還讓薊州鎮、遼東都指揮使司各地原來的將領們監管各處，見機行事時不必受到其他人的限製。
並且提升明山海衛監軍副使：閻鳴泰，為〈遼東總鎮巡撫〉又重用明兵部職方武選清吏司主事：鹿善繼、明兵部主事：王則古，為「讚畫」還請求從國庫帶走八十萬兩銀子。
除此之外還讓明山海衛總兵：江應詔，製定軍事編製、明廣寧前屯衛兵備道僉事：袁崇煥，負責建造營房、明撫夷總兵：李秉誠，訓練火器裝備、明兵部職方清吏司主事：鹿善繼、明兵部主事：王則古，一起處理軍需物資。
明兵部武選清吏司主事：沈棨、明工部員外郎：杜應芳，維修甲仗、明兵部司務廳司務：孫元化，修築炮台，明中書科中書舍人：宋獻、明羽林衛經曆使：程侖，購買軍馬、明廣寧義州衛兵備道僉事：萬有孚，采伐樹木。
至於明廣寧中衛遊擊將軍：祖大壽，就繼續留在東部的覺華島內輔助明廣寧左屯衛右參將：金冠，海上駐防，明援遼左參將：陳諫，明援遼副總兵：趙率教，駐守廣寧前屯衛、明寧遠衛遊擊將軍：魯之甲，負責拯救難民、明寧遠衛副總兵：李承先，訓練騎兵、明義州衛左參將：楊應乾，招募遼人編製成軍隊。
此外明遼東總鎮經略：孫承宗，還發現先前關上的士兵沒有紀律，而且有大量的不符合條件人，居然也站出來冒領軍餉。
於是明遼東總鎮經略閱兵後，就將河南府、真定府，等地不符合條件的士兵全部遣返回鄉。
又將明寧遠衛遊擊將軍所拯救出的難民，給征召了七千人出來去駐守廣寧前屯衛，再讓明義州衛左參將招募的遼人軍隊去鎮守寧遠衛，並請求李氏朝鮮王國前來聲援遼東都指揮使司，又犒賞東江鎮的明定遼右衛副總兵：毛文龍，為〈平遼副總兵〉掛「征虜前將軍」印，駐守東江鎮，讓他四麵防衛。
並傳令給明山東總鎮總兵兼山東都指揮僉事：沈有容，進據廣鹿島配合防守以及救援難民。
而後明山海衛總兵：江應詔，被彈劾貪汙軍餉，明遼東總鎮經略就上奏朝廷讓明三屯營總兵：馬世龍，代替，並讓明撫寧衛總兵：尤世祿、明廣寧前屯衛總兵：王世欽，為南北帥（左右參將）以聽從馬總兵調遣。
明熹宗：朱由校，聽從孫總鎮經略的建議，還賜給馬總兵［尚方寶劍］負責節製關內外門戶。
兩位帝師～明登萊巡撫：袁可立，與明遼東總鎮經略：孫承宗，均同為天啟二年殿試同考官，他們共同主持遼東都指揮使司戰事期間東虜建奴韃子不敢繼續侵略，明遼東總鎮經略將海防軍務委托給袁巡撫。
自己則負責坐守遼東都指揮使司收複失地，但朝廷卻有人重視山海衛，而輕視沿海地區，甚至為了節省經費（畢竟江南東林黨官員富商巨賈們都被明司禮監掌印太監：魏忠賢，拷打交稅）所以竟有人請求朝廷要裁撤登萊巡撫職務！
好在明遼東總鎮經略深明大義，知道朝廷黨爭內幕，便苦口婆心上奏勸說道“恢複全遼，必資於海。臣請求陛下敕，部分兩鎮汛地，酌給山東都指揮使司登萊兩衛沈總鎮總兵部兵丁，敕登萊巡撫袁大人用心料理，仍令節製兩鎮，凡一應兵馬錢糧、徵收調遣、防剿功罪儘歸經理。”
此舉被明熹宗批準了。
不僅如此，明遼東總鎮經略還前後修築城堡數十座，練兵十一萬、造鎧甲仗、開屯田，軍容頗振。
後與眾將商議決定守寧遠衛，在命明覺華島遊擊將軍：祖大壽，興工築城，共圖大舉請餉24萬，明熹宗命所司給之，可兵、工，二部尚書卻忌其成功，故用公文移往彆處，以緩慢速度回複，導致築城士兵竟不能出。
8月23日，明熹宗賜封明皇五弟：朱由檢，為〈信親王〉並遣明英國公：張惟賢，持［節鉞］再由明中極殿大學士：葉向高、明東閣大學士：韓爌，捧冊攜百官於皇極門外東廡行禮。
年僅12歲的明皇五弟信親王：朱由檢，加冕親王九章冕服珠簾，正式成為藩王。
9月26日，因明熹宗已經大婚完畢，且迎娶了河南承宣布政使司開封府祥符縣人士：張嫣，為皇後，故此明都察院山西道監察禦史：畢佐周、明吏科都給事中：薛鳳翔、明都察院河南道監察禦史：劉蘭、明東閣大學士：劉一燝，紛紛就上奏請移明奉聖夫人：客印月，出宮。
畢竟眼下宮中明奉聖夫人與明司禮監掌印太監：魏忠賢，兩人狼狽為奸，專門整惑不服從管理的文武大臣，且魏公公也負責搜刮官員錢財的，因此東林黨們非常看不慣他們。
但明熹宗依舊戀戀不舍，不忍心讓明奉聖夫人離去，便說道“皇後年幼，賴媼保護，俟皇祖大葬議之。”
又加上明奉聖夫人與明司禮監掌印太監勾結，因此後宮中無人敢違背他們的意誌，以及明熹宗詔諭內閣群臣們“客氏朝夕侍朕，今日出宮，痛心不止，著以後不時進宮奉慰，外廷不得煩擾。”
有了這道聖諭，明奉聖夫人想進宮就進宮，想出宮就出宮，可謂是來去自如。