不僅如此後金天聰汗：愛新覺羅·皇太極，還使用了女真人最隆重的抱見禮相待，並以先投降的孔有德為〈都元帥〉，又授予耿仲為「水師總兵」官職，均安置在東京（遼陽府），讓他們單獨自成一軍，稱［天佑軍］，並給予特殊待遇。
然而再次投降後金之後，後金水師總兵：耿仲明，卻公認侵奪後金都元帥：孔有德，的部眾。
這導致了那些部眾們開始向後金都元帥控訴，後金都元帥就趁機彈劾後金水師總兵，而後金水師總兵也害怕懲罰，也上奏請求將自己侵奪孔都元帥的那些部眾們，全部歸還給孔都元帥。
兩人這一唱一和的，倒是讓後金天聰汗看了大笑話，他認為這正是大明帝國軍戶乃至官員們互相爭鬥的惡習，是為亡國之舉！
便下詔嘉獎後金都元帥，並且下令後金都元帥要好好安撫後金水師總兵，還讓他倆不要貪念以前的惡習。
隨即就召他們入汗庭並賜宴。
6月初4日，後金天聰汗與眾貝勒們商議對；李氏朝鮮王國、大明帝國、漠南蒙古察哈爾部的軍事策略，首先由後金鑲藍旗和碩貝勒：愛新覺羅·濟爾哈朗，上奏道“女真語：李氏朝鮮王國如果不遵守盟約，就退回他們的貢品，隻和他們互市交易，不必前去攻打，眼下大明才是我們的敵國，應該先攻取明廷臨近京畿的幾個城池，長久駐紮，在伺機進攻，另外還要屯兵山海衛以東，廣寧中屯衛（後金稱錦州）以西，以此來擾亂明廷的耕種，讓他們的軍隊疲於奔命，不得休息，再分兵一半在山海衛前安營，一半繞道至關後，內外夾擊，讓明軍左右為難。”
恰好後金天聰汗也是這樣想的，見他一向行事慎重，因此每次在禦駕親征時，總是讓他留守汗庭盛京城。
6月15日，漠南蒙古察哈爾部左翼大總兵：塔什海、漠南蒙古察哈爾部右翼大總兵：虎魯克寨桑，以及漠南蒙古察哈爾部萬戶：巴達西寨桑，等5個頭目率領千餘戶脫離漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗：孛兒隻斤·林丹汗巴圖爾（虎墩兔）轉而向東前去投降後金汗國。
而西遷進入朵甘都指揮使司青海蒙古的漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗，因部眾糧食斷絕，甚至到了殺人易食的地步。
不過為了擺脫這種困境，漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗還聯絡了，剛剛打入朵甘都指揮使司青海蒙古的漠北蒙古喀爾喀部卻圖汗：博爾濟吉特·綽克圖台吉，一起征服青海蒙古土默特分部。
甚至與格魯派（烏斯藏都指揮使司藏傳佛教）發生爭鬥，以奪取霸權領域。
為了方便還聯合烏斯藏都指揮使司的藏巴汗：噶瑪丹迥旺波、康區的白利土司（仁蚌巴帕竹政權首領）：月頓多吉，一起結盟，因為他們都不信仰黃教，所以被稱為［反黃教聯盟］。
正因有了盟友的支持，漠南蒙古察哈爾部胡圖克圖汗一沒有物資，就發兵攻打大明帝國陝西行都指揮使司甘肅總鎮地區的衛所，以掠奪人口、糧食。
另一邊剛投降後金汗國的，後金都元帥：孔有德、後金水師總兵：耿仲明，二人因咽不下這口惡氣，便企圖借助後金八旗鐵騎之手來報仇雪恥。
但後金天聰汗精明，自然能洞察他們這點小心思了，便不願被他們當槍使，而當時後金大臣們卻普遍認為攻取金州衛、金州中左守禦千戶所的時機已經成熟了，還不斷上奏出征。
其中以後金兵部啟心郎：丁文盛、後金兵部筆帖式：趙福星，上奏稱“明廷黃總鎮總兵今占據金州衛與金州守禦千戶所，甚為我國心腹之患，前日雖欲舉兵，但猶阻於水路難通，彼得捍禦一麵，非計之得也，今日既有船隻，又有孔耿二位水師將領充當先鋒，當順水而進，隨以紅夷大炮攻打前方，彼必首尾難顧，而黃總鎮總兵必為我軍所擒，此今日之機會，決不可失。”
最終經過後金天聰汗的深思熟慮之後，也決定正式下令進攻金州衛。
6月19日，後金天聰汗派遣後金兵部承政兼鑲紅旗貝勒：愛新覺羅·嶽讬、後金戶部承政兼正藍旗和碩貝勒：愛新覺羅·德格類，率領右翼部將有；後金先鋒總兵：舒穆祿·楞額禮、後金鑲紅旗固山額真：完顏·葉臣。
左翼部將則由；後金鑲白旗固山額真：鈕鈷祿·伊爾登、後金三等子爵：昂阿喇，每旗副將一員、每旗甲喇額真一員、每牛錄代子一員，及舊漢軍額真兼三等總兵：瓜爾佳·石廷柱、後金都元帥：孔有德、後金水師總兵：耿仲明，共計馬步兵騎兵萬餘人，浩浩蕩蕩開往取大明金州衛地區。
7月初1日，後金前鋒軍隊已經抵達金州衛河北岸，還率軍占領馬頭、黃金山，等製高點，並開始架設火炮，轟擊金州衛的外圍城牆，炮兵火力攻擊持續了三日。
到了7月初4日晚上，後金軍開始攻城，他們將幾門紅夷大炮直接推到城外，直接瞄準城牆開火轟擊，還推出雲梯、鵝車等各種攻城器械，企圖一舉攻克金州衛。
明東江總鎮總兵：黃龍，由於抽調了部分兵力去協助李氏朝鮮王國海防，以防東虜建奴進攻，因此所在的金州衛境內明軍兵力不多，他隻能親自登上城牆，指揮守軍們作戰。