5月15日，滿清太宗雖然責怪漢人將領，但東江鎮與皮島等地島嶼，畢竟還是被漢人將領們成功拿下了，因此便加封明降將滿清都元帥：孔有德，為〈恭順郡王〉、滿清水師總兵：耿仲明，為［懷順郡王］、滿清金州衛總兵：尚可喜，為「忠順王」，滿清廣寧衛先鋒右參將：麻登雲，為『督催糧草使』。
5月20日，明刑科都給事中：傅朝佑，上疏彈劾明中極殿大學士：溫體仁，「六大罪」因此得罪於明毅宗信王崇禎帝：朱由檢，還得罪於祖宗、得罪於天地、得罪於封疆、得罪於聖賢、得罪於心性，當即就被明毅宗下令打入刑部獄中治罪。
5月26日，在李氏朝鮮王國黃海右道石城島附近，逃出去的明皮島左參將：沈誌祥，借著官二代的身份四處收攬東江鎮與皮島的潰軍，企圖自立門戶繼承叔父的〈東江總鎮總兵〉官職。
為此明皮島左參將還帶兵前去向明登萊監軍道：黃孫茂，索要［東江總鎮總兵敕印］但卻被拒絕了，還稱；必須要有朝廷詔命才能勝任。
這氣得明皮島左參將一怒之下，當場就殺了明登萊監軍道：黃孫茂，又騙來明東江總鎮副總兵：白登庸，等將領借著商議事情為由趁機斬殺。
意圖奪取明沿海總兵：陳洪範，的兵權並挾持陳總兵，逼迫陳總兵承認他的地位，還授封其為〈東江總鎮副總兵〉，但陳總兵卻借口說要去登州府為偽明東江總鎮副總兵：沈誌祥，請命讓朝廷下詔書。
從而得以脫身回到山東承宣布政使司登州府。
7月11日，明陝西布政使司右參議：史可法，因功績著作擢升為「都察院右僉都禦史」，被調去巡撫南直隸；安慶府、廬州府、太平府、池州府，以及河南承宣布政使司、湖廣承宣布政使司、江西承宣布政使司，等九個布政司提督軍務，設額兵萬人。
然而明都察院右僉都禦史：史可法，卻目光短小精悍，麵黑心粗，目爍爍有光，又有廉信肯與部下吃苦，故得士卒們效力。
7月15日，明兵部尚書：楊嗣昌，奏請朝廷處置讓石城島兵變的明沿海總兵：陳洪範，並讓他戴罪立功，負責出海捉拿叛賊：沈誌祥，得到了明毅宗的批準。
8月26日，從山東承宣布政使司登州府領兵出發到石城島的明沿海總兵：陳洪範、明山東總鎮總兵：倪寵，一起擒獲了手刃明登萊監軍道：黃孫茂，的叛賊明皮島遊擊將軍：李逢春、明石城島千總：李毓秀，父子倆。
但是明山東總鎮總兵卻與他爭功，明毅宗就責令他繼續前去捉拿叛賊主犯：沈誌祥。
11月10日，明司禮監太監：曹化淳，受命提督京營戎政，這是他再次擔任此職位了，遼東都指揮使司的危局日漸衰落，中原地區又久亂不平，因此明毅宗更加有意啟用宦官監軍重要軍事重地。
先有明工部員外郎：駱方璽，上奏稱“陛下即位之初便處置魏忠賢於大戮，豈為溺情閹宦，不過外廷諸臣無一可用而借才及之，人臣感激恩遇皆知仰報，何論內外，若內臣蒙恩受重任，孰不欲棄捐頂踵以酬陛下。”
因此明毅宗就以明內官監太監：李明哲，提督五軍營、明尚膳監太監：杜勳，提督神樞營、明印綬監左少監：閻思印，提督神機營、明直殿監右少監：鄭良輔，總理京城巡捕。
明崇禎十一年公元1638年正月14日，由於朝廷連年用兵，財源匱乏，又加上中原地區天災人禍，導致國庫逐漸供應不了日常開支，因此明工科都給事中：傅元初，便奏請朝廷請開福建承宣布政使司海禁，以通商佐餉。
正月23日，朝廷裁南直隸皇城南京冗員89人，吏部主事一人、戶部庫大使五人、兵部主事二人、兵部會同館副使二人、工部右侍郎一人、工部營繕清吏司主事三人、都察院監察禦史七人、都察院照磨所一人、通政司經曆使一人、大理寺左右寺丞各一人、翰林院孔目一人、詹事府主簿廳一人、國子監國廣業堂助教一人、光祿寺珍羞、良醞署正二人、行人司右司副一人、宗人府經曆使一人、太醫院生藥庫大使一人。
2月11日，明詹事府左春坊左中允：陳子龍，編輯的《皇明經世文編》完成，總計五百零四卷，補遺四卷，共分為；政治、文教、武備、皇室，這四大類。
子目六十一項、集明初至今崇禎十一年的書籍，共有4百27人之文集奏稿，保存了大量明代政治經濟資料，是研究明代曆史的重要文獻，該書還收集了相當多的滿清統治者祖先和大明帝國的關係，記錄了滿清皇帝最不願意讓人們知道的史實。
因此該書也是研究滿清前期～後金曆史的重要文獻，主要有十一人負責編成，二十四人參加選輯，列名參閱一百四十二人。