世宗還是世子的時候，興獻王就曾經對其稱，楚地有三傑，分彆是劉大夏、李東陽及楊一清，世宗於是記住了他們。他即位後，廷臣紛紛交相舉薦楊一清，於是世宗派遣官員賜金幣存問，遭到楊一清謝絕後，世宗特予楊一清一子官至中書舍人。世宗詔楊一清以少傅、太子太傅，改任兵部尚書、左都禦史，總製陝西三邊軍務，至此，以尚書身份擔任邊疆大臣的慣例，從楊一清開始。
世宗在詔書中褒獎讚美，以其與郭子儀相稱，楊一清至此第三次為總製，其部下均踴躍興奮，之後平定亦不剌進犯，並接受土魯番的求貢。後入朝擔任吏部尚書、武英殿大學士，入見後加少師，任兼太子太傅。不久《獻皇帝實錄》書成後，加太子太師、謹身殿大學士，楊一清以未曾參與纂修而請辭，沒有得到世宗批準。王憲奏報戰功時，推功於楊一清，於是加為左柱國、華蓋殿大學士。此時，費宏已經離去，於是楊一清擔任內閣首輔，世宗賜銀章二個，分彆是“耆德忠正”、“繩愆糾違”，命其可以密封言事。此後，楊一清與張璁論張永此前的功勞，而起用為提督團營，給事中陸粲請增築邊牆，也得到楊一清批準，《明倫大典》書成後，加正一品俸。
議大禮的時候，楊一清還在家中居住，看到張璁的上疏後，對門人喬宇稱：“張生的這番議論，使聖人之義複起，這是不能改變的。”又在席間手書勸其早去赴召，以定大議。張璁等人顯赫後，頗為引薦楊一清，世宗以其為老臣，恩禮加渥。張璁與桂萼既已攻擊趕走費宏，想到楊一清必然會援助自己，而楊一清卻堅持召謝遷，於是張璁等人心有怨恨。謝遷還未抵達，張璁已經進入內閣，於是原來商議事情多有變故，當時錦衣聶能遷攻擊張璁，張璁欲置之死地，被楊一清阻止。張璁於是大怒，上疏詆毀楊一清，楊一清於是上疏乞歸，世宗從中調解。
此後，楊一清又因災變，請求戒飭百官和衷，再次請求寬恕大禮議諸臣罪，此時桂萼進入內閣，矛盾變得更加激化。給事中王準、陸粲檢舉揭發張璁、桂萼招權納賄的事情，世宗立即罷免兩人並公布其罪，其黨羽霍韜稱：兩人離去勢必牽連到我。於是，上疏攻擊楊一清，稱其接受張永、蕭敬賄賂，楊一清再次上疏辯解並請求罷免，世宗雖然挽留，但張璁的再次召還，霍韜再次攻擊，並稱法司都是秉承楊一清的意思，而誣陷桂萼。世宗至此大怒，令法司會同廷臣商議，此後貶刑部尚書周倫任南京刑部尚書，以侍郎許讚代任，許讚於是借霍韜的話，請求對楊一清削籍。此後，張璁三次上密疏，稱楊一清假意乞求辭退，而實質是想以此來堅定世宗的想法，果然，世宗允許楊一清致仕，仍賜金幣。
第二年，張璁等人誣陷朱繼宗等入獄，並稱楊一清接受張永弟張容的錢財，為張永寫墓誌銘等要求其連坐，楊一清大恨道：“我老了，卻被這些孺子給欺淩玩弄！”之後，背部疽發而死，留遺疏，死而不瞑，世宗於是下令對以前的事不再追究，數年後恢複楊一清官職，後贈太保，諡文襄。