8月初9日，南直隸鳳陽行都督府泗州以及泗州衛大水，淹沒衛指揮所公署三尺深，溺死軍民無數，且浸及鳳陽行都督府祖陵〈孝陵衛〉。
為此明工部尚書：曾同亨，奏報此事上朝堂惹得群臣們議論紛紛，明神宗遂命明工科給事中：張貞觀，前往鳳陽行都督府泗州衛勘視水勢。
9月12日，河套打兒漢子部首領：土昧，與河套永謝部首領：唐兀·明安，打算向朝廷提出互市請求，複開臨邊要賞，聲犯內地以求赦書。
這引起了坐鎮在陝西承宣布政使司的，明兵部尚書兼陝西三邊總督：魏學曾，的注意他特地傳令讓，明延綏總鎮總兵：杜桐，率軍出擊斬殺河套永謝部首領。
很快明延綏總鎮總兵：杜桐，就與明延綏總鎮巡撫：賈仁元，用計先出兵奇襲河套永謝部逼出首領追擊。
在讓明榆林衛右參將：張剛，出延綏總鎮鎮羌守禦千戶所神木縣，明鎮羌守禦千戶所遊擊將軍：李紹祖，自延綏總鎮孤山堡出擊，主力方麵由明延綏總鎮總兵：杜桐，率領輕騎自延綏總鎮榆林衛，三道並進夾擊敵寇。
明軍一遭遇到河套永謝部就力戰，大破敵軍斬首四百七十三人，河套永謝部首領：唐兀·明安，被明軍火銃隊射殺。
消息傳開之後，河套部駐紮的漠南蒙古各部就像炸開了鍋一樣，以原大明襖兒都指揮使司，現今河套鄂爾多斯部為主打頭陣，打算對明軍進行報複，自此陝西承宣布政使司兵端複開。
河套永謝部首領之子：唐兀·擺言太，日思報複大明，打算聯合明襖兒都指揮同知：孛兒隻斤·卜失兔（大明順義郡王兼漠南蒙古土默特部首領：孛兒隻斤·扯力克，長子）、漠南蒙古多羅土蠻部首領：孛兒隻斤·火落赤、河套鄂爾多斯部忙忽軍民千戶：壘青古拉齊（鐵雷）、河套鄂爾多斯部萬戶兼吉能：孛兒隻斤·諾延達喇，河套鄂爾多斯部幹魯忽奴千戶：孛兒隻斤·切儘黃台吉、漠南蒙古敖漢部首領：孛兒隻斤·小歹青，等部進攻大明帝國。
導致明延綏總鎮總兵：杜桐，先是被朝臣給彈劾罷免，後又以功勞，授封為「右軍都督府都督僉事」。
10月初1日，明工部尚書：曾同亨，督工，請「清皇內府工匠」由其弟明光祿寺少卿：曾乾享，上疏請求；裁冗員以裕經費。
京營各路武官聽信流言，誤以為欲減其俸糧，共同起事擁兵從內城直入左右長安門，欲向皇城內的內閣群臣們控訴情況，恰好偶遇明工部尚書出朝至此，遂鬨嚷大嘩圍而辱之。
明兵部尚書：石星，聞訊立即前往，傳旨宣布解散鬨事京營武將，並且懲罰掌管後軍都督府事的明太子太保兼定國公：徐文璧，被奪俸半年，守門官由法司提審問罪。
同時明遼東總鎮總兵兼寧遠伯：李成梁，隨著他官場的不斷發展，為越發變得貴極而驕，奢侈無度，全遼的商民之利他都攬入自己名下，從此他結交權門和朝廷的官員。
在11月初9日，被明都察院山東道監察禦史：張鶴鳴，給彈劾，不成想明神宗直接就罷免了李成梁在遼東都指揮使司的職務，僅僅以大明寧遠伯的身份讓李成梁來朝覲見。
之前明寧遠伯：李成梁，在遼東都指揮使司的時候，所立的戰功大多數都是在塞外，很容易緣飾真實情況。
如果敵寇進入內地，就以堅城清野作為依托，擁兵觀望形勢然後出擊，甚至可以掩飾敗績變為功勞，殺良民冒充敵軍的首級，也是常有之事！
導致閣部的官員們都被他所蒙蔽，總督、巡撫、監察禦史，稍微有與他忤逆的意思，就被他排擠出去，以至於都不能檢舉他的不法行徑。
先後有明遼東巡按兼都察院山西道監察禦史：陳登雲、明都察院河南道監察禦史：許守恩，得到了他殺降冒功的罪證，想要上奏，卻被明遼東巡撫兼都察院右僉都禦史：李鬆、明都察院右副都禦史：顧養謙，等人的阻止。