同時泰西傳教士：利瑪竇，在傳播宗教的時候，還介紹了西方比較先進的科學技術知識，並把大明帝國的傳統文化介紹到西方去，叫做（西學東漸）和〈東學西漸〉之事。
2月初6日，葉赫女真部東城貝勒：納拉·納林布祿，聞訊哈達女真部貝勒：納拉·吳爾古代，繼承了貝勒爺職位還得朝廷敕書，讓葉赫女真部東城貝勒有些嫉妒。
隨即聯合了漠南蒙古諸部一起去劫掠哈達女真部，總共掠走敕書六十多道。
2月14日，湖廣承宣布政使司武昌府百姓，得知官府派吏役抵達武昌府逮捕明湖廣分巡僉事：馮應京，時相率痛哭，憤憤不平，為馮大人呼冤號屈。
因明湖廣礦稅監：陳奉，利用官職肆意壓榨百姓，欺負民女，又殘害嬰兒，故此被明湖廣分巡僉事舉報，怎奈這位明湖廣礦稅監朝中有後台，無人敢動他。
故此明湖廣礦稅監四處派人，到大街小巷去公布明湖廣分巡僉事的罪狀，一時間就引起了士民們的公憤。
3月26日，百姓們集合數萬人，群起包圍陳奉的礦稅監衙門，聲言；誓必殺奉，嚇得陳奉狼狽逃匿到楚親王府避難，但憤怒的群眾遂把其黨十六人投入長江溺死。
同時又恨明湖廣巡撫：支可大，為惡助虐，焚其湖廣巡撫衙門，威逼支巡撫讓他不敢出門。
直到馮應京坐著囚車出來勸解，群眾們才慢慢離開，明湖廣礦稅監則在楚親王府儀衛司、楚親王府護衛指揮使司（武昌中護衛）的保護下一個多月不敢露麵。
5月11日，明司禮監太監：孫隆，督稅浙江承宣布政使司、南直隸駐紮在蘇州府，任意橫征暴斂，肆意增加苛捐雜稅，致使廣大機戶關廠停產，織工失業。
6月初6日，蘇州府織工：葛賢，毅然領導百姓進行反抗鬥爭，將孫隆的隨員、明蘇州府稅官：黃建節，等六七人投入河中，又放火焚燒明南直隸礦監稅官：湯莘，等人的住宅，還包圍稅監衙門，並要求停止征稅，史稱「蘇州府民變」。
事後明神宗：朱翊鈞，下令逮捕參加暴動者，葛賢視死如歸，挺身而出，投案自首，舍己救人，被關下獄至萬曆四十一年才獲釋出獄。
9月10日，朝廷又起用了被罷免的前任明遼東總鎮總兵兼寧遠伯：李成梁，希望他能夠扭轉當時那惡劣的局勢。
明遼東總鎮總兵：李成梁，上任後依舊采用了，原來對付女真各部的分化瓦解政策，他利用了明建州右衛軍民指揮使：愛新覺羅·舒爾哈齊，和他兄長的矛盾，大力拉攏他，對他恩禮有加，格外器重。
為此還讓二子明貴州都指揮同知：李如柏，娶明建州右衛軍民指揮使的二女兒：愛新覺羅·額恩哲，為妾並建立起親家關係，從而孤立了明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）達到建州女真八部的內亂局麵。
10月15日，因明建極殿大學士：沈一貫，等一再疏請，明神宗終於同意冊立明皇長子：朱常洛，為皇太子，同時還冊封明皇三子：朱常洵，為福親王、明皇五子：朱常浩，為瑞親王、明皇六子：朱常潤，為惠親王、明皇七子：朱常瀛，為桂親王，並頒詔布告天下。
10月28日，明皇太子：朱常洛，服黑色冕服九章加冠，明皇三子福親王：朱常洵、明皇五子瑞親王：朱常浩、明皇六子惠親王：朱常潤、明皇七子桂親王：朱常瀛，諸藩王亦加冠服藍色冕服九章。
到此曆時十六年之久的「國本之爭」就結束了。
此時李氏朝鮮王國的大臣們，也紛紛上奏明神宗要求冊封李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，王二子光海君：李琿，為世子邸下卻被大明禮部給拒絕。
12月初8日，因遼東都指揮使司開原衛、廣寧衛，兩地馬市，以及義州衛木市屢次遭受兀良哈朵顏衛諸部犯邊，遂被朝廷罷之。
明遼東巡撫兼都察院右僉都禦史：李植，上奏遼東都指揮使司、廣寧衛兩地馬市以及義州衛木市興廢經過，並以事關遼東都指揮使司邊防，請朝廷儘快商議對策，以決大計。
又以明朵顏衛指揮使：董長昂，等人納降並請開複市，被明神宗許其奏請。
同時遼東都指揮使司關外的建州女真八部，自明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，起兵之後，勢力就不斷壯大，他還開始創立了八旗製度。
所謂的八旗製是由牛錄製擴充而來的，一牛錄為三百人，首領稱（牛錄額真）漢譯「佐領」、五牛錄為一甲喇，首領稱〈甲喇額真〉漢譯［參領］、五甲喇為一固山，首領稱｛固山額真｝漢譯〖都統〗。