無奈之下明李選侍隻能反擊，她派遣宦官去召明皇太子：朱由校，入乾清宮議事，卻被明顧命大臣：楊漣，所阻擋還嚴肅說道“殿下在東宮為太子，今則為天子，區區李選侍怎配召見天子？”
說完就怒目將前來傳話的宦官給逼退。
9月初5日，眼見皇太子殿下登基大典將近，而明李選侍仍賴在乾清宮內不出，致使明顧命大臣心急如焚，又聯絡了諸大臣們聚集慈慶宮，要明內閣首輔：方從哲，帶頭請皇太子殿下下詔驅明李選侍移宮。
可怎奈明內閣首輔卻不以為然地說道“遲亦無害。”
於是明顧命大臣則爭辯道“昨日就以皇長子就東宮位，明日既為天子，乃反居太子宮以避宮人乎？”
不過當時還有人提出明李選侍乃是先帝的嬪妃，若逼之過急，是否有失體統？沒想到明顧命大臣立即斥責道“諸臣皆受顧命於先帝，而先帝自欲先顧其子。”
並且表示“能殺我則已，否則，今日不移，死不去。”
其他大臣們見狀亦紛紛讚言助之，此事還驚動了慈慶宮中的明皇太子，他當即就遣人讓群臣們退去，但是明顧命大臣依舊不肯服從，還以一人之力拉攏群臣們，繼續抗辯道“李選侍陽托保護之名，陰圖專擅之實，宮必不可不移。”
就這樣在明顧命大臣等大臣的堅持下，明皇太子隻好下旨遣明李選侍即日移宮。
之後明李選侍接旨，得知敗局已定，隻好哭哭啼啼地遷出乾清宮。
次日，明皇太子：朱由校，在舉行完所有祭祀儀式後，就在皇極殿內正式登基，即明熹宗，由於他父皇的年號「泰昌」本定於明年用的，但是現在卻提前駕崩了！
所以經過內閣大臣們商議後，均一致認為大行皇帝在位期間不足一年，其年號不好記，於是就把萬曆四十八年的陽曆8月，定為太上皇～明神宗最後一年，而陽曆9月正式改元為〈泰昌元年〉以紀念先帝明光宗在位年號，並規定改次年年號為［天啟元年］。
從先帝：朱常洛，駕崩到新皇：朱由校，登基，前後不過六日時間，明顧命大臣：楊漣，為輔佐皇太子殿下順利登基而嘔心瀝血，幾乎是夜夜不寢，史稱（在六日內便須發儘白，帝亦數稱忠臣也。）
9月初8日，明工科右給事中：惠世揚，彈劾明內閣首輔：方從哲，十大罪。
說道“獨相七年，妒賢妒能，驕蹇無禮，失悮哭臨；梃擊青宮，庇護黨奸；恣行胸臆，破壞絲綸，縱子殺人，蔑視憲典，沮抑官僚，蔽塞耳目；陷城失律，寬議撫臣；馬上催督，致喪全師；徇情罔上，鼎鉉貽羞；代營諸稅，蠹國殃民。”
接著又彈劾方從哲無君罪三條，其一為徇鄭皇貴妃、其二為受美珠欲封皇貴妃、三為代崔文升脫罪，
這兩本奏折呈上去後，明熹宗：朱由校，看了之後認為明工科右給事中是在誣陷同僚？
9月10日，經過眾大臣們商議後，終於得出了結果，決定上尊太上皇，諡號為『大明範天合道哲肅敦簡光文章武安仁止孝顯皇帝』廟號〈神宗〉而先皇諡號為〖為崇天契道英睿恭純憲文景武淵仁懿孝貞皇帝〗廟號〔光宗〕。
另外由於太上皇靈柩還未下葬就在地宮加冰窖防止腐化，待完成後在葬於〔定陵〕至於先皇陵墓，因為其駕崩得太突然未曾設計。
於是便在昌平州天壽山陵內黃山寺二嶺南麓，的明恭靖太子妃：郭氏、明王才人（明熹宗母後）陵墓前修建〈慶陵〉一起合葬陵寢。
並且還為明恭靖太子妃上尊號為『孝元昭懿哲惠莊仁合天弼聖貞皇後』以及為自己的母後明王才人上諡號為〖孝和恭獻溫穆徽慈諧天鞠聖皇太後〗並把神主牌位奉祀於奉先殿內。
9月13日，前任明遼東總鎮總兵：李如柏，被罷官後整日待在府中，幾乎日夜飲酒，為此就遭到了夫人：愛新覺羅·娜琪雅，的辱罵說“他娘的就不是個男人，為何不向朝廷解釋清楚？整日飲酒乾脆死了算了！”
而李如柏氣不過就出府走走，不曾想街上百姓都對他指指點點，有說他勾結建奴的，有說他貽誤軍情的，還受到了文官彈劾臭罵，最後他經受不住打擊，決定自殺以保存李家最後的顏麵。
9月20日，明熹宗對於明皇太子東宮典膳：李進忠，這位從萬曆十七年就選入宮中，經過一番打拚後才結識了明司禮監秉筆太監：孫暹，在他的門下混到了甲字庫太監名號。
當自己還是皇太孫時，李進忠，就伺候備至，導其遊宴，甚得歡心，後又明司禮監右少監：魏朝，結拜為兄弟，並通過他為自己的生母明王才人辦膳食。
先帝明光宗：朱常洛，即位後冊立自己為皇太子，而李進忠，又得到明皇太子乳娘：客印月，之力，才充當上了［皇太子東宮典膳］。
而這明皇太子乳娘，原本是北直隸保定府定興縣百姓：侯巴兒（侯二）之妻，生有一子：侯國興，後因客氏姿色妖媚，且為人狠毒殘忍，生性淫蕩。
所以在挑選宮女之際，就混在隊伍中，18歲便入宮，因生育過且有奶水，而且姿色不錯所以被劃為宮女隊列。