當然後金複州衛總兵也因為處理這個事情得罪了，一批後金八旗子弟，他們就認為後金複州衛總兵故意包庇大明漢人軍民！
此矛盾還不斷升級，最終導致了後金複州衛遊擊將軍：單藎忠，不服從他的管理，斬殺了招降人，並聚集了四萬不願意剃發者準備響應毛家軍。
後金複州衛總兵得知後大怒，但也不想貿然出兵得知遼人，就上報後金覆育英明天命汗，讓他下令派兵征剿。
單遊擊將軍自知不是後金的對手，連忙將城中百姓，全部遷渡到長山島去躲避，東虜建奴賊兵追來時，因不善水性，又遇風浪打壞兩艘船隻，淹死了許多人，便不敢繼續追擊。
隻得讓後金二等總兵：佟養性、後金三等總兵：李永芳，配合後金二貝勒他們同取鎮江堡。
此時明定遼右衛副總兵：毛文龍，正在鎮江堡內招降納附，隻見夜不收探馬來報，有奴酋已收金蓋複三衛軍民，單遊擊將軍已退入長山島中。
聽聞消息後毛副總兵仰天長歎道“這賊是斷我歸路，剪我羽翼，不久就來攻我部了。”
於是連忙吩咐城中百姓，有願歸降大明的，可即刻收拾行李，暫赴各島嶼安插，著明萊州衛守備：蘇其民、明麻羊島都司：張盤、明天津衛百戶：李景先，分投船隻裝載，把百姓們散入豬島、獐子島、廣鹿島，等各處島嶼。
城中攜兒挈女，擔籠挑箱者絡繹不絕，均有明軍護送，還不許百姓自相搶劫，又行牌各船，火緊裝載，不許索錢鈔。
這時後金兩位貝勒以及兩位總兵相繼追來，裝有攻戎炮，又有鐵騎數萬，把鎮江堡圍成鐵桶一般，口口聲稱要捉拿毛文龍，砍頭祭旗。
城中軍民，有二萬餘人被運送至各島，又有二萬餘人跟隨毛副總兵逃去了李氏朝鮮王國，在城中的，隻有老弱病殘以及一些不原去的，再加上部分開城獻功的。
然而大家並不知道後金二等總兵：佟養性，恨毛副總兵拿了他兄弟，眼下入城後又怪這些人反覆，今日降明、明日降夷，竟直接不分青紅皂白就帶著部下們一通亂砍，把城中老少儘數殺光，城內房屋幾乎都被燒毀。
在明定遼右衛副總兵本部明軍撤走後，而他也僅僅是帶走了約為兩三萬人的難民和百姓，更多的遼東都指揮使司漢民們卻儼然進入了人間地獄，包括鎮江堡在內的所有歸順明軍的城鎮、堡壘，均無一例外的被後金軍隊給屠城。
僅鎮江堡一地被屠戮的百姓，就有多達三萬人之多。
之後再去追擊毛家軍時以無蹤影，隻從沿途百姓口中得知有大批明軍往東過鴨綠江逃去，後金方麵立即準備船隻，還寫信通知李氏朝鮮王國。
這一期間李氏朝鮮郡王光海大君：李琿，在「薩爾滸之戰」慘敗後，對後金軍可謂是有幾分忌憚，所以收到書信後便決意聯絡後金，因而在明定遼右衛副總兵退到李氏朝鮮王國邊境之時，便立即派遣了李氏朝鮮平安西道節度使：鄭遵、李氏朝鮮寧邊大都護府使：樸燁，等引軍出擊，配合後金軍，在鴨綠江、長白山一線追繳毛家軍的小分隊。
敵眾我寡險境之下，明定遼右衛副總兵率部與優勢後金軍、李氏朝鮮軍展開了海戰和叢林遊擊戰。
最終李氏朝鮮平安西道節度使、李氏朝鮮寧邊大都護府使引後金軍包圍毛家軍於林畔館附近，雙方進行了激烈戰鬥，一日七戰，死傷相當。
其中明天津左衛副千戶：丁文禮、明鎮江堡守備：呂世舉、明天津右衛號角官：李國保、明鎮江堡千總：韓世卿、侄子明定遼右衛總旗：毛承儒，等將領力戰而死。
還讓明定遼右衛旗鼓官：劉印科、明登州衛旗鼓官：馬蹶，被擒壯烈犧牲，但後金軍也蒙受了很大損失，被迫撤兵。
事後明定遼右衛副總兵探得建奴賊兵已退去，李氏朝鮮林眯館一帶屍橫遍地，不是斷腳，便是無頭！這些追隨而來的大明百姓，有的在被圍時出走，有的躲在深山裡隱居，也有的逃不了乾脆就混在死屍當中，剩的不下萬餘人。
待處理好戰死軍民屍體後，明定遼右衛副總兵就去平安西道義州府，寫書信痛罵李氏朝鮮平安東西道邊防將領潛通奴酋，引兵殺害大明將領。
又送奏折去李氏朝鮮議政府，指責道“大明李氏朝鮮郡王背棄朝廷平倭之厚恩，卻暗通東虜建奴，一起殘害大明軍民，還企圖殺害本部麾下大明將吏。”