照例，依舊是由都察院的左都禦史先控告了費利佩四世一切罪責。
接著，朱由校才因此問著費利佩四世：“費利佩四世，你是否認罪？”
費利佩四世看著這些東方人，心裡已毫無生念，也就點了點頭。
“淩遲處死！”
於是，接著不久，朱由校就下達了處決費利佩四世的旨令。
對於這些西洋番，朱由校可不會手軟，他很清楚，這些人在曆史上有多殘忍野蠻。
當費利佩四世得知自己要被淩遲處死時，隻是激動地大喊：“不，不要，我是西班牙的國王，我是哈布斯堡王朝的貴族，你們不能這樣對待我！”
但費利佩四世此時呐喊已沒用，他現在隻能接受被淩遲處死的命運。
“朕以嚴刑處決費利佩四世，是因為他是那些屠戮百姓的劊子手的幕後主使，但朕不會對你們這些因為提出不同科學觀點的學者治罪；
相反，朕會鼓勵你們繼續研究，也給予你們研究的自由，今後你們就留在大明科學院，為人類的進步做研究，朕會給你們最大的支持！但現在，你們得先學會漢文，朕已派了最好的老師教習你們漢文，希望你們儘快學會！”
在處置完費利佩四世後，朱由校就見了笛卡爾等人，並表達了自己的一番觀點。
“是！”
笛卡爾等回了一句，他們對於朱由校支持他們的行為感到很欣喜。
這個時代，還沒有多少人能意識到笛卡爾等人對整個人類文明的進步有多大的價值。
但朱由校是清楚的，所以，他才會讓沈壽嶢等下西洋時，要不惜一切代價將這些人帶回大明來，他甚至還下達了密旨說，這些人如果不來，就直接暗殺掉，就算人類文明延遲進步，他也不希望外國多一絲趕超大明的機會。
所幸的是，這些科學家在本國相比於牧師或者律師，還沒有受到多大的重視，所以，還是都被成功帶到了大明。
大明現在的科研實力自然已是十分強悍。
大明科學院和工程院的研究人員數量已經十分龐大。
地方各省和大型工廠也都有各自的研發機構。
朱由校甚至還直接出內帑，創辦了《自然》和《科學》兩期刊，任命大明最權威的學者擔任翰林院編修，專門負責審稿，評選出每期最有價值的研究性論文，隻要被選上期刊的，皇帝會親自予以重賞，賜予散官官爵，以及豐厚的金錢獎勵。
另外，朱由校還設了國家科學技術獎，每年一度，用於獎掖在科研領域最有成就的學者。
而獲得者將獲得正二品大員的待遇。
雖然大明在外宣揚儒家文化，用各種威逼利誘的方式擴張著儒家文化圈，但如今的大明本土已經不是儒家文明為主，而一個具有大明特色的工業文明國家。
因為朱由校的一係列操作，使得在大明本土，從事科學研究的學者和工匠，還有救死扶傷的醫士以及軍人最為被尊重，相反，純粹的儒士則被冷落了許多。
而當朝廷決定要改變科舉製度後，不再以八股文章取士後，對於隻能做官老爺的他們而言，無疑是更大的打擊。