於是大明禮部又要求提供李氏臨海君讓賢的奏文，果然明神宗隨後就派遣了明遼東都指揮同知：嚴一魁、明自在州知州：萬愛民，進入李氏朝鮮王國展開調查。
這兩個官僚非常愛錢，為此李氏朝鮮光海君便準備了數萬兩白銀賄賂他們，同時讓他的表叔李氏朝鮮刑曹參判：金禮直，強迫李氏朝鮮臨海君向大明欽差們回答預定的內容。
明遼東都指揮同知等按套路到喬桐驛，向李氏朝鮮臨海君問話，待完成使命後便返回大明，回奏朝廷稱；李氏朝鮮臨海君果真有病不能繼承王位。
8月初9日，因雲南都指揮使司滇軍與地方土司兵聯合圍攻之下，叛賊首領：鄭舉、叛賊偽武定府知府：阿克，兩人兵敗被俘送至京師問罪。
同時朝廷還以失武定府印璽罪為由，逮捕了明雲南巡撫：陳用賓、明雲南總鎮總兵兼黔國公：沐叡，下大理寺獄論死，實乃可悲之事！
12月11日，兀良哈部朵顏衛進犯大明帝國北直隸順天府薊州，大肆劫掠軍民住宅區，明薊州左參將：馬棟，不能低禦。
還在大明禁衛騎兵以及薊州衛、營州右屯衛、營州後屯衛、興州左屯衛，援軍所至，居民們望見天空中明軍交戰時火器打出來的火光，以為是敵軍將至？紛紛大驚各自逃入京城，每日多達數萬人，致使京師內外城九門儘閉，帝都開始戒嚴。
而明兵部尚書：李化龍，請以白銀三十萬兩填補薊州鎮缺餉，並修軍械器具，戶部則以國庫告乏，請暫借內務庫礦稅銀，定期補還。
明神宗不許借用內務庫銀，而命發太仆寺馬價銀十萬兩、戶部銀十萬兩，才讓薊州衛以及薊州鎮軍心稍定。
此刻朵顏衛見明軍有備而來，且久攻不下損失慘重，大多數朵顏軍被明軍火器打傷，便開始撤兵但明軍追擊時還趁勢殺了襖兒都指揮使司漠南蒙古河套部151人，讓漠南蒙古河套部首領：拱菟，懷恨再心伺機複仇。
12月18日，明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤（佟·努爾哈赤）首先是責令三弟明建州右衛軍民指揮使：愛新覺羅·舒爾哈齊，放棄自立為王的念頭，重新歸附到建州女真三衛麾下，但被拒絕了。
在勸說無效的情況下，他決定斷然采取了強硬措施。
在明萬曆三十七年公元1609年3月初7日，明建州右衛軍民指揮使的兩個兒子（長子：愛新覺羅·阿爾通阿、三子：愛新覺羅·紮薩克圖）兩人均被明建州左衛軍民指揮使派兵誅殺，包括明建州右衛軍民總旗：納拉·武爾坤，也被處死。
但明建州左衛軍民指揮使的餘怒還未消，仍打算將他的次子：愛新覺羅·阿敏，處死，隻是在自己的第八子：愛新覺羅·紅歹是（愛新覺羅·皇太極）等人的極力求情下，才逃過一劫免於一死，不過他的一半家產被沒收。
麵對兄長咄咄逼人的姿態，明建州右衛軍民指揮使開始複仇出發，誰知戰敗！失去了繼續抗爭的勇氣。
他知道自己的實力遠遠不如兄長，而且他所指望的靠山，駐紮在遼東都指揮使司的明軍，也處在岌岌可危的境地，根本不是沒有出手的意思。
在萬念俱灰的絕望處境下，明建州右衛軍民指揮使回到了兄長的帳下，但是這次兄長明建州左衛軍民指揮使對他不再講兄弟情誼了，而是直接把他囚禁在一間暗室之中，用鐵鏈鎖住，僅有兩個孔穴給他送食物。
這下建州女真八部又壯大了許多，明神宗為了牽製建州女真八部的發展，才不得已派遣了明行人司行人：劉用，出使李氏朝鮮王國，正式冊封李氏朝鮮光海君為李氏朝鮮國王（大明李氏朝鮮郡王）。
但大明禮部還是拒絕承認李氏朝鮮光海君，是大明帝國的郡王，直到李氏朝鮮官員們賄賂禮部才打通關係，勉強承認但也讓李氏朝鮮光海君開始討厭大明帝國。
3月10日，襖兒都指揮使司漠南蒙古河套部首領：拱菟，集合兵力開始報複大明，遂率眾五千餘人進入遼東都指揮使司大勝堡，明廣寧中屯衛遊擊將軍：於守誌，率兵出擊兵敗。
致使漠南蒙古河套部首領俘獲了明大勝堡總兵：耿尚文，將其五馬分屍，且在大勝堡一帶大肆殺掠，還深入小淩河22裡地。
然而明遼東總鎮總兵：杜鬆，卻駐紮大淩河，沒有前往救援，導致明軍大敗。
12月初5日，南直隸揚州府劉家莊百姓造反，殺死明如皋縣知縣：張藩，致使軍情緊急明漕運總督：李三才，立即奏報明泰州知州：劉民愛，又遭遇了明高郵衛指揮使：王正國，等將領失事，並說“因各處饑荒，故流民日眾，且千百成群，正在行劫，非速免租，進行救濟，安撫人民，否則後果將不堪設想。”