卯時四刻，倭軍開始攻城，由於隻有一麵可以入城，因此倭軍大部隊無法展開，隻能分成十餘隊輪流攻擊。
這下正中了李氏朝鮮全羅左右道巡察使的分兵之計，李氏朝鮮軍隊將一切能找得到的火力聚集到倭軍攻擊的方向，弓弩火矢、火箭車、投石車、地字號炮，等等一齊上陣，居高臨下，準備給予倭軍迎頭痛擊。
先後打退了倭軍九次進攻，幾路倭軍兵團上陣都吃了大虧，讓幕府左近衛權中將感到不可思議！但也讓李氏朝鮮守軍們收到重創，在激戰一下午之後李氏朝鮮兵馬僉節製使趕到得到增援。
也迫使了幕府不得不暫退一時，戰後由於兵力不足難以堅持，便決定不讓倭軍再次前來占領這個據點，下令摧毀掉城堡撤兵。
2月14日，跟隨入李氏朝鮮王國作戰的明南鎮撫司錦衣衛指揮使：史世用，派出的南鎮撫司錦衣衛隊偵查，得到情報稱；李氏朝鮮京畿右道漢城府王京內，有倭軍二十萬人，且聲言幕府關白：豐臣秀吉，欲要親自出征李氏朝鮮王國？
為此明東征提督當即下令諸將們，分布在各處要害之地，扼守大同江等處，又得知幕府兵庫小允：平秀嘉，占據了京畿右道竹山都護府龍山縣，囤積倉米數十萬石，而龍山大倉本為李氏朝鮮王國的大倉，裡麵囤積了李氏朝鮮王國數十年的糧食。
在京畿右道漢城府被倭軍占領後，龍山大倉就成為了漢城府倭軍的軍糧庫，後來倭軍運來的糧食都存放於此地。
明東征提督得到了這一情報後，即刻密令明遼東總鎮右副總兵：查大受，明禦倭副總兵：李如梅，率領敢死隊7百名勇士，深夜奇襲龍山大倉。
十三座大倉，數十萬石糧食，一夜之間儘被焚燒得乾乾淨淨，軍糧一失讓李氏朝鮮王國半島的倭軍們全線進入被動狀態，陷入到了前所未有的困境之中
倭軍不得已，於4月18日徹底搜刮不到糧食之後，商議決定撤離京畿右道漢城府王京，退守尚慶左道慶州府釜山浦地區。
在侵朝倭軍退出王京之後，明東征提督就遣將分扼要害，以明東寧衛右參將：李寧、明遼東總鎮左副總兵：祖承訓，據守在京畿右道開府城，明東征左副總兵：楊元，據守在平安西道平壤府，明東征右副總兵：李如柏，據守在鹹鏡北道寶山縣、明遼東總鎮右副總兵：查大受，據守在黃海左道臨津江一帶，明四川副總兵：劉綎，據守在尚慶左道慶州府釜山浦海口，李氏朝鮮王國戰局至此略定。
不過明東征提督卻臨時做出一個決定？
那就是宣布停止進攻，全軍往北撤回京畿右道開城府，此消息讓李氏朝鮮各官員和將領們都大為失望，李氏朝鮮兵馬僉節製使跪地苦勸，怎奈明東征提督卻大怒，一腳將他踢翻在地。
之後在明東征提督到了開城府時，又傳來了幕府第二軍右副將：加藤清正，欲偷襲平安西道平壤府的消息？
雖然此消息是謠傳，目前幕府第二軍右副將此時已經放棄了鹹鏡南北道，正在趕往京畿右道漢城府王京的路上，哪裡有功夫偷襲平壤府啊？
明東征提督則是擔心失去了根本之地，便留下明海寧衛遊擊將軍：王必迪，駐守開城府，自己打算親率大軍返回平壤府，待到來年開春時再進軍。
這一下李氏朝鮮群臣們可就是真的急了。
李氏朝鮮領議政：柳成龍，苦苦哀求並跪下來說道“朝鮮語：先王墳墓，都在王京，京畿以南遺民日望王師，吾軍將士力弱，正欲倚仗天軍，然突然撤退，豈不是前功儘棄？”
其中李氏朝鮮左議政：尹鬥壽，則是跟在明東征提督身前身後，拉扯袖子流淚苦勸，以致有〈泣閣老〉之稱。
但明東征提督依舊一概沒有理會，還是全軍拔營開赴平壤府，讓李氏朝鮮軍民們失望之餘，更有人作詩暗諷明軍怯敵，寫道“朝鮮語：一自碧蹄衄，壯誌乃暗消。還將羈縻計，徒使奴勢驕。漢家十萬師，不如說舌饒。回首望神都，殺氣乾雲霄。”
雖然站在李氏朝鮮人的立場，當然希望大明天軍能夠一鼓作氣光複王京，把幕府倭軍全部趕到海上去，但是明東征提督不肯進軍，也有說不出的苦衷啊！
其一；是兵力不足，大明入李氏朝鮮的大軍一共才四萬多，而倭軍僅僅在王京附近就集結了五萬人馬，在加上沿海的守軍一共有十幾萬，以倭軍的作戰能力，沒有數倍於倭軍的兵力，是根本無法取得戰場優勢的。
其二；是軍糧不足，由於此時的戰線已經從平壤府拉到了開城府，糧草籌集和運輸的負擔一下子加重，而開城府的糧草又是從忠清左右道和全羅左右道的水路運來，隨到隨儘。
自碧蹄館戰後，明東征提督也意識到了戰爭絕不可能在短時間內結束，並多次對負責籌糧的李氏朝鮮官員大發雷霆，欲加以軍法，然而李氏朝鮮官員卻也隻能跪在帳下，流涕而已。