幾乎打穿了整個貴州承宣布政使司地界，消息傳出去之後，雲南承宣布政使司、四川承宣布政使司、貴州承宣布政使司、湖廣承宣布政使司，四個布政使司衙門均震驚，連忙召集官員商討會議，並上奏朝廷請求調派大軍鎮壓。
2月初9日，叛軍水西土司統領：安邦彥，率軍包圍了貴州宣慰使司都司府貴陽府，還聲稱要從湖廣承宣布政使司辰州府與常德府、荊州府，以挑釁湖廣行都指揮使司駐軍，在直抵中原地區。
此舉就讓寶慶府、靖州、保靖州軍民宣慰使司、長沙府、嶽州府，一帶為之震驚。
一時之間貴州都指揮使司貴陽府境內的明軍，全部被派出去平叛，才導致了都司府貴州府兵力空虛，紛紛發出書信求援，僅有明貴州總鎮巡撫：李枟、明都察院貴州道監察禦史：史永安，督率軍民堅守孤城。
明銅仁府總兵：張彥芳，聽聞消息後急率兵2萬人趕赴救援，卻被叛軍誘敗於龍裡軍民衛。
2月17日，暫代的明遼東總鎮經略兼兵部尚書：張鶴鳴，到寧遠衛後下令全城盤查抓捕間諜，並且極力拉攏漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗：孛兒隻斤·林丹汗巴圖爾（虎墩兔）、漠南蒙古內喀爾喀烏濟葉特部首領：孛兒隻斤·舒哈克卓裡克圖（炒花）、漠南蒙古內喀爾喀五部首領兼翁吉喇部大汗：孛兒隻斤·齋賽，等漠南蒙古諸部，希望能夠得到他們支持收複失地。
另一方麵對於前任熊總鎮經略卻依舊上奏痛罵過錯，實際上熊總鎮經略根本無實權，因此明刑科左給事中：劉弘化，就為熊總鎮經略上奏辯論，卻被批奏罰俸祿。
隨後明都察院山西道監察禦史：江秉謙、明南直隸都察院司務：何薦可，繼續反駁辯論，但依舊被明遼東總鎮經略兼兵部尚書：張鶴鳴，給彈壓下來並貶去兩人官職。
這導致了群臣們的憤怒，明都察院河南道監察禦史：謝文錦、明刑科給事中：惠世揚、明禮科左給事中：周朝瑞、明兵科右給事中：蕭良佐、明吏科給事中：侯震暘、明工科給事中：熊德陽，等交章極論，請用明世宗興親王嘉靖肅皇帝：朱厚熜，戮明兵部尚書兼督團營：丁汝夔、明神宗萬曆顯皇帝：朱翊鈞，逮明兵部尚書：石星，的故事，要求與王總鎮巡撫一樣處理。
但明兵部尚書依舊詆毀熊廷弼說他犯有丟失疆域之罪，由明內閣首輔：劉一燝、明吏部尚書：周嘉謨，黨庇不令出關所致，因詆言者為明內閣首輔鷹犬，且憤言道“祖宗故事，大司馬（指～張總鎮經略）不以封疆蒙功罪。”
於是明禮科左給事中也帶頭複彈劾，並由明都察院湖廣道監察禦史：周宗文，羅列其八罪，但明熹宗：朱由校，卻不問罪。
不過也讓明兵部尚書有些羞愧難當，不久便臥病在床。
3月初8日，明熹宗下令簡選精兵，訓練於皇宮大內，此事被明司禮監掌印太監：魏忠賢，給總攬下來並按照京軍與東廠錦衣衛組織起一批軍隊，專門訓練冷兵器與火器。
每次訓練之時，都由明司禮監掌印太監：魏忠賢，手持令旗，三軍悉聽其指揮，其後內操火器兵增至萬人，穿甲出入，金鼓之聲震動宮內外。
3月18日，明戶、工、兵，三部左侍郎：王在晉，代熊廷弼以及張尚書為〈兵部尚書兼都察院右副都禦史，領遼東總鎮經略〉另外又負責節製；薊州鎮、天津三衛、登州府（登州衛、萊州府（萊州衛）的海防軍務，明熹宗特賜其蟒袍玉帶和尚方寶劍。
新任的明兵部尚書兼都察院右副都禦史領遼東總鎮經略：王在晉，當時分析關外形勢說道“東事離披，一壞於清河堡、撫順守禦千戶所，再壞於開原衛、鐵領衛，三壞於遼陽衛、沈陽中衛，四壞於廣寧衛等地，初壞為危局，再壞為敗局，三壞為殘局，至於四壞，乃捐棄全遼，則無局可布矣！逐步退縮之於山海衛關內，此後再無一步可退。”
此外明遼東總鎮經略：王在晉，還評價道“之前毛參將收複鎮江堡，擒縛叛賊佟養真，致使遼南四衛震動，人心響應，聞報之日，縉紳慶於朝，庶民慶於野，是自清河堡、撫順守禦千戶所失陷以來，費千百萬金錢，萃十數萬兵力，不能擒其一賊。此一捷也，真為空穀之音，聞之而喜可知也。“
然而明兵部尚書：張鶴鳴，視察遼東都指揮使司複命時，卻說“自遼患以來，總鎮經略死難係獄，累累匪一，今日總鎮經略，難於前日之總鎮經略萬備矣，王總鎮鐵骨赤心，雄才遠略，識見如照燭觀火，肩重如迎刃理絲，但秉正不阿，人醉獨醒，獨臣於明初（王在晉字）兩人耳～王明初不足惜，如遼事何，此今日釀遼事大禍根也，此臣不顧嫌疑，不顧仇害，為國家大計而吐肝膽於陛下之前也。”
可以說對王總鎮經略推崇備至。
就連明薊遼總督：王象乾，也上奏建議王總鎮經略宣稱“得廣寧衛不能守也，獲罪滋大，不如重關設險，護山海衛，以佑京師。”
於是明遼東總鎮經略就以「撫虜、堵隘」守山海衛的方略，在《題關門形勢疏》中，寫道；畫地築牆，建台結寨，造營房，設公館，分兵列燧，守望相助。
他認為高嶺有乘墉之勢，鬥城如鍋底之形，昔武侯雲地勢兵者之助也，不知戰地而求勝者，未之有也，奴有戰地，而我無守地。山海一關不過通夷貢夷之道，嚴遠戍之防有兩河為保障，何夷虜之足憂。而今且以為衝邊絕塞，此豈有形之天塹，成不拔之金湯者哉。臣與同事諸臣謀之，有欲築敵樓，先居高山、高嶺者。夫敵樓孤峙，能擊遠不能擊近，倘為賊所乘，則益助其憑高博擊，而我失其所控禦矣。有為再築邊城從芝麻灣起，或從八裡鋪起者，約長三十裡，北繞山，南至海，一片石統歸總括，角山及歡喜嶺悉入包羅，如此關門可恃為悍蔽。