在倭寇逃遁歸國後，除了明禦倭副總兵：劉綎，收留了5百倭軍編入本部火銃隊之外，其餘留在李氏朝鮮王國的倭軍要麼被殺、要麼投降明軍加入隊伍。
而東征的大明軍隊本應無戰事之後撤回國，但是李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昿，唯恐倭奴積威，再度報複？
於是上奏朝廷表示要苦留大明軍隊善後，朝廷經過商議決定留明都察院右副都禦史兼朝鮮經略：萬世德，與明義州衛鎮撫使：李亟勳，率三千士兵繼續駐守李氏朝鮮王國，其餘明軍全部調回大明帝國。
12月20日，在大明帝國南方，明四川巡撫兼都察院左僉都禦史：譚希思，正在重慶府綦江縣、瀘州合江縣，一帶設防攔截楊氏叛軍，分彆在合江縣與綦江縣各置遊擊將軍一員，合江縣募兵一千二百人扼守岡門，綦江縣募兵二千人，扼守安穩。
怎奈前任明播州宣慰使：楊應龍，直接下令讓明下赤水裡長官：袁鼇，繞開守衛明軍，兵臨合江縣城下，抓捕出賣楊氏投降明軍的前任明下赤水裡長官：袁子升，處於淩遲之刑。
此事引起了上下赤水裡土司袁氏宗族的反對，要求前任明播州宣慰使撤掉袁鼇之位，改由袁子升長子：袁年，繼任下赤水裡長官。
剛剛即位的明下赤水裡長官：袁年，對於自己的殺父仇人近在咫尺卻不能報仇，因為有楊宣慰使的包庇，故此明下赤水裡長官密切聯係著上下赤水裡相近的仁懷裡王氏土司，打算監視播州宣慰使司的一舉一動。
接著又命令士兵前去攻打，之前彈劾自己的明草塘安撫使：宋世臣，父親：宋鑾，以及明黃平安撫使：羅承恩，等人，現藏在偏橋衛城內。
於是播州叛軍就襲擊了偏橋衛，還向明偏橋衛指揮使：陳天寵，索要城中之人，得到宋鑾、羅承恩及其下子女，慘遭殺害。
在令諸苗士兵當著父親之麵奸淫女兒，或者當著夫君之麵淫妻，或裸體坐在木叢中射箭取樂。又或者燒蛇入陰轉腹，人蛇俱死！還掘墳墓焚屍。
12月28日，明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）提前第五次來到京城朝貢大明天子，討要文武百官以麻痹朝廷與遼東都指揮使司的懷疑，方便下次繼續攻打其餘女真各部。
明萬曆二十七年公元1599年2月初7日，明貴州巡撫兼都察院右僉都禦史：江東之，下令明永寧衛都司：楊國柱，明永寧衛指揮使：李廷棟，率兵三千剿播州宣慰使司。
叛賊首領：楊應龍，派遣長子：楊朝棟、弟弟：楊兆龍、叛賊大將：何漢良，等迎敵設伏於飛練堡。
明軍一鼓作氣殲滅三百叛軍，結果叛軍佯裝敗走天邦囤，誘導明軍進入包圍圈殲之，被俘後明永寧衛都司：楊國柱，與明永寧衛經曆使：潘汝資，罵賊不屈被處死。
2月21日，海西女真哈達部發生內訌，葉赫女真部東城貝勒：納拉·納林布祿，趁機劫掠哈達女真部。
這讓哈達女真部貝勒：納拉·猛骨孛羅，緊急向明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）求援，並表示願將三個兒子送到建州女真八部作為人質，隻請求建州女真三衛出兵擊退葉赫女真部。
明建州左衛軍民指揮使認為此乃天賜良機，便立即同意出兵。
而葉赫女真部西城貝勒：納拉·布揚古，得知此消息後，又馬上給哈達女真部貝勒寫了一封信，表示願將妹妹葉赫女真部東城格格：納拉·布喜婭瑪拉（漢名：東哥）嫁哈達女真部貝勒，隻要他抓住明建州左衛軍民指揮使就行。
哈達女真部貝勒聽到自己能娶葉赫女真部東城格格的消息後，他立即改變了主意，設計抓捕明建州左衛軍民指揮使。
然而明建州左衛軍民指揮使聞訊後再發重怒，當即發兵討伐哈達女真部，很快哈達女真部城門就被攻破了，哈達女真部貝勒被擒。
但卻沒殺他，而是獲赦，暫居住在赫圖阿拉城，海西女真四部中曾經強大的哈達女真部宣告滅亡！
之後明建州左衛軍民指揮使還采用蒙文，為建州女真八部語言配上字母，由於海西女真各部的衰弱，明建州左衛軍民指揮使還主動發兵進攻東海女真渥集部。
3月初8日，明神宗：朱翊鈞，啟用前任明兵部右侍郎兼都察院右僉都禦史：李化龍，總督四川承宣布政使司、湖廣承宣布政使司、貴州承宣布政使司，三司軍務，賜「尚方寶劍」號令調集天下兵馬，用以進剿播州宣慰使司，並命明都察院右副都禦史：郭子章，一起合力備戰。
5月11日，朝廷調集了；四川都指揮使司、貴州都指揮使司、雲南都指揮使司、湖廣都指揮使司、廣西都指揮使司、陝西都指揮使司、浙江都指揮使司、陝西行都指揮使司、河南都指揮使司、山東都指揮使司、萬全都指揮使司、山西行都指揮使司，等地的明軍精銳總計17萬餘人直壓播州宣慰使司四境內。
待按其部署調足24萬大軍後，即開始了進剿準備，近鄰重慶府綦江縣還調集了三千兵，由明重慶衛右參將：房嘉寵，作為先鋒捕殺了播州宣慰使司叛軍三十人。
6月14日，叛賊首領：楊應龍，得知大戰迫在眉睫，便積極謀劃準備，又在播州軍師：孫時泰，的建議下提但“應乘朝廷大軍尚未集結之際，宜先破重慶府綦江縣，直搗成都府，劫蜀親王為質。”