然而，在正式開始籌建軍隊的過程中，馬超卻拒絕使用“馬家軍”這個名號。
相反，他堅定保持人民軍的原有稱號，來彰顯他對這支軍隊的期許。
他給北京五軍都督府送去的將領名單中，趙大龍和伊寶忠被委以重任，分彆擔任了人民軍守備職務。
李大虎、楊致遠、孔令久、徐小虎四人，則被他任命為人民軍的把總，肩負起領導軍隊的重任。
王先生憑借著他的謀略，被編入了人民軍的總參謀部；母賢君則因其出色的後勤組織能力，被編入了人民軍的後勤保障部；
馬強作為馬超最可信任的人，正式成為了馬超的影子，被編入了人民軍的情報部。
他們都被授予了副守備的職務，成為了人民軍中的中堅力量。
人民軍三個師的編製保持不變，依然按照先前的任命被稱為團長、營長、排長和班長。
馬超這樣做，既有助於保持人民軍改編後的戰鬥秩序和組織框架，又可以使人民軍有彆於大明國的軍隊。
這些軍職與大明朝廷的副把總、哨官、隊長、什長相對應，就意味著他們正式成為了大明國邊軍，有了保境安民的法理支持。
黃埔學校中的學員也將隨軍一同北上，他們被暫時編製為直屬教導大隊，由馬超本人親自指揮和管理。
這樣一來，那些年輕的學員們，就能直接參與到大軍團訓練中，在實戰中得到鍛煉和成長，為畢業後分配到軍中任職打下一個良好的基礎。
在經過深思熟慮和眾人的討論之後，馬超做出了一個艱難的決定：
“全麵放棄安山鎮根據地。”
然而，他也沒有拋棄那些不願離開故土的士兵們。
授權李二虎組建二虎山守備營，帶領六百故土難離的士兵，繼續留在二虎山根據地內發展。
所有人民軍戰兵和輔兵接到命令後，紛紛拉著他們積攢的物資和裝備，按期集結於馬家村內接受整編。
任命伊寶忠為第一師師長，麾下設有騎兵團，火槍兵團，火炮兵團。
任命趙大龍為第二師師長，麾下設有火槍兵團，長槍兵團，刀盾兵團。
任命楊致遠為第三師師長，麾下設有火槍兵團，弓箭兵團，工程兵團。
馬超將直屬教導大隊細分為三個部分：參謀部、戰術部以及政治部。
依據每名學員的專長與個人喜好，安排他們進入不同部門學習實習。
麵對大明朝廷送來的六萬兩白銀，以及六千石粳米，馬超決定全部封存起來，並委托濟南府衙代替自己歸還給大明朝廷。
他所給出的理由也很簡單，大明國內近年來飽受天災人禍之苦，導致朝廷財政狀況陷入困境。
因此，他甘願傾儘所有家財籌建軍隊訓練，以此為大明朝廷分擔壓力，替皇帝陛下分憂解難。