滿清太宗在信中寫著，約以平等相交及歲幣、疆界事，為議和條件其內容主要有四個方麵；其1兩國平等交往，大明天子要承認大清帝國的存在，不在屬於反明建州叛軍，其2每歲貴國饋黃金萬兩、白金百萬兩，我國則饋以人參千斤、貂皮千張，其3約定邊界，以寧遠衛雙樹堡中間的土嶺為大明國界，以塔山堡為大清國界，並開放互市貿易，其4彼此護送逃人。
這份議和書按理來說條件並不苛刻，因此明兵部尚書看過之後大為歡喜，便準備待明日上朝之時，悄悄遞給皇帝陛下批準，但他卻粗心大意高興過頭，早早回書房睡覺去了。
未收藏密件，而是直接放在書案上，被家僮看見誤以為是塘報？便抄了下來，傳給行人司。
於是次日朝堂之上，六科禦史均上奏彈劾，京城內外軍民均為之唾棄，眼看瞞不住了明毅宗也不想背這個責任，便下令指責明兵部尚書私自議和，命北鎮撫司錦衣衛抓陳新甲入詔獄。
但是陳新甲卻拒不認罪，反而還自詡其功，明毅宗害怕事情鬨大便早早了斷，以議和中斷為由不許官員彈劾，可明吏科給事中：馬嘉植，卻又站出來彈劾陳新甲。
另一邊滿清都察院承政：張存仁，上奏滿清太宗請求儘快招降明寧遠衛總兵：吳三桂，並讓其舅舅滿清漢軍正黃旗總兵：祖大壽，致信道“大明氣數已儘，重臣大帥皆被俘歸降，吳總兵乃是祖總兵的外甥，何以表明自己，大廈將傾，一木難支，您縱然苟延歲月，但智竭力窮，最終也要重蹈你舅父覆轍。不如現在就投降，還能在大清獲取勳名。”
但被明寧遠衛總兵直接拒絕並燒毀書信當做沒有這回事。
7月17日，明毅宗告誡吏部群臣道“近年來有司不修守備，賊至輒陷，原與衝鋒陣亡及持久力詘之士不同。若概贈蔭，保以獎勵忠勞今後宜詳加分彆，除異常義烈，恤典取自上裁。其失事損身，有司六七品贈監司五品，其五品贈臨司四品，方簡官贈京秩，著為令。”
7月20日，大明帝國西部俄力思軍民元帥府境內，藏巴汗：噶瑪丹迥旺波，兵敗被俘，衛拉特蒙古和碩特部固始汗：孛兒隻斤·圖魯拜唬，將曾取締達賴封號的藏巴汗縫在生牛皮裡，並丟進大河雅魯藏布江河裡淹死。
隨後又繼續西進，降服了俄力思軍民元帥府地區，親自駐守沙魯萬戶府，命其長子：孛兒隻斤·鄂齊爾，鎮守大慈法王駐地拉薩城，並分兵控製衛藏各地，成為實際統治衛藏的和碩特汗國。
7月29日，陳新甲從獄中上書乞求寬容，但被明毅宗給拒絕了，因此陳新甲隻得賄賂北鎮撫司詔獄。
為此明戶科給事中：廖國遴、明兵科給事中：楊枝起，等官員多方營救，但明刑部右侍郎：徐石麒，則認為不妥還據不答應，這讓明中極殿大學士：周延儒、明武英殿大學士：陳演，立馬站出來大力援救，並說道“按照國法，敵兵不打到城下來，咱們不應當殺掉兵部尚書。”
但明毅宗卻回複道“彆的不說，東虜建奴三番兩次入侵，光使朕的七位親王遇害、受辱，如今臣子居然要議和，這還不比敵軍打到城下更嚴重嗎？”
其實明毅宗這是害怕群臣們，知道他也私下裡默認議和之事，因此故意想讓陳新甲來頂罪的，然而明刑部右侍郎則繼續添油加醋道“人臣無境外交，未有身在朝廷，不告君父而專擅便宜者，陳新甲私款辱國，處以失陷城寨律，當斬。”
最終在9月22日，滿懷大明中興一心隻求休養生息的明兵部尚書：陳新甲，被北鎮撫司錦衣衛與刑部、大理寺官員們押到京師外城宣武門外，菜市場當眾斬首。
隨著陳新甲死去，大明帝國也喪失了最後一次議和的機會。
10月11日，浙江承宣布政使司湖州府歸安縣大旱，飛蝗蔽天而下，所到之處禾苗與蘆葦立儘，導致百姓們糧食虧損，隻能削樹皮木屑雜糠充饑，或掘山中觀音土為食。
而湖州府歸安縣山左側地名良村，又有暴徒數百人聚眾作亂，幸虧不日就被官府撲滅，可是瘟疫又至，可官府不但不減免錢糧稅賦，反而還嚴刑催科。
以至於南直隸蘇州府首府吳縣（蘇州衛）一帶，米價上漲至每石銀三兩三錢，麥石二兩二錢，導致百姓購買不了，隻能四處流離竄逃，老稚拋棄道傍，城鄉房舍半空傾倒，死屍枕藉。
伴隨著的還有滿蒙聯軍，最後一次入關搶奪大明帝國人工器械以及物資……。