待明東征左副總兵成功突圍回到了京畿右道漢城府王京時，立馬就受到了明廷和李朝的極大不滿。
但是得知情況危急之後，明備倭總兵：麻貴，即刻將各地的駐守兵力召來守衛李氏朝鮮首都京畿右道漢城府。
此時倭軍自忠清右道公州牧兵分兩路，由幕府第二軍右副將：加藤清正、幕府豐後國藩主：太田一吉，率兵攻取了忠清右道清州府、天安郡，幕府第三軍福岡國藩主：黑田長政、幕府右軍大將：毛利秀元，率兵攻取全羅右道全州府黃石山城。
其餘倭軍則乘勝長驅直入，再次將兵鋒指向京畿右道漢城府，各地的李氏朝鮮守軍們又得知明軍撤退，頓時戰心全無。
又加上倭軍的節節勝利，使得京畿右道漢城府再度陷入到恐慌之中，就連明備倭總兵也準備放棄漢城府王京，攜帶李氏朝鮮郡王北逃平安西道平壤府的打算。
很快駐紮在平壤府的明都察院右僉都禦史兼朝鮮經略：楊鎬，得知後，他急忙趕到京畿右道漢城府，當麵斥責了明備倭總兵的舉動，責其不戰之狀，並將臨陣脫逃的明軍南原都護府守將明東征左副總兵：楊元，押解回去遼東都指揮使司遼陽衛問斬。
並打算交由明遼東總鎮總兵：李如鬆，處理，至於全州府守將明大寧總兵：陳愚衷，則打三十軍棍用來穩定軍心。
9月15日，李氏朝鮮三道水軍統製使獲知倭軍即將進攻的消息，立刻召集諸將，以〈必死則生，必生則死〉和（一夫當逕，足懼千夫）的信念來激勵大家背水一戰。
翌日，李氏朝鮮三道水軍統製使所率的12艘戰船在全羅右道海南郡之鳴梁海峽遭遇到330餘艘倭軍戰船，戰況一觸即發。
此時李氏朝鮮三道水軍統製使不慌不忙，開始下令諸船一時鼓噪齊進，各放；地、玄，字（火銃番號）又加上箭鏃射擊如雨下，聲震河嶽，賊船三十隻被撞破，不敢靠近李氏朝鮮水師船隊，隻能識趣撤退。
此乃天幸，是為《鳴梁海戰》。
事後，明都察院右僉都禦史兼朝鮮經略：楊鎬，賞給李氏朝鮮三道水軍統製使：李舜臣，大量白銀和紅緞以示嘉獎。
李氏朝鮮郡王更是打算升他為「崇政大夫」但有大臣說李統製使官階已高，如果再立功勳則難以獎賞，因此李氏朝鮮郡王就沒有給李統製使繼續升官，隻給李統製使的手下諸將們升官。
此時另一邊剛上任的明薊遼總督：邢玠，當機立斷斬殺了奸臣明禦倭遊擊將軍兼通事：沈惟敬，又上奏朝廷揭發明兵部尚書：石星，通倭罪證把石星抓去北鎮撫司詔獄大牢。
而明備倭總兵為了拖住倭軍北上的攻勢，為明軍動員爭取時間，特此決定伏擊倭軍，命明備倭副總兵：解生，等率軍2600人奔赴忠清左道稷山縣北部，鞏固京畿右道漢城府的前沿陣地。
9月17日，明都察院右僉都禦史兼朝鮮經略下令讓明軍設伏於稷山縣附近，恰好與幕府第三軍福岡國藩主發生遭遇戰，倭軍先頭部隊被擊潰，又遇明軍的後續部隊明神武中衛遊擊將軍：楊登山，率軍趕到徹底擊敗倭軍。
後因幕府右軍大將也趕到，打擊明軍從容撤退，迫使幕府第三軍福岡國藩主成功的占領了稷山縣，但卻依舊未能北上京畿右道漢城府。
此戰為明軍以少勝多的戰例，史稱（稷山大捷）雖然倭軍最終占領了稷山縣城，但倭軍卻懾於明軍的野戰能力，未敢前進，永遠的喪失了戰爭主動權，對明、幕雙方戰略意義重大。
不久倭軍全線撤退至尚慶左道慶州府釜山浦，而明軍阻滯倭軍攻勢，為大明帝國增兵李氏朝鮮王國贏得了時間，戰略目的完美實現。是役明軍傷亡兩百餘人，倭軍傷亡六百餘人。
隨後明薊遼總督：邢玠，還派明南島副總兵：陳璘，在忠清左道青山縣夾擊斬殺倭軍5千人獲得小勝，史稱（青山大捷）但倭軍卻閉城不出堅守待援被明軍圍困十日卻不能克！倭軍則以詐降為緩兵之計拖住明軍。
另一邊前任明播州宣慰使：楊應龍，又繼續攻占了四川承宣布政使司重慶府江津縣、南川縣、瀘州合江縣，貴州承宣布政使司銅仁府洪頭屯、高平屯、新村屯，以及侵略湖廣承宣布政使司保靖州宣慰使司、辰州府總共48屯地區，惹得地方官府震驚，朝廷震怒。
10月17日，明神宗：朱翊鈞，授封安南黎世宗：黎惟潭，為（大明安南都統使）使得安南政權又從莫氏轉入黎氏。
另外明建州左衛軍民指揮使：佟·努爾哈赤，還與葉赫女真部西城貝勒：納拉·布楊古、葉赫女真部東城貝勒：納拉·金台吉，聯姻椎牛刑馬為盟，逐步孤立了哈達女真部和輝發女真部。
為了隱瞞朝廷自己勢力擴大的消息，明建州左衛軍民指揮使決定第四次入京城去朝貢大明帝國。