明崇禎二年公元1629年明毅宗召見明內閣首輔：韓爌、明武英殿大學士：李標、明吏部尚書：王永光、明都察院左都禦史：曹於汴，等大臣前來文華殿諭定（閹黨：魏忠賢，逆案），誰知明內閣首輔等大臣不願樹敵太多，就僅定了40人交給明毅宗查看。
但明毅宗很不高興就命南北鎮撫司錦衣衛，拿出證據將魏忠賢的黨羽們統統羅列出來交由內閣定罪，明太子太傅：崔呈秀，等五虎以〖首逆同謀罪〗當斬、明都察院右僉都禦史：劉誌選，等以〖交結近侍罪〗應斬限秋後處決、明太子太師：魏廣微，等11人與明東廠都督僉事：魏誌德，等35人被罰充軍罪，明蘇杭織造太監：李實，等以交結近侍又次等罪充軍、明禮部尚書：顧秉謙，等129人以〖交結近侍減等罪〗坐牢三年贖為民、明吏部尚書：黃立極，等44人被革職查辦，明毅宗還下令廢除（東廠）以南北鎮撫司代替。
同時明薊遼督師回去之後就頒發了東江鎮3千5百75人的軍餉，其中軍官每人3兩至5兩、士兵每人1錢，隨後命令明東江總兵今後旅順衛以東公文用東江總兵印、以西公文用遼東督師印，還製定了東江鎮營的鎮江城、旅順衛，歸複遼東都司管轄被明東江總兵拒絕。
之後明薊遼督師就親自來到東江鎮，各兵列隊登岸迎接就連明東江總兵也出迎，他站在岸邊歡笑著並詢問道“不知袁督師大人，打算何時出兵啊？”誰知明薊遼督師回答道“明日即可出兵北伐。”剛說完就悄悄地讓明先鋒參將：謝叁，帶兵圍繞在二位大人身邊擋住東江明軍。
然後明薊遼督師就問道“自我任命督師以來人人服我，唯獨你不從？念你有功我不怪你！”話音剛落還沒等明東江總兵反應過來，明先鋒參將就讓伏兵按住明東江總兵開始摘去朝冠脫去朝服，而明東江總兵依舊繼續反抗。
此時明薊遼督師就列出十二條罪名既；大將在外，必命文臣監。爾專製一方，軍馬錢糧不受核，一當斬。（監軍是祖製毛文龍是得到皇帝批準的，而且軍馬方麵也向朝廷訴說過是合法的，這條屬於強加之罪！）、人臣之罪，莫大欺君。爾奏報儘欺罔，殺降人難民冒功，二當斬。（檢查首級本就是袁崇煥當時所做之事，這條完全就是汙蔑！）、人臣無將，將則必誅，爾奏有牧馬登州衛取南直隸易如反掌語，大逆不道，三當斬。（這條不過是毛文龍的誘敵之計而且得到朝廷認可的，倒是袁崇煥私自與後金議和沒有彙報朝廷！）。
每歲餉銀數十萬不以給兵，月止散米三鬥有半，侵盜軍糧，四當斬（袁崇煥自己封鎖東江鎮八個月不給錢糧物資，還說毛文龍有餉銀完全就是誣告！反倒是袁崇煥私吞了朝廷給林丹汗的賞賜，估計林丹汗被後金打敗就是因為這個原因？）、擅開馬市於皮島，私通外番，五當斬。（毛文龍開馬市，是得到先帝明熹宗批準，新帝明毅宗也沒說什麼，況且東江鎮有幾十萬難民，卻隻發幾萬人的糧餉，不想辦法能行嗎？反倒是袁崇煥違命資敵，賣糧食給漠南蒙古，要知道當時漠南蒙古可是後金的附屬國，相當於直接奈糧食給小冰期時代的後金軍，《明史記事本末補遺》有載。）、部將數千人悉冒己姓，副將以下濫給劄付千，走卒、輿夫儘金緋，六當斬。（家丁製度不是崇禎朝興的連天啟朝都不是，主將養私兵早就成例了，而且毛文龍死後核定兵員，袁崇煥還要求增加餉銀！另外袁崇煥殺了毛文龍，也沒見東江鎮明軍有什麼異動，倒是袁崇煥一下獄關寧軍祖大壽就跑了，這樣看來關寧軍的表現才更像私兵！）。
自寧遠衛還，剽掠商船，自為盜賊，七當斬。（駐守東江鎮八年來朝庭的餉銀不夠用，就隻能靠自己作生意賺點錢養兵民，至於搶盜商船最多也是個彆將領，怪不得毛文龍！）、強娶民間女子，不知紀極，部下效尤，人不安室，八當斬。（自古以來男女之事最難說，毛文龍強取民女有何證據？袁崇煥說毛文龍私自娶部下的女兒為妾？但袁崇煥也在前線納小妾，不也同樣犯罪了嗎？）、驅難民遠竊人參，不從則餓死，島上白骨如莽，九當斬。（朝庭給的餉銀，連毛文龍死後哭喪的費用都不夠！而且東江鎮難民居多軍隊也時常餓肚子，不作生意能活嗎？最主要的是袁崇煥斷了糧、禁了海，不想辦法就這樣活活餓死！）。
輦金京師，拜魏忠賢為父，塑冕旒像於島中，十當斬。（當時朝廷官冊可沒記載有任何關於毛文龍給魏忠賢修生祠的事，他袁大人又在哪個島上看見魏忠賢的塑像了？完全就是睜眼說瞎話的汙蔑，反倒是袁崇煥在魏忠賢當政時，就曾上書請修生祠可是朝廷人儘皆知之事鐵證如山，甚至還拍魏忠賢的馬屁拍上天了。）、鐵山之敗，喪軍無算，掩敗為功，十一當斬。（相對的袁崇煥打的『寧遠衛大捷』覺華島7千明軍和商民7千人都被後金軍殺戮，糧料8萬餘石和船2千餘艘都被後金軍焚燒，主島作為明帝國關外的後勤基地都被後金軍摧毀了！袁崇煥還不是厚著臉說是明軍大捷？）。
開鎮八年，不得寸土，觀望養敵，十二當斬。（真要寸土不複？敢問東江鎮怎麼來的？觀望養敵？彆的先不說天啟七年公元1627年6月皇太極攻打寧遠衛、廣寧中屯衛之時，毛文龍襲擊昌城堡、遼陽衛，迫使後金軍再次回師，戰後袁崇煥還上奏朝廷替毛文龍請功，現在又說人家寸土沒有收複？自相矛盾！）。並對東江鎮各官員說道“毛文龍如此罪行該不該殺？”實際上隻是借口，由於明薊遼督師：袁崇煥，帶來的兵力比較多又加上東江鎮明軍們都知道，袁崇煥胡說八道亂加罪證在毛總兵身上，故此東江鎮明軍才沒有反駁也不敢反抗隻得低下頭默默地傷心！明水營都司：趙不歧，就讓明旗牌官：張國柄，拿出尚方劍斬殺明東江總兵：毛文龍，於帳前（可歎一代大明武將就這樣被殺！）。