天文十四年6月22日午時初刻，織田軍又占領了平等寺。午時三刻，善長寺也被織田軍拿下。午時五刻，織田信長進駐本能寺，仍然沒有發現北軍的伏兵——至此，武田晴信等南軍大名徹底放心了，紛紛開足馬力向二條城挺進——皇宮估計是搶不過織田信長了。就連遠在攝津官道出的六角軍和若狹武田軍也已經聞訊趕來，一路追到了大泉寺外。京都的大街小巷上，隨處可見北軍撤離時遺留的物資。
天文十四年6月22日午時七刻，織田軍占領皇宮，第一時間確保了皇室和公卿的安全。幾乎是同時，織田信長自己帶著一小隊馬廻眾徑直奔向二條城，搶在武田軍等南軍各部之前，再次第一個衝入二條城，將織田家的馬印插在了二條城上，儘攬此役風光。
然而，就在織田信長準備將織田木瓜旗順便往二條城天守閣上也插一麵時，尷尬的事情卻發生了。
“什麼？三好家把公方殿……額不，偽公方留在了二條城？”
得知了這一消息的細川晴元在親信們的簇擁下緊趕慢趕，終於在天文十四年6月22日未時四刻來到了二條城。除了在周圍警戒的部隊外，大多數南軍大名的軍隊此刻都駐紮在二條城、皇宮周圍。而南軍的大名們，則悉數來到了二條城天守閣內的評定室裡，等待細川晴元的到來。在評定室的主位上，坐著的正是已故的足利幕府第12代征夷大將軍足利義晴的嫡長子——年方十歲的足利義藤。
無比尷尬的局麵發生了，在座的所有大名都是麵麵相覷，就等著把這棘手的問題甩給細川晴元了。
由於足利義晴是突然暴斃，並未來得及完成將軍之位的傳承儀式。於是，當時已經控製了京都的三好家便順理成章地擁立了嫡長子足利義藤繼位。而細川晴元隻得退而求其次，在將軍側近三淵晴員的幫助下，找到了足利義晴出家的次子足利義秋，擁立他為將軍。
在細川晴元的設想裡，三好家和細川家的戰鬥將是漫長的。就算他細川晴元靠著南軍的聲勢奪回了京都，三好長慶也必然會帶著足利義藤撤離，換一個三好家的領地新設禦所，繼續維持著兩個將軍分庭抗禮的格局。
可三好長慶怎麼就把足利義藤給留下了呢？他居然不帶走自己的大義名分嗎？三好家到底在想什麼？細川晴元怎麼想都想不明白。
雖然三好家在聲望和招牌上的損失是巨大的，但是細川晴元眼下同樣麵臨一個巨大的麻煩——該如何對待三好長慶擁立的“偽將軍”？事實上，足利義晴生前早已將足利義藤當做繼承人，而將自己的其他孩子全部送去寺廟出家，而足利義藤的身份也得到了包括管領細川晴元在內的大多數近畿大名和幕府、朝廷官員的認可。
雖然之前兩軍相爭，細川晴元和三好長慶互相將對方擁立的將軍稱為“偽將軍”。但真的算一算資格，反倒是細川晴元他擁立的足利義秋——更像是個臨時的冒牌貨。細川晴元它本身和足利義秋也沒什麼關係，反倒是和作為少主的足利義藤關係不錯，隻是為了扯虎皮拉大旗，才把足利義秋從寺裡找了出來。
那現在……該怎麼處置已經被宣布為“偽將軍”的真將軍足利義藤呢？細川晴元直感到頭疼。軟禁起來？那幕府裡怕是有很多人要對細川晴元不滿吧？放歸？那萬一這麵真正的旗幟又被三好長慶或是反對細川家的人拿去怎麼辦？或者所幸放棄足利義秋，重新擁立足利義藤——這世上都沒有這麼做的吧，真這樣反複無常，細川家不成笑話了？
就在細川晴元胡思亂想之際，意想不到的事態突然發生。
隻見足利義藤“騰”地一下從主位上坐起，當著南軍所有大名的麵，抬起手，狠狠地指向了細川晴元道：
“晴元逆賊，焉尷毒害我父上？