然而這時的明熹宗麵對林禦史的奏折，自然是聽不進去的，畢竟還要依靠九千歲魏公公來打壓東林黨，以及充實國庫稅賦，因此便下旨將林汝翥廷杖後解職為民。
10月初3日，明司禮監掌印太監趁著皇帝陛下做木匠之際，矯旨責備明都察院左副都禦史：楊漣，以「大不敬、無人臣禮」為由，直接將楊漣革職為民。
11月初8日，水西叛賊首領羅甸大王：安邦彥，領兵3萬餘人渡過三岔河南下，入安順州進攻普定衛。
麵對緊急軍情明兵部右侍郎兼貴州總鎮巡撫：蔡複一，急忙派遣明湖廣川貴總理：魯欽，等將領在汪家衝、蔣義寨處攔截水西叛賊大敗之，明軍又乘勝追擊渡過三岔河直抵朵你則溪治所織金。
此時明貴州總鎮巡撫：蔡複一，檄榜明湖廣川貴總理：魯欽、明貴州總鎮總兵：黃鉞，等將領分道禦之。
之後明湖廣提刑按察使兼讚畫軍前：尹伸，駐守普定衛擊敗來犯的水西叛賊，又與大軍會合，嚇得水西叛賊首領羅甸大王連忙逃遁渡河西奔。
後方的明湖廣川貴總理、明貴州總鎮總兵則督率諸將窮追不舍，明軍還長驅直入織金，焚燒敵營數十裡，獲得牛馬、甲仗無數。
明天啟五年公元1625年正月11日，後金軍發兵6千鐵騎來勢洶洶，開始反撲金州衛以及金州中左守禦千戶所的皮島部明軍，導致駐守在此沿海且兵力薄弱，又無後援的情況下，讓明軍節節敗退！
在此的明金州衛遊擊將軍：張盤、明金州衛千戶：朱國昌，兩位將領且戰且退來到金州中左守禦千戶所沿海彈藥打光，不幸殉國！
從此後金軍又重新占領了金州衛地界，控製了遼南四衛地區的統治。
正月17日，明湖廣川貴總理：魯欽、明遵義軍民府總兵：劉超，等將領從織金凱旋而歸，卻不料在渡河之際，反遭水西叛賊襲擊，致使明軍陣亡2千餘人！
事後上奏報時，明貴州總鎮巡撫：蔡複一，也因此遭到彈劾被罷免了官職。
3月初1日，朝廷經過商議後傳旨讓明貴州承宣布政使司左參政：王瑊，代為〈貴州總鎮巡撫〉實際上仍由明兵部右侍郎：蔡複一，明貴州總鎮巡按：傅宗龍，主持貴州都指揮使司軍務。
他們決定采取沿河渡口置寨駐兵方案，就地屯田，徹底封鎖水西叛賊的策略。
3月初8日，後金覆育英明天命汗：愛新覺羅·努爾哈赤，出於戰略目地考慮，決定以占領區內原大明帝國遼東都司府沈陽中衛，作為都城，摒棄遼陽衛遷都。
並在沈陽中衛原指揮所城內，修建了議政之所設有大政殿和十王亭，在中軸線北側依照女真族建築模式，建設一個居住之宮，史稱罕王宮，這是為營建沈陽中衛故宮之開端。
在後金遷都沈陽中衛之後，還對統治境內的遼人展開了〈遼東之屠〉先屠穀尼堪、再殺富戶、還誅賢人，致使遼人大麵積反抗，以至於後金覆育英明天命汗幾個月無心政事，更抽不開兵力對大明用兵。
3月11日，趁著東林黨人遊走奔波，去營救之前被關北鎮撫司詔獄的明遼東總鎮經略：熊廷弼，而讓明中書舍人：汪文言，負責多方上奏祈求赦免。
怎奈此舉惹怒了魏公公，他借此機會派出北鎮撫司錦衣衛出動抓捕了明中書舍人下北鎮撫司詔獄，並讓明北鎮撫司錦衣衛指揮僉事：許顯純，施以酷法拷訊。
其中魏公公還讓明大理寺右寺丞：徐大化，去彈劾楊漣、明大理寺左寺丞：左光鬥，宣稱其；黨同伐異，招權納賄，並假借［汪文言之獄］企圖謀害楊漣等人。
明北鎮撫司錦衣衛指揮僉事在魏公公的授意下，開始對明中書舍人嚴刑逼供，要他誣陷楊漣受賄，可免他一死，但明中書舍人卻寧死不屈，隻能仰天大呼道“世豈有貪贓楊大洪哉。”
這樣明北鎮撫司錦衣衛指揮僉事無計可施，隻好自己捏造供狀，用來誣陷楊漣等人曾受明遼東總鎮經略：熊廷弼，的賄賂二萬兩白銀。
隨即魏公公就光明正大的，派遣了北鎮撫司錦衣衛緹騎與東廠錦衣衛配合，一同前去逮捕楊漣等人來京審訊。
然而在審問明中書舍人：汪文言，當中由於負責刑案畫押的明北鎮撫司錦衣衛指揮副使：劉僑，不願意逼迫犯人，也不肯做此等勾當，便被魏公公給趕出了北鎮撫司錦衣衛衙門。
一切審問事務均交由明北鎮撫司錦衣衛指揮僉事處理。
5月初4日，明都察院江西道監察禦史：田珍疏，上奏稱“限祿一法，以萬曆四十八年見給之數祿銀二十萬六千兩為額，根據各府宗室多寡均定，除親王本人定額外，以現在人數為準，日後子孫增多，止在原額內均支，要在祿支不濫。”
明熹宗看後遂實行。