於是叛賊首領就趁著官軍暫未集結，而內地防守空虛之際，率重兵圍攻了重慶府綦江縣。
當地明軍與之展開慘烈的守城戰。
6月17日，明重慶衛遊擊將軍：張良賢，在舊東溪堡與播州宣慰使司叛軍遭遇，在這場遭遇戰中，明軍占據了上風。
6月20日，明重慶衛右參將、明重慶衛遊擊將軍與播州宣慰使司叛軍戰於城下，各有傷亡，明重慶衛遊擊將軍還被叛軍包圍了七層。
不過他幸運地殺出了重圍，但命運卻在第二天開始倒向播州宣慰使司叛軍這方。
6月21日，叛賊首領率領數萬兵馬以眾擊寡，對綦江縣城內實施鐵壁合圍，明重慶衛右參將親自登上城樓，朝叛軍施放火磚。
但很不幸的是〈火磚〉居然誤入了火藥桶內，導致明軍士兵燒死數人，明重慶衛右參將本人也被燒傷了。
其中叛賊首領還率領軍隊，隨即攻上城牆，與重慶衛守軍進行巷戰，明軍力戰不支，明軍爭先恐後從水上逃跑，這一點叛軍們也看得很準。
眼看大勢已去，於是明重慶衛右參將：房嘉寵，就殺死了自己的妻子，與明重慶衛遊擊將軍：張良賢、明重慶衛百戶：蔣光升，等人一道赴敵全部陣亡。
僅有明綦江縣守備：胡汝寧，跳水溺亡。
播州宣慰使司叛軍當即就占領了綦江縣，又在播州軍師：孫時泰，的建議下直取重慶府重慶衛，攻占了成都府，劫持明蜀恭親王：朱奉銓，來為人質。
同時還用明蜀恭親王來威脅明軍，向地方守軍傳話說道“我隻是為了擴張地盤，希望爾等回去轉告朝廷，能夠再次赦免我。”
然而叛賊首領卻並沒有長遠的考慮，他隻想爭奪地盤，希望還像過去一樣得到朝廷赦免，但在試過無效之後再加上明軍不斷集結，迫使他不得不撤離成都府放棄明蜀恭親王。
並下令釋放囚犯、劫財、放火、擄掠青壯男女，屠殺部分老弱居民，投屍入江，便揮師棄城而去。
在播州宣慰使司叛軍鐵蹄卷起的滾滾煙塵裡，罹難者的屍體覆蓋了江麵，鮮血把江水染成了紅色，縣城外至大窩鋪一百五十裡範圍內，百姓逃散，人煙絕跡……。
他在綦江縣官壩堡、三溪堡、母渡堡、小河堡，等地縱兵搶劫，擄掠人口，強令部分老弱軍民守營、少壯做搬運苦力，還強?暴婦女，反抗者均慘遭殺害。
在綦江縣扶歡堡屠殺居民，屍橫遍野，血流成河。不計其數的平民屍體順江漂出，慘不忍睹！
隨後叛軍先屯兵於三溪堡，立界碑於三溪堡、母渡堡、東鄉壩，之間聲稱所占土地為［楊氏宣慰使官莊］並聲稱；重慶府江津縣、合州，乃是播州宣慰使司故土？
隻因明軍屯兵於重慶府南川縣、瀘州合江縣一帶，才讓叛賊首領不敢貿然挺進。
10月初7日，明神宗得知消息事情後大怒，當即就下令剝奪明四川巡撫：譚希思、明貴州巡撫：江東之，職位，以明都察院右副都禦史：郭子章，代替貴州巡撫一職，在以明湖廣川貴總督：李化龍，代替四川巡撫一職。
並調明四川都指揮同知：劉綎、明大同總鎮總兵：麻貴、明湖廣總鎮總兵：陳璘、明薊州總鎮總兵：董一元，南征眾將統一劃歸到明湖廣川貴總督兼四川巡撫：李化龍，的指揮下。
還命令明湖廣川貴總督駐守四川承宣布政使司重慶府負責調度。
11月初9日，叛賊首領又屯兵官壩堡，聲稱窺蜀，然後悄悄回師東進，焚燒東坡爛橋，使得黃平安撫使司、貴州承宣布政使司石阡府龍泉坪長官使司，兩處所在告急。
接著播州宣慰使司叛軍，又進兵貴州都指揮使司偏橋衛，前去掠奪興隆衛、鎮遠衛，打通黔楚線，後兵分五路攻破貴州承宣布政使司石阡府龍泉坪長官使司。
很快明湖廣川貴總督兼四川巡撫，就商議要安置重兵萬人，據守要害，以打通湖廣承宣布政使司、貴州承宣布政使司通道。
但是明貴州總鎮總兵：童元鎮，卻擁兵在銅仁府不敢上前，被革職戴罪立功，改由明四川總鎮副總兵：李應祥，代替，還命明都察院右僉都禦史：江鐸，巡撫偏橋衛、鎮遠衛、鎮遠府，監視明偏橋衛總兵：陳輝，之師以防止勾結播州宣慰使司叛軍。