到了正月13日，明太宗燕武親王：朱棣，在行過大祀天地從南郊歸來之時，文武群臣們開始行慶成禮，由明禮部尚書：李至剛，帶頭提出改北平行都指揮使司為〈北京〉、改應天府皇城為〈南京〉，還故意編造出理由道“自古帝王，或以布衣平定天下，或繇外藩入承大統，而於肇跡之地皆有升崇，今見北平承宣布政使司，乃陛下承運龍興之地，宜遵太祖高皇帝設中都留守司之製立為京都。”此奏當即就被允諾下來。
2月初3日明太宗又設置了北京留守行後軍都督府、北京邢部、北京國子監，並改北平府為〈順天府〉，北平行太仆寺為，以及行都督府還設置了左右都指揮使、都指揮同知、都指揮僉事等無定員。
邢部則設置尚書二人、侍郎四人，六曹吏戶禮兵刑工，各設有；郎中、員外郎、主事一人，還改明戶部尚書：郭資、明刑部尚書：雒僉，兩人為〈北京邢部尚書〉。
2月12日因之前北元益宗烏薩哈爾汗天元帝：孛兒隻斤·脫古思帖木兒，被乞兒吉斯部首領兀雷帖木兒汗：烏格齊·鬼力赤，殺害！而乞兒吉斯鬼並非元帝後裔，導致各部落多不服氣，又遭到北元恭宗興原帝：孛兒隻斤·恩克卓裡克圖放棄大元皇帝稱號，改稱〈韃靼〉自稱大汗，明太宗得知事情後立即遣使給乞兒吉斯首領以通好，並賜與銀幣等物件。
早在明洪武四年公元1371年，大明帝國就在原吐蕃等處宣慰司設置了烏斯藏衛指揮使司、朵甘衛指揮使司以及宜慰使司元帥府、招討司、萬戶府、守禦千戶所等行政機構。
明洪武七年公元1374年起開始升朵甘衛指揮使司、烏斯藏衛指揮使司二衛為〈都指揮司〉等到明太宗登基稱帝後，聽說烏斯藏行都指揮使司僧人：哈立麻，精通道術善於幻化，被稱為，很想往征一晤。
隨後明永樂元年公元1403年2月18日，明太宗派遣了明司禮監少監：侯顯，同僧人：智先一道，帶著書幣出使陝西行都司、烏斯藏行都指揮使司，以征召尚師：哈立麻，並挑選壯士健馬護行。
到京師之後明太宗詔命明駙馬都尉：沐昕，出迎並在奉天殿內親自接見尚師，賜領天下釋教，明司禮監少監因奉使有功被擢封為〈司禮監秉筆太監〉奉詔出使周邊各國。
明太宗還讓明翰林院大學士：解縉，負責編寫〈永樂大典〉總裁，以及修編〈明太祖實錄〉、〈列女傳〉等書籍。
3月初5日因念及兀良哈三衛扶持自己登基有功，故此特意把大寧都指揮使司所轄地區全部割讓給兀良哈三衛作為回報，並調營州左屯衛、營州右屯衛、營州前屯衛、營州後屯衛、營州中屯衛和東勝左衛、東勝右衛至內地，並改北平行都指揮使司為大寧都指揮使司，還把大寧都指揮使司所轄都司府內遷至保定府境內，至此遼東都指揮使司和宣府左衛、宣府右衛、宣府前衛之間的聲援隔絕，算是間接的削弱了大明帝國北部的防禦能力。
然而在遼東都指揮使司關外的女真三大部落；建州八部、海西女真部、東海女真部自從女真斡朵裡部首領萬戶侯：愛新覺羅·孟穆特被明帝國天子分封為朝廷官員之外，在加上朝廷經常派遣使臣前關外四處招撫還往東海女真部宣諭，才使得不斷有女真部落首領率眾入山海衛進關來朝。
11月12日明太宗親自接見了來朝的女真胡裡改部首領：阿哈出，等人，再加上女真胡裡改部首領幫助大明帝國招撫了東海女真部一些小部落首領，故此被明太宗在女真胡裡改部正式設置了〈建州衛軍民指揮使司〉任命阿哈出為衛指揮使，娶其女為嬪妃，還賜老丈人漢姓。
其餘部族人則被委任為千戶、百戶、衛鎮撫、總旗、小旗、千總、把總等官職，賜給誥印、冠帶，還設置了建州衛經曆司，從此大明帝國在女真族地區開始了大規模的設置衛所機構。
明永樂二年公元1404年正月19日，明太宗親自下令禁止民間海船下海，原有海船全部改為平頭船，所在地方設有防止其私自出海，依舊有福建承宣布政使司塘縣沿海居民私載海船出海遠行西洋貿易，因而為浪人或者賊寇，所轄地區州府縣官員如實奏報朝廷處理。
2月有苦兀女真部首領：把刺答哈，忽剌溫兀者首領：阿剌孫，腦溫部首領：古驢，等人來朝進貢，明太宗一高興便設置了〈奴兒乾衛〉管理此處，並以把刺答哈為奴兒乾衛指揮使、阿剌孫為奴兒乾衛指揮僉事，古驢為奴兒乾衛鎮撫，並賜以誥印、冠帶、襲衣及鈔幣等，以此說明黑龍江下遊地區歸入大明帝國版圖。
之後明太宗又在斡難河、黑龍江流域的南北地區以及鬆花江、烏蘇裡江、格林河、恒滾河等流域先後設置了120個衛、10個守禦千戶所，進一步加強了對該地區的統治。
11月因為明太宗在直沽縣為海運商船往來要地位置十分重要，故此設立〈衛〉築城，而自己也曾是在這裡起兵南下的，為了紀念的勝利，明太宗賜名為〈天津衛〉意謂著此地乃是天子經由之渡口。