。他宣布中國人祭天、祭祖、祭孔的傳統與教義相悖，宣稱真正的聖教教徒不應該繼續進行這些富有迷信、崇拜要素的活動。
“禮儀之爭”由此肇始。
禮儀之爭最直接的結果就是在華耶穌會內部爆發了嚴重的分歧。以龍華民為首的澳門總會，與兩京路線上的各分會展開了長達數年的論戰。
支持“利瑪竇規矩”的人較多，並以故去的利瑪竇為精神領袖，但他們卻沒有一個真正的領袖。反對“利瑪竇規矩”的人雖少，但龍華民卻是實打實的耶穌會現任會長。
兩方論來論去，始終沒能達成一致意見。為避免分歧演化成分裂，兩方決定讓返回歐洲彙報教務的金尼閣將此問題提交羅馬教廷決定。
教廷是教事的絕對權威，隻要教宗就此事頒布詔諭，無論結果如何另一方都將無話可說。
但在教廷的詔諭到達之前，皇帝的聖旨卻先一步宣告了傳教事業的死刑。
萬曆四十四年，禮部侍郎署南京禮部尚書沈?三次參奏在華耶穌會傳教士與白蓮教有染。
這次攻擊絕非無的放矢。沈?正是看到了龍華民的改弦易轍以及耶穌會內部動蕩，才發起了進攻。他判斷，此時的皇帝必然不會像利瑪竇在世時那樣袒護耶穌會。
五月、七月、十二月，沈?三上《參遠夷疏》，並得到內閣首輔方從哲及閣臣吳道南的支持。方從哲入場“南京教案”不是對沈?的雪中送炭，而是錦上添花。首輔大人正是算準了皇帝的心思，才順水推舟地幫了老鄉沈?一把。
首輔的支持就像是風向標，原本中立的或是偏向耶穌會的大小官員全部轉向，如洪水般朝耶穌會撲來。徐光啟、楊廷筠等支持者獨木難支。
皇帝被說動了：既然爾等視“三祭”為邪祀，認為“唯一真神”並非“昊天上帝”而另為他物。那爾等就滾出大明的地界，朕不殺爾等已是額外開恩。
萬曆四十四年十二月二十八日，神宗罕見地下旨表態：王豐肅等人“立教惑眾，蓄謀叵測。”，交由廣東督撫驅逐出境；龐迪俄等在京參與修曆的教士也勒令遣返。
至此，南北兩京的西洋傳教士全部被驅逐出境。
龍華民固執地相信，耶穌會之所以受到教案的打擊，是因為朝內的聲量不夠。但他沒有或者不願意識到的事情是，本次打擊不止是朝內聲量大不大的問題，更是他自己犯了右的錯誤。
經過南京教案的重大打擊，耶穌會內部普遍認為龍華民的傳教方式存在問題，認為“利瑪竇規矩”不應被廢止。這給了龍華民巨大的壓力。
但耶穌會又不搞元老院式的貴族共和，理論上能夠任免會長的隻有遠在歐洲的教廷。利瑪竇也是得了教廷的授權才能在臨終時任命龍華民為會長。
萬曆四十六年三月，教廷的詔諭姍姍來遲，但沒有任何意義。
教宗保祿五世此時正努力維持哈布斯堡王朝和法蘭西波旁王朝之間的和平，企圖再次組織十字軍進攻奧斯曼帝國。根本沒有額外的精力組織教廷討論遠東地區的傳教問題。
所以教宗隻是同意了沒有爭議的《聖經》翻譯問題，並恩賜金尼閣一係列圖書，讓他帶回大明。
金尼閣帶回的消息並沒有彌合耶穌會內部的分歧。萬曆四十八年，神宗駕崩前一個月，郭居靜返回澳門，決定就“利瑪竇規矩”的問題與龍華民展開最後的談判。
他已下定決心，如果這次談判仍然無法勸服龍華民，那麼他永遠離開澳門總會，去杭州，去他與利瑪竇臨彆前約定的相會地點過完自己的餘生。
但就在談判陷入僵持之際，廣東香山縣縣衙帶著禮部的函件，來到了澳門耶穌會總會，聖保祿教堂。
禮部的邀請函和徐光啟的私人信件讓龍華民堅信，並非是自己“撥亂反正”的行為觸怒了皇帝，而是在朝聲量不夠。隻要加大力度支持徐光啟，並發掘其他心向聖教的朝廷重臣，就能夠左右皇帝的意誌。既然當年利瑪竇能憑借自鳴鐘獲得萬曆皇帝的青睞，那他龍華民帶著價值遠超當年的貢物，又何愁不能贏得新君的賞識呢？
但郭居靜卻認為，這是皇帝給耶穌會最後的機會，如果龍華民一意孤行，再在中國教徒中間搞什麼“反孔”、“反儒”、“反傳統”，一定會丟掉這個天賜的機會。
看著借酒意拍案而起的郭居靜，徐光啟的嘴角泛起一絲笑意。他眼角的餘光飄向屏風，似在欣賞上麵的錦繡花紋。
徐光啟舉起酒杯，朝著紫禁城的方向微微一敬。心想：聽仔細了錦衣衛們，把這些對話傳到皇上那裡去吧。