最終朝廷議定將楊應龍革職，由其長子明播州宣慰使司同知：楊朝棟，代理職務，暫時羈押其次子明播州宣慰使司都事：楊可棟，為人質，等楊應龍如數繳納罰款再行釋放。
8月初2日，明建州左衛軍民鎮撫使：愛新覺羅·舒爾哈齊，首次帶領建州女真左衛使團前往京城朝貢。
這次回來經曆讓他大開眼界，看著中原地區的繁華景象，在想想建州左衛軍民指揮使司的蠻荒部落地區，讓他開始對自己屈居在兄長的屬下地位感到不滿，他希望有朝一日能夠當上建州女真左衛軍民指揮使。
他還對中原先進的農耕文明和漢文化產生了濃厚興趣。
為此還特意在京城訂製了一件漢服，並且親自穿著漢服入朝覲見大明天子，朝中的文武百官們見狀，紛紛誇讚這是建州女真八部裡麵最有漢文化之人了，穿著冕服的明神宗：朱翊鈞，也很賞識明建州左衛軍民鎮撫使，賜了許多金銀珠寶給建州女真左衛朝貢使。
另外明禮科給事中：楊天民、明都察院四川道監察禦史：牛應元，曾奏“建文年號，不宜革除，值會纂修國史之時，當更正洪武三十二年至洪武三十五年年號，以複建文元年、二、三、四，的四年之舊。”
禮部議從其議，明神宗亦表示同意，於9月16日詔以建文朝附國史《太祖本紀》末，複其年號。
10月17日，兵部考選軍政，明神宗下令說“其中有許多副千戶，未經奏請即署秩正四品官職（衛指揮僉事）？”
於是，下令嚴厲責備大臣們徇私、兵科不檢舉揭發，又責備五城禦史抄太監客用家時不稱旨，責備客用的財產私藏於明崇信伯：費甲金，家而刑部拷訊無實。
最後又移怒於南北兩京六科、監察道禦史官，責其失職，閉口不言。
為此先後將兩京中的；兵部武選清吏司郎中、兵部給事中、兵部員外郎、兵部主事、十三道監察禦史等文臣武將，三十餘人儘罷斥為民，數十人或被降為雜職，或被貶級調外、發配邊疆，或仃支俸一年。
明內閣首輔：趙誌皋、明東閣大學士：陳於陛、明吏部尚書：沈一貫，及九卿各自上疏救援，明兵部尚書：石星，還請自己罷職以寬被害諸臣，但明神宗皆不聽。
反而還惹得明神宗嚴治諸臣的聖旨頻煩下達，舉朝無不震驚，史稱「軍政之獄」。
11月10日，被留在四川承宣布政使司重慶府的明播州宣慰使司都事：楊可棟，突然病死在明軍監視中。
消息很快就傳開來，楊應龍得知自己二子死去的消息，就懷疑是大明官員毒害的？他當即拒絕繳贖金，實際上朝廷東部戰線未穩定不可能在挑起爭端，為此又激起了朝廷的猜忌。
但沉浸在喪子之痛中的楊應龍，卻未必會這樣認為。
他要求地方官歸還次子：楊可棟，的遺體，而官方以尚未完成勘報為由拒絕，並敦促播州宣慰使司繼續繳納贖罪金。
這使得楊應龍大怒，直接丟下一句“假如吾的兒子複活，銀子就能送來。”
隨後就率部驅使一千多名僧侶，舉行招魂儀式，馳返播州宣慰使司，他認為這樣可以把次子的靈魂帶回故鄉。
明萬曆二十四年公元1596年6月24日，明府軍前衛副千戶：仲春，疏請開銀礦，以助重建坤寧宮、乾清宮，兩大殿費用。
明神宗得知後馬上降旨，命戶部和北鎮撫司錦衣衛隊各派一人同明府軍前衛副千戶一起開采，其中明戶科給事中：程紹、明工科給事中：楊應文，各上疏諫阻，可明神宗根本不聽。
於是明戶科給事中上奏說道“自嘉靖二十七年七月命采礦，至嘉靖三十六年十二月的儘十年間，先後委官四十餘人，派防兵一千一百八十人，俸糧、器械、鉛、炭，所費計銀三萬餘兩，而開礦所得隻有銀二萬八千五百餘兩，得不償失！”
然而自從明府軍前衛副千戶奏開礦之疏行起，獻礦洞者踵至。
7月初2日，明北鎮撫司錦衣衛百戶：陸鬆、明鴻臚寺主簿廳主簿：許龍、明順天府儒學教授：馮時行、明順天府經曆使：趙鳳華，等官員各言開礦助大工，還有明詹事府錄事：曾長慶，請在山西承宣布政使司平陽府解州夏縣開礦。