6月初5日，叛賊首領長子：楊朝棟，等一百餘人為明軍俘獲，部眾二萬餘人被殲滅。
6月初6日，明湖廣總鎮總兵：陳璘，明廣東總鎮總兵：吳廣，等將領一起進入海龍屯，明湖廣總鎮總兵在晚上四更時分讓士兵含竹木片上山，趁匪徒熟睡之際，殺死守關的匪徒，樹起白旗，鳴放大炮，匪徒驚慌逃竄。
關鍵時刻叛賊首領：楊應龍，不願意被俘，便與妻妾一起相繼自殺，至此〖播州之亂〗被平定，此戰前後花費白銀；二、三百萬兩，將士們死傷不計其數，到此聞名東方的「萬曆三大征」正式結束。
隨即明軍調轉兵峰直撲黎平府反賊。
10月13日，天皇上將：吳國佐，在黎平府兵敗被俘，斬其部眾五百八十餘人。
11月初2日，南北兩京直隸以及各地承宣布政使司災害嚴重，又苦增礦稅，兵民多起為盜，因而有浙江承宣布政使司百姓：趙一平，以妖術倡亂。
還大肆宣揚至南直隸徐州，遇到同黨：孟化鯨，等人聯合起來招集眾人，自稱是；宋皇朝後裔，建立官署，擬於明年二月約集各方人馬同時起事。
怎奈被南直隸南鎮撫司錦衣衛隊察覺，事情敗露，趙一平被殺，其餘同黨未及起事而失敗。
12月初3日，叛賊：吳國佐，被貴州承宣布政使司衙門處以斬立決伏誅，明軍又獻俘叛軍首領：楊應龍，至京師由明神宗：朱翊鈞，下令碎屍萬段，並斬叛軍首領長子：楊朝棟，及其家族黨羽於京畿外城宣武門菜市口。
次年4月初6日，分四川承宣布政使司播州宣慰使司之地為遵義軍民府首府威遠衛，其治下為遵義縣，另外還分一半領土劃給了貴州承宣布政使司平越軍民府，並改土官為流官，既；派遣漢人官員充任地方原本的土司家族職位，史稱「改土歸流」。
12月初5日，泰西國（意大利人）歐洲耶穌會傳教士：利瑪竇，泛海八萬裡，來到東方亞洲大陸上的大明帝國，先後在廣東承宣布政使司廣州府、肇慶府、韶州府、南雄府，江西承宣布政使司南昌府、南直隸蘇州府等地進行傳教活動，並學習大明江淮官話。
還廣泛與大明地方官吏和士大夫接觸，以了解大明帝國的國情和風俗禮儀。
之後由南直隸北上，在京畿北直隸天津衛居住了六個月，明天津衛稅監：馬堂，向朝廷進貢泰西傳教士：利瑪竇，所獻方物，還奏報泰西傳教士請求入京的消息。
誰知被大明禮部以《大明會典》不載大西洋，真偽不可知？以及泰西傳教士所獻之物不宜入宮中，請賜給冠帶令其回國，不許在南北兩京居住，務與大明漢人交往，彆生事端。
然而明神宗卻不納，認為有趣特下詔準許泰西傳教士入京。
明萬曆二十九年公元1601年正月24日，泰西傳教士抵達北直隸京畿紫禁城內。
2月初2日，身穿皮弁服的明神宗親自在紫禁城太極殿內召見番邦使者，此係大明帝國天皇帝陛下親自接見的第一位歐洲傳教士。
而這位泰西傳教士：利瑪竇，也不負眾望地向明神宗進獻了；三座天主聖像、聖母像、天主經典、二台自鳴鐘、鐵弦琴、珍珠嵌十字架，以及世界各地圖簡稱「萬國圖誌」至此大明漢人才知道世界上有五大洲。
明神宗亦待以優禮，賜屋於宣武門內，其所需銀、米，冠帶等俱由朝廷按時供給。
泰西傳教士在傳播宗教的同時，還介紹了西方比較先進的科學技術知識，並把大明帝國的傳統文化介紹到西方去，叫做（西學東漸）和〈東學西漸〉之事。
2月14日，湖廣承宣布政使司武昌府百姓，得知官府派吏役抵達武昌府逮捕明湖廣分巡僉事：馮應京，時相率痛哭，憤憤不平，為馮大人呼冤號屈。
因明湖廣礦稅監：陳奉，利用官職肆意壓榨百姓，欺負民女，又殘害嬰兒，故此被明湖廣分巡僉事舉報，怎奈這位明湖廣礦稅監朝中有後台，無人敢動他。
故此明湖廣礦稅監四處派人，到大街小巷去公布明湖廣分巡僉事的罪狀，一時間就引起了士民們的公憤。
3月26日，百姓們集合數萬人，群起包圍陳奉的礦稅監衙門，聲言；誓必殺奉，嚇得陳奉狼狽逃匿到楚親王府避難，但憤怒的群眾遂把其黨十六人投入長江溺死。
同時又恨明湖廣巡撫：支可大，為惡助虐，焚其湖廣巡撫衙門，威逼支巡撫讓他不敢出門。
直到馮應京坐著囚車出來勸解，群眾們才慢慢離開，明湖廣礦稅監則在楚親王府儀衛司、楚親王府護衛指揮使司（武昌中護衛）的保護下一個多月不敢露麵。