但是明司禮監掌印太監兼東廠提督九千歲：魏忠賢，經過後期的學習，現已經能夠熟悉掌握批閱奏折能力了，可以說在這點上比明熹宗：朱由校，略微強點。
再加上兩人從小的主仆關係，所以才讓彼此之間非常信任。
眼下卻被東林黨成員明都察院左副都禦史：楊漣，給上奏彈劾自己的棋子，因此明熹宗心知肚明早晚會有這一天，也是時候跟東林黨員們一較高低了。
於是就故意當著南北鎮撫司錦衣衛、府軍左右衛以及騰驤四衛與部分大臣們的麵，在養心殿內說道“朕識字不多，還請忠賢念予朕聽。”
這實際上也是在打暗語。
果然聽出門路的明司禮監掌印太監兼東廠提督：魏忠賢，當即就讓明司禮監秉筆太監：王體乾，負責念奏折。
他故意削減罪狀，把重的罪名以及部分罪證直接選擇不念出來，弄得明熹宗真假難辨，好壞不分，一旁的官員們則大驚失色！
隨後明熹宗還反過來安慰九千歲讓他放心，這些都是小事，回頭就處置楊禦史，辦他個誣陷之罪。
不過事件雖然是平息了，但自此以後，也讓九千歲對楊禦史恨之入骨，還被列為東廠頭號死對手。
6月11日，明內閣首輔：葉向高，認為事情差不多到了決裂的份上，是極不應該的，又加上有朝臣先後上疏數十次，還有人勸說葉閣老頒布這事，可以借此機會搬倒魏公公。
不過葉閣老經過深思熟慮後，他考慮到魏公公恐怕無法輕易除掉，隻有閣臣從中斡旋，還有希望不至於釀成大禍。
於是就上疏陛下，稱頌魏公公的勤勞，朝廷太寵愛他，盛名之下難免招致非議，應該解除他的權力，讓他回老家修養，以保全他的始終。
儘管這樣全身而退的奏折，是明哲保身之舉但是魏公公看後，還是很不高興的，他則借此機會假傳聖旨為自己表功，累計一百多字，但等聖旨出來之後，葉閣老卻吃驚地說道“這恐不是魏公公能夠寫出來的事！一定是有人代替他起草的。”
結果偵察後得知，此人乃是明刑部員外郎：徐大化。
不過魏公公雖然氣憤，但因為外廷勢力還很強大，他並不敢直接加害於葉閣老，可閹黨徒中卻有人勸導他要製造大案，從此魏公公這才下定決心要好好整治一下東林黨人。
6月16日，明工部屯田清吏司郎中：萬燝，正在督造陵墓事務，就得知明都察院左副都禦史及諸廷臣們，前不久交章彈劾明司禮監掌印太監兼東廠提督的奏折，被明熹宗給壓下來了。
不過也惹得明工部屯田清吏司郎中有些生氣，他也跟著上奏彈劾閹黨魏公公，稱其“自營墳墓仿佛陵寢，堅阻以內官監廢銅鑄錢之議，內廷外朝隻知有忠賢，不知有陛下？”
奏折呈上去之後讓明司禮監掌印太監兼東廠提督大怒，他正愁被大臣們彈劾無處發泄，眼下正好拿個小官開刀立威，就矯旨讓東廠錦衣衛前去廷杖一百，在貶為平民。
這還不算又讓北鎮撫司錦衣衛隊散布消息稱去抓萬大人，結果部分閹黨官員們就去萬府看戲，萬燝在府中被當眾毆打直至趴倒在地，還被眾人用腳踩踏。
事後僅僅過了四天，萬燝便重傷身亡。
6月20日，剛剛升任的明都察院四川道監察禦史：林汝翥，在謝恩皇帝之後就出城準備上任去了，待經過北城時，就遇到了欺壓百姓為非作歹的明司禮監太監：曹進、明司設監太監：傅國興，當場就讓左右手下把這兩個閹黨處以〈笞刑〉。
事後明司禮監秉筆太監：王體乾，就以林禦史乃外官卻擅自處罰內監觸犯朝規為由，上奏皇帝陛下，要對林禦史處以廷杖之刑。
當時明工部屯田清吏司郎中：萬燝，才因彈劾閹黨被廷杖斃命，因此明都察院四川道監察禦史恐冤死於挺杖之下，又不想連累人，便取消了與明內閣首輔：葉向高，的送行。
還偷偷逃出都門，逃到了順天府衙門向明順天府巡撫：鄧渼，寫下《劾魏忠賢疏》，請求明順天府巡撫轉遞給陛下。
其奏疏曆數了九千歲魏公公的罪狀，最後還說了句；朝廷上下，人人都懼怕魏公公的淫威，不知有陛下的威靈，還請陛下定要吸取唐文宗江王開成孝皇帝：李昂，縱容唐神策軍中尉兼左驍衛大將軍：仇士良，而釀成〈甘露之變〉的教訓。
同時明司禮監掌印太監兼東廠提督當即就派遣北鎮撫司錦衣衛緹騎百餘人，速去圍住明內閣首輔：葉向高，的私第府宅。
直接以林禦史為葉閣老的鄉人（或言是葉閣老之甥）為由，向其索要人員，實為閹黨故意折辱葉閣老之舉。
也算是報了之前的仇，這也讓羞愧難當的明內閣首輔認為自己為朝廷所作所為已經仁至義儘了，當即便準備上書辭職！