10月初5日，明毅宗信親王：朱由檢，又以讚襄典禮（協助完成登基大典）和東江鎮戰功（在丁卯之役中抗金的戰功）為名，給明司禮監掌印太監兼東廠提督：魏忠賢、明司禮監秉筆太監：王體乾，等宦官們賞賜子孫為北鎮撫司錦衣衛世襲官職。
又在一定程度上打消了閹黨他們的疑慮，也重重地麻痹了他們。
10月初7日，明毅宗經過與禮部官員們商議之後，追賜大行皇帝諡號為「天啟哲皇帝」，上廟號［熹宗］葬於〈德陵〉。
10月25日，就遇到了中立派官員明工部主事：陸澄原、明吏部主事：錢元愨、明刑部員外郎：史躬盛，三人紛紛上奏彈劾九千歲魏公公禍害忠良，無視朝廷法律之舉。
但都被明毅宗給一一打壓下來了，留中不發。
10月27日，又有明北直隸國子監充貢生：錢嘉征，上奏細數魏公公十大罪狀；其一並帝，封章必先關白，至稱功頌德，上配先帝，及奉諭旨，必雲朕與廠臣，從來有此奏體乎？其二蔑後！皇親國丈明太康伯：張國紀，未罹不赦之條，先帝令忠賢宣皇後，滅旨不傳，致皇後於禦前麵折逆奸，遂羅織皇親，欲致之死，敕先帝神明，祇膺薄愆，不然中宮幾危！其三弄兵，祖宗朝不聞內操，而廠公外協臣子，內逼宮闈，操刀禁苑之中。其四無二祖列寧，高皇帝垂訓，中涓不許乾預朝政，及廠公一手障天，仗馬輒斥，蠆毒縉紳，蔓連士類，凡錢穀衙門，邊腹重地，漕運咽喉，多置腹心，意欲何為。其五克剝藩封，三王之國，莊田賜賚，不及福藩之一，而廠公封公侯伯之土田，撿選膏腴，不下萬頃。其六無聖，先師為萬世名教主，廠公何人？敢祠太學之側。其七濫爵，古製非軍功不侯，廠公謁天下之物力，佐成三殿，居然襲上公之爵，靦不知省。其八邀邊功，建虜犯順以來，墮名城、殲士女，殺大帥，神人共憤，今未恢複尺寸地，寧遠衛稍捷，袁巡撫功未克終，席不及暖，而廠公則冒封侯伯，假廣寧衛複歸版籍，又何以酬之乎？其九朘民脂膏，州府縣請祠不下百餘，計祠費不下五萬金，敲骨剝髓，孰非國家之膏血。其十通同關節，順天府鄉榜，二十六日拆卷，而二十四日崔鐸貼出，複上賢書，其夤緣要挾，不可勝數，疏上報聞。
此本奏折一經傳上，立刻就引起了明毅宗的廣泛注意，他看著奏本文章讀之心動，連忙召來九千歲魏公公，在手持此奏本由身旁宦官宣讀之。
並且每讀一句，就會問九千歲是否有此事？但九千歲也隻能伏地叩首不敢反駁，因為壓根沒用！人稱〈擊奸第一聲〉，可儘管如此明毅宗還是遲遲沒有動手。
10月28日，漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗：孛兒隻斤·林丹汗巴圖爾（虎墩兔）以漠南蒙古察哈爾部八鄂托克之一的漠南蒙古多羅特部留守故地，自己則親率數萬鐵騎西遷。
然而在西遷途中漠南蒙古右翼諸部，如；漠南蒙古哈喇慎部、漠南蒙古土默特部、漠南蒙古鄂爾多斯部、漠南蒙古永謝布部，等部落，均不是漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗的對手。
因此漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗就以秋風掃落葉之勢，迅速擊潰了駐守在大明帝國萬全都指揮使司宣府鎮外，大元蒙古帝國上都故地歸化城的漠南蒙古哈喇慎部、漠南蒙古土默特部。
經過數次戰役後，很快就在漠南蒙古右翼諸部中立足。
同時大明朝堂內的九千歲魏公公非常恐懼，不知道何時會被皇帝下死手，他急忙用重金前去賄賂原本結為兄弟的信王府宦官，明司禮監掌司：徐應元，希望他能夠解救自己。
怎料明司禮監掌司竟對魏公公說道“爾若想避禍，就應該向陛下稟報，辭去你的職位。”
11月初1日，在明毅宗還沒動手之際，九千歲魏公公就首先提出來辭職報告，這次明毅宗直接滿口答應，一句客套話也不講！
隨後在一切準備妥當之後，就正式下旨將魏公公之罪昭告於世，為了懲罰他，就貶魏忠賢去南直隸中都留守司鳳陽行都督府孝陵衛祖陵管理香火。
包括明奉聖夫人：客印月，被送進浣衣局做苦力，以及部分閹黨廠衛均被收押入北鎮撫司詔獄。
然而魏公公雖然被調去南直隸中都留守司鳳陽行都督府，但臨走前的陣仗規模卻很大，依然有一千名護衛隨行，還有幾十輛大車裝載物品（金銀珠寶以及服飾用品等）而且還帶著大量隨從，威風絲毫不減。
因此11月初4日，明毅宗就以魏公公為「將素畜亡命之徒，而身帶凶刃，不勝其數，環擁隨護，勢若叛然」為由，下令將其逮捕至京師。
11月初7日，行至北直隸河間府阜城縣的，魏公公就從閹黨成員明順天府治中：李朝欽，那裡提前得知了陛下要捉拿他回京問罪這個旨意，故此兩人在痛飲一番後，便雙雙自縊而死。
其後北鎮撫司錦衣衛緹騎來到時，按口諭將其磔屍，並把首級懸掛於河間府城樓之上，就連魏公公其侄明寧國公：魏良卿，也被北鎮撫司錦衣衛緹騎在京師抓捕。