額哲自知根本無法抵禦黃太吉十萬大軍，在與總參謀長蔡昌軍商議後，決定采取火攻退敵。
就這樣，一場席卷漠南蒙古，肆虐兩個多月的草原大火，將黃太吉的西征軍隊逼退，卻給明國帶去了無儘的傷害。
清國十萬大軍東歸途中，趁明國京畿兵力空虛，再次破關南下。快馬彎刀，如入無人之境，在北直隸、山西、河南、山東一帶擄掠。
兵部尚書，三邊總督，兼任五省剿寇總督之職的洪承疇，臨危受命，被崇禎皇帝任命為天下兵馬大元帥，調動全國兵馬反擊清軍。
可明軍連年內戰，自身也是損失嚴重。在平定流寇叛亂後，將士們卻拿不到大明朝廷許諾的犒賞撫恤，厭戰情緒高漲。
洪承疇隻得率領三萬洪軍，在京畿南部阻擊清軍進入河南腹地。苦戰一個多月，終因戰力不足，而被清軍全殲，洪承疇被俘。
多鐸為解心中憤恨，在劫掠濟南城後下令屠城，三十萬無辜百姓被殺，德王全家被押往遼東為奴。
他還親自率兵趕往馬家村，把馬超當年建設的所有建築物搗毀，還將周邊三十裡內人口屠戮一空。
李大虎聞訊，率領刑天軍出戰，可卻被清軍殺得大敗，兵士損失過半，又倉惶逃入泰山中不敢再戰。
大明帝國，陷入了前所未有的危機之中，百姓們在水深火熱之中苦苦掙紮，渴望著和平與安寧。
而此時的崇禎皇帝，為了扶大廈於將傾，隻得把朱媺娖留下的白銀、田地、房產、借貸契約、全部拿出犒賞文武百官，再次變成了一個窮困潦倒的帝王。
崇禎十年的這次清軍入關，就如同一股洶湧的洪流，徹底改寫了曆史的走向，將時代的車輪推向了一條全新的道路上。
趙大龍獲知刑天軍慘敗，清軍屠戮濟南城和馬家村後，當即就率領乞活軍走出秦嶺，欲抵禦外虜，為馬家村鄉親報仇。
卻不曾想，他們剛剛進入河南境內，就陷入了明軍的重重圍攻之中，損兵折將。
就在這危急時刻，袁崇煥率領三萬皇家陸軍，進入山東、河南境內參戰，製止了明軍對乞活軍的圍攻。
袁崇煥、何可綱、李若蓮等人拚儘所能，才安撫住了各路明軍的躁動，組織起了一支十萬人的聯軍，遏製住了清軍南下的勢頭。
河套境內的馬超，在完成建國稱帝後第三日，便率領人民軍再次出兵漠南蒙古。
可儘管人民軍師老兵疲，戰鬥力大打折扣，卻依舊打得蒙古各部聯軍節節敗退，占領了漠南兩旗土地。
然而，隨著清軍兵馬的回援，人民軍攻占的清國漠南兩旗土地，又儘數丟失。
這一進一退之間，充分暴露了人民軍兵力不足的虛實，被留守蒙古的多爾袞發現。他不再與人民軍集團作戰，而是采取了一避其兵鋒，多路突進的全新戰術。
黃太吉麵對複雜的局勢，也展現出了果敢的決策能力。他一麵派出盛京城中的三萬衛戍兵馬，前往漠南蒙古參戰；一麵下令南下軍隊北返。
最終，清軍不但搶掠到了大批糧食物資，緩解了國內的物資短缺，還擄掠到了五十多萬青壯勞動力，成為了這場亂戰中的最後贏家。