致使明福寧衛鎮撫使：張天錫、明福寧衛百戶：王一經，等將領忍無可忍，與眾兵卒們一起關閉城門，包圍官署，毆打貪吏，樹旗拆屋，城門關閉多達十三日。
最終明福建左布政使：朱宋或，親自前往福寧衛軍營勘察並勸解平息事件。
5月21日，朝廷內部黨爭暗流不斷，先有閹黨為了慶祝遼東都指揮使司以及登萊兩府戰事，而選擇拉攏明遼東總鎮經略：孫承宗，與明登萊巡撫：袁可立，但皆遭到拒絕！
因而被閹黨之首明司禮監掌印太監兼東廠提督：魏忠賢，的排擠，故意少發補給、少給錢糧等操作，以及明平遼總兵兼征虜前將軍：毛文龍，也倒向了閹黨陣營中。
故此登萊兩府名義上的主人，明登萊巡撫就顯得很尷尬了，為了避免皮島部聯合閹黨對自己產生威脅，影響大明戰局，因此深明大義的袁巡撫打算即將離任。
不過他恰好在登州府公署中，看到了數年難得一遇的海市蜃樓，遂詩興大發，在蓬萊閣上留下了千古不朽的名篇《觀海市》。
5月29日，明遼東總鎮經略：孫承宗，上車營圖共計；步騎二十四營，合為車營，外有前鋒後勍，騎兵七營，合步騎九萬二千八百五十六人，內有步兵四萬一千八百五十六人俱足，騎兵五萬一千人，現少一萬五千七百八十九人，尚議催促各鎮兵馬，可得萬人。
其戰馬宜六萬三千六百一十三匹，今少六千五百八十九匹，擬於京營量選三千五百匹，太仆寺量兌三千一百匹，其各營所需細大之數約七十餘萬，乞發帑金二十四萬兩白銀，但明熹宗隻準發了十萬兩白銀。
此舉疑是魏公公批閱奏折？
6月初1日卯時，明都察院左副都禦史：楊漣，聯合明吏部尚書：趙南星、明大理寺左寺丞：左光鬥、明都察院河南道監察禦史：袁化中、明吏科都給事中：魏大中、明禮科左給事中：周朝瑞、明刑部山東清吏司郎中：顧大章，等人為首的「東林六君子」聯名上奏將寫好的奏疏藏在懷裡，準備趁著早朝時麵奏皇帝陛下，當場揭露九千歲魏公公陷害忠良的事。
但很不巧的是當日免朝，因此明都察院左副都禦史害怕奏折機密泄露，隻好讓心腹交會轉呈明熹宗。
此奏疏中列舉了九千歲魏公公的二十四條罪狀，還揭露了他迫害先帝舊臣、乾預朝政，以及逼死後宮賢妃試圖謀害皇子，操縱南北鎮撫司錦衣衛與東廠錦衣衛濫施淫威等罪行，最後還指出魏公公專權的惡果是〈致掖廷之中～擅天子之權〉但知有忠賢、不知有陛下，都城之內，亦但知有忠賢，不知有陛下！
還極力請求明熹宗大奮雷霆，集文武勳戚，敕刑部嚴訊，以正國法。
可以說楊禦史此疏，字字句句，如雷霆萬鈞，擊中魏公公的要害，而且奏折還是聯合其餘大臣們聯名撰寫的內容，其身後牽扯到了一大批群臣官僚，因此魏公公聽聞奏折後驚恐萬狀。
他慌忙跑到明熹宗麵前哭訴其冤，畢竟這些事情皇帝陛下要是真的查起來，可謂是一查一個準，不過明熹宗也不傻，他的帝師畢竟是著名的明遼東總鎮經略：孫承宗，所以說明熹宗不識字那是不太可能的。
不過他當初即位後就看出了朝堂之上黨爭暗流不斷，而要想真正控製住黨爭，不影響軍事發展，以及朝廷國庫稅賦要運行，那就必須拿東林黨員開刀，畢竟江南商業發達，且未曾遭受戰亂以及天災人禍的影響，對於許多官員富商來說，還是比較富有的。
再加上遼東戰事以及西南戰事吃緊，大小都需要軍費開支，因此朝廷國庫分分鐘需要黃金白銀進出。
而當初培養魏公公的目地，除了平衡黨爭影響朝堂日常事務外，那就是要養出一條真正屬於皇權控製，完全聽命於朝廷的狗，現如今可以說魏公公就是那個既可以打壓住朝堂群臣，又可以替皇帝收攏朝廷國庫稅賦的人，雖說害了部分忠良，但皇權依舊牢牢控製在皇帝手上無人能夠撼動。
至於魏公公那可以說就是皇帝手中的一枚棋子，讓他變九千歲鎮壓官員收攏錢財，那他就是九千歲，值得一提的是九千歲從來沒向百姓征過一文錢的稅，不讓他有權利的時候那就是一個閹人，所以用起來很方便不會傷到自己。
而東林黨們卻不同，明麵上是君臣關係，背地裡卻打著自己的算盤，為自己謀取福利，有時候還經常忤逆皇帝的意思，但皇帝也拿他們沒辦法，誰讓太祖洪武高皇帝陛下定下的刑不上大夫規矩！
再加上之前常識改革的明武宗正德毅皇帝：朱厚照，就是因為想發展資本主義製度，以及獨攬皇權的想法，結果年僅31歲就不明不白的落水死亡，反觀假借煉丹的明世宗興王嘉靖肅皇帝：朱厚熜，明麵上信道，實際上手握大權北驅韃靼、東平倭寇、南收複安南都統司。
因此明熹宗也是照葫蘆畫瓢學得明世宗，不過他不信道，而是喜歡木匠，經常做一些木質東西用來打發時間，麻痹官員，讓他們以為皇帝不理朝政，官員好為自己謀劃福利？
實際上則是讓魏公公來監視官員的一舉一動，隨時隨地打壓他們貪汙受賄的行徑，也好分擔自己的壓力，因為明熹宗文化水平不高，雖說識字但是不多，太深含義的理解不了，而魏公公雖然初入司禮監之時，也是個文盲。