"蛟龍"號作為一艘專用艦隊指揮艦，其優良性能突出表現在強大的指揮控製功能上。
"海軍指揮控製係統(NCCS)"由"艦隊指揮中心(FCC)"和"旗艦指揮中心(TFCC)"共同組成、
"艦隊指揮中心"是設在岸上的陸基指揮所，"旗艦指揮中心"就是象"蛟龍"號這樣的，位於作戰海域的海上指揮控製艦。
在具體的作戰指揮中.設在北海港的"艦隊指揮中心"將各種作戰指令、作戰海域的海洋監視情報、敵情威脅及作戰海域的環境數據發送到"旗艦指揮中心"，經過處理之後分送各個指揮位置和作戰部隊。
與此同時，"旗艦指揮中心"還會不斷收到各部隊關於自身狀況、作戰行動海域的海洋監視情報及作戰任務的進展情況的報告，這些信息經過彙總處理之後，將報告"艦隊指揮中心"。
由此可見，在海上作戰指揮中，"蛟龍"號處於中心環節。起著承上啟下的重要作用。"蛟龍"號上的"旗艦指揮中心"是一個大型綜合通信及信息處理係統，它同70多台發信機和100多台收信機連接在一起，同三組衛星通信裝置相通，可以每秒3000次的速度同外界進行信息交流。
接收的全部密碼可自動進行翻譯，通過艦內自動裝置將譯出
的電文送到指揮人員手中，同時可將這些信息存儲在綜合情報中心的計算機中。"蛟龍"號的這種信息收發處理能力，在世界所有艦兩棲指揮艦中都是首屈一指的。
蛟龍號上共有七個主要指揮區域：指揮部門--旗艦指揮中心，它是指揮員日常工作的艙室，在實施兩棲作戰時又叫兩棲登陸部隊指揮艙。它的主要作用是對兩棲作戰中的對空、反潛、反艦兵力及航渡中的登陸編隊實施指揮。艙內設有13部TA一980U衛星電話終端，兩個1.1×1.1米的正方形戰術顯示屏，隨時顯示整個艦隊的位置和活動情況。
登陸部隊指揮艙它是登陸部隊指揮員的指揮位置，艙內設有海軍戰術數據係統終端、兩棲支援信息係統終端和海軍情報處理係統終端。登陸部隊指揮員使用這些設施掌握登陸作戰的進展情況，對先頭部隊的作戰行動及後勤保障提供支援。
對海作戰指揮中心主要用於指揮航空母艦編隊和其它作戰編隊實施對海作戰，裝備有戰術數據係統終端和戰術顯示屏。
反潛戰中心同對海作戰指揮中心設在同一艙室內，主要用於指揮艦隊及潛艇實施反潛作戰，傳遞反潛戰信息。
登陸部隊火控中心負責協調艦隊內火力分配，對兩棲作戰提供支援，登陸作戰初期對登陸地段進行航空火力和艦炮火力支援，部隊搶灘作戰時對敵灘頭火力進行壓製，登陸部隊向縱深推進時實施延伸火力支援。
作戰情報中心設有由各類顯示屏、標圖板、通信設備、終端機組成的8部顯控台，包括空中攔截控製台、空中優劣形勢控製台、戰術係統顯示台、威脅判斷顯控台、武器協調顯控台等。
綜合通信中心設有200多個控製台，協調控製200餘種收發信裝置，保障艦隊與陸上指揮部及艦隊下屬各作戰部隊的通信。
藍嶺號兩棲指揮艦