就這樣僅殺張嶷一人，而平定此事。
7月22日，派遣趕赴陝西承宣布政使司西安府鹹寧縣逮捕明鹹寧縣知縣：滿朝薦，的北鎮撫司錦衣衛提騎已經來到，滿朝薦被捕至京師，下詔獄拷掠，長期關禁。
內外官員們皆為滿朝薦鳴不平，上疏論救，自明內閣首輔兼東閣大學士：朱賡，以下就多達了一百一十疏，但明神宗卻俱不聽，因此滿朝薦名聞天下。
8月7日，雲南承宣布政使司武定府土官，明元謀縣知縣：阿克，在嘉靖、隆慶，年間屢叛討平，現在又遇到明和曲州知州：鄭舉，圖謀一起起兵恢複故地？
當時明武定府知府：陳典，知其陰謀，畏怯凶惡，急忙攜印璽避入雲南府。
隨後武定府很快就被叛軍攻陷，叛賊阿克為了索印，長驅直入至雲南府，焚掠民屋，聲稱索不到武定府印璽，誓不罷休。
當時明雲南巡撫兼都察院右僉都禦史：陳用賓，苦於征調大軍未至，且士民環跪泣請“權宜出印與之，計紿賊去，在征兵分道進攻。”
為了雲南承宣布政使司雲南府百姓們的生命財產安全，明雲南巡撫兼都察院右僉都禦史：陳用賓，覺得在征調未至的這個情勢下，隻有用此權宜之計，暫時讓叛賊首領：阿克，得到武定府印璽。
果然他在得到印璽後就退兵了。
因此明雲南巡撫便指揮雲南都指揮使司的滇軍，一鼓作氣追擊叛軍，擒其巨魁十二人，並活捉叛賊首領，收回武定府印璽。
9月初1日，明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤，借機討好明遼東總鎮總兵：李成梁，並以輝發女真部貝勒：納拉·拜音達理，兵助葉赫女真部以及聘我二女：愛新覺羅·嫩哲，而不娶為由親自帶兵征討海西輝發女真部。
然而明建州左衛軍民左參將：鈕祜祿·額亦都，卻向他稟報道“女真語：啟稟貝勒爺，那輝發部首府在地勢險要的扈爾奇山城，又經拜音達理加固城牆易守難攻！若我建州大軍一動，可能他輝發軍必然會加強戒備閉門堅守強行？攻城雖然可以取勝，但傷亡必然多，倒不如先派出幾十名武士，化裝成輝發部人，潛入城中在裡應外合，那麼扈爾奇山城可一鼓作氣拿下。”
此舉被明建州左衛軍民指揮使同意了，隨後明建州左衛軍民指揮使率領1萬建州女真軍離開赫圖阿拉城，開始包圍了輝發女真部首府〈扈爾奇山城〉。
已在城外守候兩天的明建州左衛軍民左參將，突然來到中軍帳內說道“女真語：伏兵已進城二日，各項工作也已完成，可以攻城了。”
於是建州女真大軍開始攻入城內，一舉滅了輝發女真部。
同時明建州左衛軍民指揮同知：愛新覺羅·褚英、明建州左衛軍民指揮僉事：愛新覺羅·代善，等親率五千騎兵再克烏拉女真部之「宜罕山城」。
待建州女真八部軍隊回到都督府「赫圖阿拉」之後，明建州左衛軍民指揮使就以明建州右衛軍民指揮使：愛新覺羅·舒爾哈齊，按兵不動，故此被削去正藍旗、鑲藍旗貝勒爵位。
不甘心的他帶著長子明建州右衛軍民指揮同知：愛新覺羅·阿爾通阿、三子明建州右衛軍民鎮撫使：愛新覺羅·紮薩克圖、商議另立門戶，並與兄長適行分庭抗禮，還遷居到〈黑扯木〉這裡屬於大明帝國的重鎮鐵嶺衛附近，可以依靠明軍保護，東麵又是海西烏拉女真部方便能聯係到盟友。
而明遼東總鎮總兵看準時機與明建州右衛軍民指揮使聯姻，讓二子明寧夏右屯衛總兵：李如柏，娶明建州右衛軍民指揮使次女：愛新覺羅.娥恩哲，為妻從此兩家關係友好。
12月10日，雲南承宣布政使司叛賊攻陷了武定府、雲南府嵩明州、祿豐縣，殺死了明祿豐縣知縣：蘇夢暘，等一大批地方官吏，叛賊首領：鄭舉，還立叛軍頭目：阿克，為武定府知府。
明萬曆三十六年公元1608年2月26日，明薊遼總督兼都察院右都禦史：蹇達，上疏說道“近來建州努爾哈赤日漸驕橫，遼東都指揮使隱憂可慮，請陛下早議戰守事宜，時漠北蒙古喀爾喀諸部悉已為建奴所統一，臣為此亦紛紛疏請速罷礦稅，以安人心，以固邊防。”
此奏折一出讓明神宗看後，先是不加理睬，畢竟建州女真八部連年朝貢，且穩定邊疆，雖然偶有戰事但也不過是女真內部事宜，無傷大明邊防，又加上李家一直替建奴說話，故此便將備戰奏疏轉給兵部處理，後始下令整飭邊備。
然而明兵部尚書：李化龍，手下左右侍郎等官員皆是虛銜，有些官職甚至無人充任！再加上經曆（萬曆三大征）之後國庫銀兩損失過大，且處於黨爭以及開礦時期，又沒陛下備戰旨意，加上建奴並未造反，故此兵部沒有任何備戰的意思！
4月20日，明禮部尚書兼東閣大學士：李庭機，稱“自臣受事以來，饑饉日趨嚴重，雲南承宣布政使司、兩廣之地冠敢於橫行，遼東都指揮使司建奴漸驕，皆深可憂慮！每見參劾將領之章奏，多是尅餉剝軍，沒人與士卒同甘苦，兵弱餉急，太倉庫久空，太仆寺亦空，內庫難捐，稅使難撤，部、院缺官，六科、十三道積滯，人心日以渙散，政事日以廢弛，鹽法積弊不可禁除，京商苦累莫為計議，至於工作之虛糜，官吏之貪墨，刑獄之淹抑，風俗這奢靡，民間之愁怨，天下事尚有不能儘言者。臣論義則不可當止，論力則不能當正，請賜罷歸。”