由明鼇山衛副總兵：王來聘，率部首先登城作戰，卻受傷而死！
很快登城明軍就控製住了城樓上下的叛軍，明登萊監軍：高起潛，還在登州衛郊外的掛傍山上築建了一座炮台，開始用紅夷大炮炮轟登州衛指揮所。
這讓明叛將：孔有德、耿仲明，兩人無奈隻能選擇棄城出海逃亡，城破明軍俘虜叛軍千餘人，而叛軍們倉惶自儘及投海死者不計其數。
在海上叛將：耿仲明，負責殿後拖住山東都指揮使司威海衛、登州衛、萊州衛、成山衛，四支水師明軍的追擊。
三天後叛將：耿仲明，才逃跑前去追趕孔有德，兩人往東江鎮與皮島轄區避難，至此登州府孔李叛亂被平定。
另一邊明東江總鎮總兵：黃龍，得知叛軍經過自己轄區時，當即就派遣了明東江鎮水營遊擊將軍：尚可喜，率領水師船隊前去圍堵叛軍，但因追擊叛軍途中遭遇到了颶風，而導致部分船隻失去了方向。
最終船隻來到了登州衛碼頭時，又被明廣寧左屯衛指揮使：祖大弼，壞疑是叛軍餘黨，便下令士兵攻擊。
打得尚遊擊措手不及，幸好明東江總鎮總兵及時趕到搭救他們返回海上。
回到東江鎮地界後，黃總鎮總兵預計叛軍們兵敗後，有可能會從沙門島、鼉磯島、皇城島，上岸去偷襲金州守禦千戶所、金州衛，因此早已傳令將士們嚴陣以待。
還讓明中協副總兵：周文鬱，等將領配合對叛軍窮追不舍。
3月10日，明軍水師繳榜李氏朝鮮王國，要求李氏朝鮮平安東西道駐軍，務必要攔截叛軍北上聯絡東虜建奴的去路。
因此明軍與叛軍在鴨綠江卓山大戰，擊潰了叛軍生擒叛軍偽都司：毛有順、毛承福、毛承祿、蘇有功、陳光福，及其黨高誌祥等十六人，斬叛將：李應元，俘虜一千叛軍，奪還婦女無數。
明東江鎮水營遊擊將軍：尚可喜，也因平叛有功，被提升為〔廣鹿島左參將〕。
3月13日，李氏朝鮮仁祖陵陽大君純孝郡王：李倧，得知大明叛軍遊走於海防時，也暗自下令李氏朝鮮平安西道駐軍出陸麵出擊，明軍則在海上堵截，雙方攻叛軍於麻坨山。
兩戰皆大捷，嚇得叛將：耿仲明，連忙派遣使者前去乞降，請修築南關，以穩定遼東都指揮使司統治，表示自己願意打頭陣收複；複州衛、金州衛，地區以自贖。
但明東江總鎮總兵不肯，認為這定是叛軍詐降計，因此下令繼續圍攻，使得叛軍們由西北逃遁，打算引起東虜建奴軍隊的反應。
眼下後金水師屯駐在馬耳山下，紮營於鎮江堡九連城內，明中協副總兵打算先發製人，派遣部將到馬耳山下的下流，故布疑兵來個空城計，而且專等晚上天黑點燃火把引誘敵軍。
很快東虜建奴聞訊，殺入空營內，明軍則趁機點燃用事先準備好的枯草，使得整個軍營火起，大霧讓東虜建奴士兵不知去向，竟亂放箭自相殘殺。
這事也驚動了李氏朝鮮平安西道都巡察使雒興君：金自點，他親自率軍前來讓李氏朝鮮吏曹左參議：李行遠，奉書與明將交涉。
恰好此時後金使者正白旗牛錄額真：他塔喇·英俄爾岱，來李氏朝鮮王國征收物資，就聽說了九連城之事，還得知明軍正在追擊叛軍，就致書李氏朝鮮郡王，請以叛將：耿仲明，送入後金軍中為人質，並打算包庇孔有德他們。
為此明中協副總兵首先與李氏朝鮮雒興君談好了，抓到叛軍將領一律送交明軍處置，由於叛將：耿仲明，之前就曾投降過後金汗國，還官至千總。
還是從劉愛塔收複遼南四衛事件中，跟隨遼民們一起逃回去皮島的，他深知被抓回後金汗國可能會怕處死，因此自然是不敢輕易投降後金汗國。
這似乎也被後金天聰汗得知消息了，他連忙派兵前去接應，順帶收攬這支人馬加入後金。
4月20日，叛軍將領們帶著家眷1萬多人行軍到鴨綠江口時，就與後金鑲藍旗和碩貝勒：愛新覺羅·濟爾哈朗、後金鑲白旗台吉：愛新覺羅·阿濟格、後金鑲紅旗貝勒：愛新覺羅·杜度，率領的後金軍相遇。
雙方相遇當即就被要求剃發歸降，麵對前有東虜建奴騎兵，後有明軍水師以及李氏朝鮮追兵的情況下，孔有德首先同意投降。
隨後不甘心的耿仲明也隻得放下麵子剃發投降，因此後金軍才喝退了前來追擊的明軍、李氏朝鮮平安東道寧邊大都護府聯軍。
投降之後的孔有德與耿仲明，帶來了後金汗國急需的船隊、紅夷大炮以及工匠，所以後金天聰汗對他們的投降極為重視，親自率領諸貝勒們出盛京外十裡迎接。