然後，阿亮來到關押冬月的地方，救出了他。
而後美裡也得到了釋放。
美裡問起阿亮怎麼樣了，來人並不知道。
這個時候，阿亮出現在一間倉庫，門打開了。
阿亮知道是誰來了，說道來的太慢了。
美裡回到家，說到了阿亮的留言。
他說自已大概已經給她造成很多麻煩，他向美裡道了歉，並且委托美裡給自已的花澆水。
最後她說真相和你筒子啊你不要困擾勇敢向前，如果還可以再見的話，就會說出8年前的那句話。
美麗聽完留言哭了出來。
明日香在同步測試時候想起自已的麻美。
患有精神病的媽媽，經常將洋娃娃當成自已。
心情不好的明日香，同步率直線下降。
赤木開始下令直接以修複零號機為優先，暫且放棄了二號機。
美裡得到了從上麵傳來的情報，全世界正在7個地方建造了13台EVA，開始了量產。
隨著不斷的測試，明日香和EVA的同步率越來越低。
電梯中綾波麗告訴明日香。
不打開心扉，EVA是不會動的。
而明日香則和綾波麗說，她隻是一個人偶，完全按照父親指示做事的人偶。
淩波回答就是這樣，明日香打了他一巴掌。
這個回收在軌道上出現了一個使徒。
美裡命令零號機擔任攻擊手，二號機輔助。
明日香卻不服從命令，擅自衝了出去。
此時的初號機已經被凍結，無法出戰。
二號機在雨中拿起武器，由於射程不足，二號機無法射擊。
增時候一道光線湧入，使徒發動了精神攻擊。
明日香出現了精神汙染，混亂中明日香發動了攻擊全都打空了。
赤木下令，讓明日香撤退。
明日香卻說，如果現在回去還不如讓自已死在這裡。
此時零號機扣動扳機，成功擊中了使徒。
可是由於距離太遠沒有擊穿使徒的AT立場。
赤木發現，使徒在測試明日香的精神波長。
她意識到使徒是想了解人心。
碇真嗣請求讓自已出擊，遭遇到父親的拒絕。
隨手父親下令零號機來到下層，取出了朗基努斯之槍。
美裡覺得第三次衝擊隻是一個騙局。
朗基努斯之槍穿透了使徒的AT立場殲滅了使徒。
而自身也突破了速度，一動到月球軌道回收是不可能的。
明日香被救了，但是非常憤恨救自已的是被自已嘲諷過的綾波麗。
明日香住在了班長家裡，每天打著遊戲。
她覺得自已沒有駕駛EVA取得勝利已經失去了人生價值。
不管變成什麼樣都無所謂了。
上麵對父親下令拔出朗基努斯之槍非常不滿。
父親表示是逼不得已。
而上麵似乎已經對他無法容忍。
此時又一使徒來襲，美裡下令價格零號機發射出地麵二號機支援。
初號機也會解除凍結。
使徒在天我看高難中而後迅速刺穿零號機的AT立場，進入了零號機體內。
開始了和零號的解除。
而喲與二號機和明日香的同步率不足倆為數根本無法前進，不得已被收回去。
綾波麗在駕駛艙痛苦萬分。
這個時候父親下令解除初號機的凍結。
不想初號機剛一出擊就被使徒擊碎了武器。
這個時候零號機的AT立場開始反轉，綾波麗想要借此困住使徒。
美裡讓他趕快撤退，而綾波麗卻說自已走了，AT立場就會消失，碇真嗣會有危險。
自已的心就是想和碇真嗣在一起。
零號機發生了爆破，在爆破前的最後一秒，綾波麗又看到了父親。
使徒被消滅，赤木馬上帶人尋找綾波麗。
隨後發現被嚴重損毀的倉管。
按照死海文書的記載，使徒隻剩下一個。
上麵決定加緊對父親的控製。
淩波醒了過來，碇真嗣趕去醫院，他說謝謝綾波麗救了自已。
綾波麗卻不知道碇真嗣在說什麼。
美裡打開了阿亮給自已的東西，裡麵有阿亮想要告訴她的話。
美裡好像走到了。
隨後她找到了赤木，並且威脅她告訴自已關於據點的秘密。
碇真嗣也出現在現場，赤木帶著倆人來到下麵。
地下有無數半成品EVA。
赤木說碇真嗣的母親就在這裡去世的。
隨後三人來到一個房間，他們看到裡麵有無數綾波麗。
赤木說這些都是沒有靈魂的容器，說完就毀滅到了他們。
她好像也喜歡父親，並且對綾波麗有深深的妒意。
隨後跪在地上哭了起來。
明日香回想起母親死去的事情，隨後她失去了適合者的身份。
父親詢問赤木為什麼破壞傀儡係統。
赤木說自已隻是破壞綾波麗，而父親其實從來不在乎自已。
碇真嗣在湖邊，發現坐在石頭上哼唱歌曲的男子。
他直接交出碇真嗣的名字，並且高速碇真嗣自已的名字是阿軒，是第五適任者。
大家絲毫都不知道哦啊他的來曆，隻是知道生日和第二次衝擊完全相同。
同步測試開始了，阿軒居然做到了和二號機完全同步。
大家都有些吃驚。測試結束後，阿軒看出碇真嗣有些害怕和人解除。
阿軒告訴碇真嗣，不和人接觸就會避免傷害。
但是並不可以忘記寂寞，因為人類本身是孤單。
但是也因為可以忘記，人CIA可以活下去。
他說碇真嗣的心如同玻璃一般纖細，值得自已對他有好感。父親看著初號機，想到朗基努斯之槍已經不再。
隻要消滅最後一個使徒，願望就要試下。
碇真嗣沒有回家，回到了阿軒的家中。
阿軒問他是不是討厭人類，他說自已很討厭父親。
卻很奇怪為什麼對阿軒說這些。
碇真嗣回頭看到對方看著自已。
他告訴碇真嗣，自已說不定是為李翔宇才是。
美裡偷偷調查挨訓的資料。
原來他可以在自已的一直下自由設定和EVA的同步率。
這個回收阿軒帶著二號機向據點下去。
警報響了起來，又一使徒出現了。
美裡發現二號機出現動了，可是明日香明明在病房，這不可能。
這時候據點出現了AT立場，阿軒就是使徒並且還在不斷下降。
而這一切都是上麵計劃的，並且期待初號機完成最後計劃。
父親下令讓碇真嗣去解決。
碇真嗣卻無法接受阿軒是使徒，隨後強迫自已跟上塌
初號機和二號機打了起來，阿軒說EVA和自已打手很提是一樣，因為也是從亞當衍生出來，隻要沒有領就好。
碇真嗣刺向阿軒，但是阿軒的身上出現了AT立場這是任何人都擁有的心智比張。
此時二號機也刺中的初號機，他們一起來到據點。
為了避免第三次衝擊，美裡決定逼得不已時就讓這裡自爆。
沒想到出現了強力的AT立場，倆台EVA都被屏蔽。
碇真嗣和阿軒抵達了中心位置，綾波麗居然也出現在這裡。
阿軒發現十字架上的不是亞當而是莉莉絲。