10月初1日吳王命吳中書省右丞相：徐達，為征虜大將軍、吳平章政事：常遇春，為副將軍，率軍25萬北進中原，並發布北伐〈諭中原檄〉榜文中提出的綱領，以此感召北方人民起來反元。
吳王還對北伐作出了部署，提出先取山東行省撤除了大蒙元帝國的屏障，在進軍河南江北行省切斷它的羽翼奪取安西路潼關縣占據它的門檻，最後進兵包圍元大都。
這時元廷勢孤援絕不戰而取之，再派兵西進中書省太原路、陝西行省、就可以席卷而下，北伐大軍按計而行，吳征虜大將軍：徐達，率兵先取山東行省再西進攻下汴粱路，然後揮師潼關縣，再由吳王到汴梁路坐鎮指揮。
明洪武元年、蒙元至正二十八年公元1368年正月初4日，吳王：朱元璋，在百官們的勸進和擁戴下，於應天府郊壇即皇帝位，立國號〈大明〉改元年號追尊祖上四代為帝為後，意為繼承韓宋小明王的大明政權，也是為了拉攏韓宋部將們的人心。
隨即返回奉天殿內，由明宣國公：李善長，奉冊寶立妃：馬秀英，為大明帝後、吳世子：朱標，為大明皇太子，在封李善長、徐達為左右丞相，其他有功文武之臣皆給予進爵和獎賞。
大明皇帝：朱元璋，在即位詔書中大談天命所歸；自宋運既終，天命真人於沙漠，入中原為天下之主，傳及子孫百有餘年，今運亦終，海內土疆豪傑紛爭，吾朱元璋本為淮右庶民，隻是承上天眷顧、祖宗之靈，奉天法祖才在英雄豪傑之中逐鹿而起，廣致英賢文武拯救百姓，使之民安田裡，由文武大臣、及百司眾庶尊吾為皇帝，勉徇輿情而即帝位，布告天下鹹使聞知。
又大封諸將為公侯伯子男爵位，部份追封為郡王，初封六公，其中以五大將、一大臣為開國元勳，分彆為：明宣國公：李善長、明魏國公：徐達、明鄭國公：常遇春、明曹國公：李文忠、明宋國公：馮勝、明衛國公：鄧愈。
而後又追封死去的韓宋右翼統軍元帥：胡大海，為明越國公、戰死的韓宋鳳翔衛指揮使：丁德興，為明濟國公，吳征南大將軍：湯和，為明信國公、韓宋親軍都指揮使：馮國用，為明郢國公。
7月各路明軍沿運河乘船直達海津鎮。
7月27日進占大都路通州，8月明軍又進逼蒙元帝都大都，而此刻蒙元四川招討使：李思齊，還在奉蒙元皇太子旨意與蒙元河南郡王知樞密院事：擴廓帖木兒交戰。
接著蒙元惠宗急忙下詔讓蒙元河南郡王知樞密院事前來中書省大都路救駕，絲毫把之前如何聽信讒言汙蔑他的事拋到腦後，但怎奈明軍北伐攻勢太猛了，在山東行省打敗了蒙元詹事院同知：脫因帖木兒，又俘虜了蒙元梁郡王河南江北行省平章政事：乃蠻·阿魯溫，才迫使蒙元惠宗為了安全起見直接帶領蒙元帝後：奇皇後，三宮後妃、蒙元皇太子：孛兒隻斤·愛猷識理答臘，開健德門逃出大都，經居庸關逃到中書省上都路退守蒙古草原。
蒙元京畿都尉：孛兒隻斤·庫庫帖木爾，被迫逃跑，就連率先趕到大都路救駕的蒙元四川招討使也投降明軍，至此98年的大元蒙古帝國滅亡。
同時大明取得了在長城以南的統治權，還賜封號給蒙元惠宗，並承認大元蒙古帝國的正統，但大明建立後雖然蒙元帝國失去了對中原的統治卻仍然擁有著廣闊的北方草原地區以及中書省北部、陝西行省西部、四川行省、雲南行省、宣政院轄地、遼陽行省、嶺北行省、甘肅行省、征東行省、等地仍歸蒙元惠宗順帝統治，還有西部畏兀兒、東部的高麗國和遼陽行省廣寧府路的蒙元太尉：紮刺兒·納哈出，都在配合蒙元皇帝準備反撲明軍，因此大明時刻感到有重大威脅。
明洪武二年、蒙元至正二十九年公元1369年2月16日，明太祖：朱元璋，在雞鳴山立功臣廟，當時他告諭中書省群臣說“元末政亂，禍及生靈。我倡義臨濠，以全鄉曲，繼率英賢渡大江，遂西取武昌路，東定集慶路，北下中原，南平閩廣，越十有六載，始克混一每念諸將相從，捐驅戮力，開拓疆宇，有共事而不睹其成，建功而未其報，追思功勞，痛切我懷，因此，命有司立功臣廟，序其封爵，為像以祀，人孰無死，死而不朽，乃為可貴如諸將者，生建忠勇之命，死有無窮之榮，身雖歿而名永不磨滅。”
6月初3日廟成，明太祖親定功臣位次，以明魏國公：徐達，為首、明鄭國公：常遇春，為次、再到明曹國公：李文忠、明衛國公：鄧愈、明信國公：湯和、明黔國公：沐英、明越國公：胡大海、明郢國公：馮國用、明梁國公：趙德勝、明高陽郡公：耿再成、明浙西行省平章政事：華高、明濟國公：丁德興、明豫國公：俞通海、明蔡國公：張德勝、明全州衛指揮僉事：吳良、明大都督府僉事：吳楨、明山西行省平章政事：曹良臣、明同知大都督府事兼太子右率府使：康茂才、明安陸衛指揮使：吳複、明東海郡公：茅成、明大都督府副使：孫興祖，這二十一人死者像祀，生者虛位。