因此明兵科右給事中：周希令，建議要五百萬兩銀子當做防禦經費，而明兵科左給事中：沈應時，則建議築起邊城為山海衛的屏蔽。
雙方經過商討之後，群臣們核對估計動工需要工計費，至少為百萬兩銀子，蓋並造衙舍、築銃台、建營房之費不計其數。
為此明遼東總鎮經略還上奏稱“臣嘗謂必有複全遼之力量，而後可複廣寧衛，必有滅奴之力量，而後可複全遼，不然啟無巳之爭，遺不了之局，而竭難繼之供，不可不慮。”
他還發現山海衛關城內，本身就存在著重大的隱患，因此建議修重城，待重城修好以後，山海衛關城才能真正成為雄關天險，此舉極具戰略目光。
朝廷方麵為了支持他的想法，自發內簾黃金20萬兩。
當時主要是關外五城（義州衛、廣寧後屯衛、廣寧中屯衛、廣寧左屯衛、廣寧左屯衛中左守禦千戶所）以及七十二堡皆為漠南蒙古諸部們所占據。
雖然聲稱是替大明帝國助守邊，但是實際上則是行窺伺明軍勢力的舉動，對此明遼東總鎮經略：王在晉，與明薊遼總督：王象乾，隻會一意姑息，又請築重關於八裡鋪。
不過他的主張，卻遭到了明廣寧前屯衛兵備道僉事：袁崇煥、明兵部主事：沈棨、明兵部司務廳司務：孫元化，等將領的反對。
其中以明廣寧前屯衛兵備道僉事為主，要求修築到二百裡之外的寧遠衛，但王總鎮經略卻不聽從建議。
隨後明廣寧前屯衛兵備道僉事還兩次，直接將意見報告給明內閣首輔，但明內閣首輔因不知前線的情況，拿不定主意。
這時明兵部右侍郎兼詹事府少詹事：孫承宗，自請上奏要親身前往山海衛關外勘察地形，而由於孫侍郎乃是帝師，所以明熹宗不太舍得讓他離開。
但為了穩定朝中局勢，還是忍痛割愛讓帝師出關勘察。
3月25日，明兵部右侍郎：孫承宗，巡視回朝後建議出關築守寧遠衛要害，與覺華島形成相犄角，後又麵奏明熹宗，稱；王總鎮經略不太懂軍務、不堪勝任，當自請督師。
這讓明熹宗大喜，不得不派出帝師總督軍務了，便特加明兵部右侍郎：孫承宗，為〈太子太保兼遼東總鎮經略〉並賜蟒袍玉帶、銀幣，以示隆禮。
3月27日，朝廷傳令貴州承宣布政使司附近各鎮派遣精兵應援，並調遣了湖廣都指揮使司、雲南都指揮使司、廣西都指揮使司，這三鎮都司4萬明軍入貴州承宣布政使司救援。
4月11日，李氏朝鮮兵曹判書：申景禛，以吊唁李氏朝鮮平山府使：李貴，出家為尼的女兒：李禮順，的名義前去拜訪李氏朝鮮平山府使，以闡明舉事之意，得到讚同。
於是李氏朝鮮平山府使之子李氏朝鮮延陽府院君：李時白、李氏朝鮮漢城府參軍：李時昉、李氏朝鮮漢城府儒生：金自點、李氏朝鮮加平郡儒生：沈器遠、前任李氏朝鮮兵曹佐郎：崔鳴吉，等人都相繼加入到政變集團中，此後預謀效力者較多。
4月14日，明禮部尚書：孫慎行，上疏追論紅丸案事件，並彈劾先帝光宗泰昌朝時期的明內閣首輔：方從哲，有包庇明鴻臚寺寺丞：李可灼，的行為？
為此明熹宗下令廷臣商議，參與議論者達一百一十多人，紛紛聲討方閣老有罪，唯獨明刑部尚書：黃克纘，及明禮科給事中：汪慶百，等數人為其袒護。
由於事情複雜且有人求情，因此重審此案，以免冤枉忠臣，也能斷了流言蜚語。
後來為了平息爭論明熹宗宣布廢除李可灼官職遣去戍邊，明禦藥房太監：崔文升，則被發配到南直隸應天府南京城皇城打掃衛生，而對於在府宅修養的廢臣：方從哲，暫不處理。