孝烈方皇後病死，而不是野史中的被火燒死，記載皇後被火燒的是出自明末清初毛奇齡編的勝朝彤史拾遺記，明朝進士何喬遠所寫的《十三朝遺史》也記載說，方皇後所住的坤寧宮突然失火，而且火勢很猛，世宗就住在坤寧宮左側的萬壽宮，看著洶洶的火焰，世宗明知道方皇後就住在其內，卻不讓人去救火，還說燒了舊宮，可以再造一座新宮，導致方皇後與數百宮女活活燒死。後人推測，這場大火很可能是世宗授意放的，以為“壬寅宮變”中被方皇後借機處死的寵妃曹端妃報仇。
嘉靖皇帝親自製定追諡的禮節，並且等待禮儀完畢，還頒詔天下，等到出了喪期，禮部的大臣按照製度應該把孝烈皇後的神主，安放在奉先殿的東側室，皇帝說，東側室，不是正殿，孝烈皇後應該祔太廟。於是，大學士嚴嵩等請求把孝烈皇帝神主設位於太廟東，皇帝母親獻皇後的神位旁邊，憲宗邵皇太後明世宗親祖母右冊，以從祔於祖姑之義。皇帝說祔禮是很正式隆重的事情，不可以隨隨便便，皇後不是皇帝，是陪從皇帝的，要有一定次序，哪裡有隨便祔禮在其他皇後旁邊的道理，應該按照朕的次序祔禮，不能隨便亂來。嚴嵩說，祔禮的順序，不是臣下隨隨便便說的，所以還是按照先朝慣例比較妥當，還是祔禮在世宗母親獻皇後旁邊。
世宗還是想把孝烈皇後祔禮在太廟，尚書徐階說，這不可行，給事中楊思忠同意尚書徐階的意見，其他人都不說話。後來大臣上疏說，孝烈皇後位居中宮，按照禮儀製度可以祔禮太廟，但是涉及到皇帝的數位皇後次序，這樣我們臣子的意見，還是應該遵照先祖慣例，不應該破壞這樣的規定，皇帝震怒。這時，徐階、楊思忠惶恐進言，周代建立天子九廟，三昭三穆，本朝的祖廟，是一個宮堂，但是不同宮室，跟周禮不同，今天太廟九個位置都滿了，如果按照當今皇帝的輩分，仁宗皇帝應該當祧，因為仁宗是陛下的五世祖，如果在太廟增加兩個位置，那麼仁宗神位可不必祧，孝烈皇後的神位也能安放。這樣陛下也就沒有為了安放孝烈皇後神主而祧仁宗皇帝神主的嫌疑了。皇帝說，當祧當祔，臣子可以根據禮儀規定提出請求，何必猶猶豫豫呢？於是首輔大臣徐階說，今仁宗為皇上五世祖，以聖躬論，仁宗於禮當祧，孝烈皇後於禮當祔，請祧仁宗，祔孝烈皇後於太廟第九室。
後來，涉及到忌日祭祀的問題，皇帝依然堅持原來的建議，把方皇後按照元配皇後對待，大臣說孝烈皇後是後續皇後，不是元配，不能按照元配皇後的規格祭祀。皇帝大怒，對嚴嵩等人說，禮官當初按照朕的意思，把皇後祔在太廟，是很勉強的，如今他們不忍祧仁宗，就像安置皇後神主在彆的宗廟，將來由臣下議處。皇後忌日，祭奠一杯酒，又能怎麼樣呢？於是禮部的大臣也不敢堅持了。後來，堅持反對意見的楊思忠因為賀表的事情，得罪了皇帝，被廷杖免職。
隆慶初年，跟孝潔陳皇後一天上尊諡孝烈端順敏惠恭誠祗天衛聖皇後，不係帝諡，彆祀弘孝殿。