5月16日，明刑部右侍郎：呂坤，上貢《天下安危疏》請求明神宗：朱翊鈞，節省費用，停止橫征暴斂，以安定天下人心。
於是明吏科給事中：戴士衡，就上疏，彈劾明刑部右侍郎所撰的《閨範圖說》、又上奏稱《安危疏》是「包藏禍心、結納宮廷」逢迎明鄭皇貴妃：鄭妙瑾，之舉。
然而明刑部右侍郎疏辨，明神宗卻不問。
不久又有人為明刑部右侍郎的《閨範圖說》寫一跋文，名為《憂危竑議》在京師境內廣為流傳，大意上說；呂侍郎撰寫的《閨範圖說》獨取東漢明帝顯宗明德皇後：馬楚，為由因東漢明德馬皇後是從貴人身份進中宮，意指明鄭皇貴妃。
此等獻媚之事，讓明國丈：鄭承恩，決定重刊此書，目的是為了立己之子明皇三子：朱常洵，為皇太子。
又說；呂侍郎疏言天下憂危，無事不言，惟獨不談及立皇太子之事，用意不言自明，又誣；呂侍郎與明國丈等相勾結，同盟結納，羽翼明鄭皇貴妃之子。
在明吏科給事中上疏之前，明全椒縣知縣：樊玉衡，也曾上疏請立明皇長子為皇太子，並指斥明鄭皇貴妃。
這使得明國丈為此大懼，並懷疑《憂危竑議》出於樊、戴二人之手，遂奏報明神宗。
當即就讓明神宗大怒，明鄭皇貴妃也為此泣訴不已！明神宗為了掩蓋朝廷內部鬥爭，下令逮捕樊、戴，經過嚴刑拷掠，分彆摘戍廣東承宣布政使司雷州府和廉州府，而呂坤時已因病致仕回家，才置之不問。
6月初7日，明都察院右僉都禦史兼朝鮮經略：楊鎬，被罷職候查，以明天津三衛巡撫：汪應蛟，代理經略李氏朝鮮王國軍務。
然而明兵科右給事中：張輔，卻上書陛下，請求明保定府巡撫：萬世德，與明天津三衛巡撫：汪應蛟，互換職務，恰好明保定府巡撫也願意受命，便駕駛舟船揖渡江，北上入遼東都指揮使司地界。
另一邊在楊經略被調還回大明帝國之時，從李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，至平民百姓們皆戀戀不舍，李氏朝鮮郡王還親率百官們泣淚迎送於漢城府弘濟院，城內軍民男女重髫戴白，皆出送至郊外，諸臣以詩為彆，表達了李氏朝鮮軍民們深覺惋惜之情，並為楊經略受誣而紛紛不平！
隨後明保定府巡撫兼朝鮮經略：萬世德，來到李氏朝鮮王國與明薊遼總督：邢玠，商議征討倭寇之策。
同時命明南直隸都察院右僉都禦史兼操江提督：藍元，與明中軍都督府左都督：董一元，出兵中路、明宣武衛遊擊將軍：茅國器，等將領負責輔佐和策應、明備倭總兵：麻貴，出兵東路，明大同右衛副總兵：王生，等將領負責輔佐、明禦倭副總兵：劉綎，出兵西路，明泉州府副總兵：吳廣，等將領外加李氏朝鮮都元帥：權栗，負責輔佐、明福建副總兵：陳碑、明水師提督：陳璘，出兵水路，明鬆門衛遊擊將軍：季金、等將領負責輔佐。
明軍分兵5萬並進，以明備倭總兵攻打蔚山都護府，明中軍都督府左都督、明禦倭副總兵，分彆負責進攻尚慶左道泗川縣、全羅左道順天都護府，各路明軍直逼尚慶左道慶州府釜山浦。
其中明軍生擒並斬獲幕府俊寇大將：平正成，等五名，殺幕府右兵衛少誌：平義，智擒幕府武士加倭兵二千二百四十八名。
還招回李氏朝鮮軍民婦女五千六百餘名，焚燒倭船七百餘艘，獲得糧米二萬五乾九百餘包，牛馬械器無數，朝廷賞銀八千兩，賜紅錦飛魚服給武將們世襲。
並命明兵科左給事中：徐觀讕、明朝鮮監軍尚慶左右道：陳效，核實情況奏報朝廷，還晉升明朝鮮經略：萬世德，為「都察院右副都禦史」蔭封一子入世代官籍。
同時幕府岡山藩左衛門督：小早川秀秋，等部7萬多人回國休整，僅留幕府第一軍左副將：加藤清正、幕府第五軍下參議：島津義弘，等6萬4千人防守李氏朝鮮王國占領區。
7月22日，年老體虛的幕府從一位太政大臣：豐臣秀吉，在京都伏見城，召見五大老既（幕府從二位權大納言：前田利家、幕府從三位中納言：宇喜多秀家、幕府從三位權中納言；毛利輝元、幕府從三位參議兼權中納言：小早川隆景、幕府下參議兼少納言：上杉景勝）以及幕府內大臣：德川家康，包括五奉行既（幕府京都所司代兼彈正台彈正少弼：淺野長政、幕府大奉行兼任堺町奉行：石田三成、幕府丹波龜山藩兼民部卿法印：前田玄以、幕府大藏卿：長束正家、幕府式部卿：增田長盛）
另由〈三中老〉幕府高鬆城主兼讚岐國藩主：生駒親正、幕府從五位下帶刀先生兼出雲國鬆江藩主：堀尾吉晴、幕府式部少輔：中村一氏）負責五大老與五奉行之間的協調與溝通。
幕府太政大臣要求他們一起輔佐，自己的幼子：豐臣秀賴，其根本目的是要以合議製度來抑製幕府內大臣的抬頭，以確保豐臣政權可以代代相傳。
8月18日，交代完後事之後幕府太政大臣：豐臣秀吉，便在京都伏見城死去。