此時初號機擊敗了好幾，並且抓住了阿軒。
阿軒說治一治希望碇真嗣可以阻止二號機。
?不是這樣自已就要和二號機一起繼續活下去。
碇真嗣問他是為什麼。
阿軒說繼續活下去是自已的命運，哪怕毀滅一切。
而對於自已來說死和生是等價的，死亡才是自已唯一的自由。
碇真嗣完全聽不懂他在說什麼。
阿軒卻說這是遺言，他說碇真嗣不是應該死亡的從子啊，而微辣才是必要。
隨後抬頭看了言綾波麗，他告訴頂針是，謝謝你，能夠和你相遇，我和你高興。
終於在漫長的沉默中，碇真嗣殺死了最後的使徒。
碇真嗣來到醫院看望明日香。
他對明日香說救救我，然而對方並沒有回應。
碇真嗣開始用力晃動明日香。
在這以後，最後一個使徒消滅了，但是還是沒有解決境界。
美裡坐在車裡，她已經知道了所謂的補完計劃。
所這是一種將走到儘頭的人，進化為單體生物的補充計劃。
她覺得上麵還會為此利用EVA。
的確如此，上麵將希望寄托在莉莉絲的EVA初號機身上。
此時超級計算機被入侵，防禦被攻破。
父親派遣人找到已經不再工作的赤木，委托她抵抗超級計算機的入侵。
美裡受到消息，上麵已經取消對據點的保護。
目的絕對不是入侵超級計算機那麼簡單。
這個時候赤木解決了入侵。
計劃失敗以後，上麵決定直接占領。
之後開始了攻擊，美裡覺得他們的目標是EVA，那麼一定會乾掉碇真嗣。
隨後通知碇真嗣進入初號機，躲避並且將病房中的明日香移動進二號機。
此時沒有了綾波麗的終極。
美裡下令讓碇真嗣進入地下，但緊跟著發現碇真嗣沒有在裡麵。
上麵實力強大，據點落入下方。
美裡在努力拖延時間。父親找到了綾波麗。
說是約定時間到了，帶走了他
此時敵人發信啊了碇真嗣，還好美裡及時趕到救下了他。
她讓碇真嗣去駕駛EVA。
碇真嗣卻說自隻想死，其他的什麼都不想做。
上麵開始攻擊據點，美裡告訴碇真嗣，他們要發動第三次攻擊。
十五年前為了讓傷亡降低，從而在使徒決心的回收將亞當還原，引發了第二次衝擊。
而人是從一個叫莉莉絲的生命體之源中誕生出來的。
人類便是第十八使徒，其它的使徒也可以看成是舍棄人類形體的怪物。
雙方都拒絕了對方的存在。
上麵發現據點的電話無法接通。
而後有發現不玩計劃，所以才去攻擊。
而這些都是上麵你透露但
這個時候二號機在水下被發現，明日香生死不明。
她不斷的高手自已不可以死，但是母親好像出現了，一束光閃過，二號機出來以後。
明日香無所畏懼開始瘋狂反擊。
上麵發現明日香在阻止自已的計劃，隨後下令觸動了九台量產機EVA。
美裡聽到了消息，她讓明日香一定要堅持住。
隨後拉起碇真嗣走向初號機。
而此時的二號機隻剩下三分鐘的電量。
明日香想到這樣的話隻有二十秒乾掉一台。
美裡帶著碇真嗣來到入口卻不小心中彈了。
敵人沒有繼續追擊而是決定爆破這裡。
美裡將碇真嗣推到欄杆上，告訴他說從此以後你就是一個人了。
碇真嗣卻無法鼓起勇氣。
美裡不會同情他，如果他什麼都不做，自已一輩子都不會原諒他。
他鼓勵碇真嗣字啊一次駕駛EVA。
送碇真嗣看到美裡的血跡，泣不成聲。
明日香還在和涼茶級大戰，不禁怒吼道白癡碇真嗣不可以相信。
父親帶著綾波麗來到莉莉絲的麵前，發現旁邊坐著赤木。
赤木拿出武器，她偷偷拿出計算機的程序準備和父親ton歸於儘。
但是上麵否決了他。
赤木名表了，母親選擇了愛人。
隨後父親沙雕鱗翅目，此時二號機隻剩下一分鐘點亮。
明日香將一台量產機擊殺以後，她的眼神中滿是憤怒。
這個時候一把武器將二號機充了出來但是那把武器穿透了AT立場，此時二號機電力好幾。
剛剛打到的家夥。
但是卻被其他的武器。
初號機自已動了起來，天空中刮起狂風。
他看到了被直接的的家夥，隻要再次和莉莉絲融合就可以和自已的棋子合成。
這時候父親開始聊不完計劃。
朗基努斯之槍飛了回來。
開始祈禱了，最後的儀式。
量產圍繞著卡巴拉第三次衝擊要來了。
黑色之月暴露了出來。
父親還在進行儀式。
綾波麗說自已不是父親的玩偶，而碇真嗣正在呼喚自已。
隨後勁入莉莉絲的體內。
伴隨著心猿意馬的心跳的聲音，莉莉絲來到了碇真嗣麵前。
隨著祈禱，量產機和莉莉絲童話。
同時得到生命果實和智慧果實的。
如今的碇真嗣成為了最後的希望哪
碇真嗣想起來童年的回憶，他想起了很多事情。
碇真嗣覺得這個四姐妹我有人合同礙眼的事情，他一直以為彆人和自已意義昂，但是大家出賣了自已。
不管如何什麼都不會改變。這個時候莉莉絲彈出身體，大家麵前出現了一個個淩波。
淩波變成自已想要的人。
所有人的AT立場都消失了。
父親問他是不是害怕兒子。
他說自已會帶來傷害。
阿軒說他一直在逃避。隨後在初號機要掉頭，父親失去。
此時莉莉絲手握著黑之色，他的頭部出現奇怪的裂紋，將初號機吸收了進去。
在陽光下出現了一台車和秋千。
碇真嗣詢問這是什麼呢？
這個時候傳來了淩波的聲音。碇真嗣說這不是現實。
這不是夢想，這是對現實的補償。
那我的夢在哪兒呢？
綾波麗說是現實的延續，也是夢的終結。
當碇真嗣醒來以後，她告訴這裡是生命之源的地方。
“我是不是死了。”
她詢問碇真嗣這是自已希望的世界？
即便那個世界會有人傷害他也沒有關係。
碇真嗣詢問大家說。
綾波麗說是希望。
這個時候初號機從裡麵出來。
綾波麗說道要活下去就可以天堂。
一切回歸現實，再一次重新來過，世界恢複了和平，童話大結局。
碇真嗣和所有人幸福的生活在了一起。：，，，