張仲景對這些人非常氣憤，痛加斥責，他決心要控製瘟疫的流行，根治傷寒病。
從此他“勤求古訓，博采眾方”，刻苦研讀《素問》、《靈樞》、《八十一難》、《陰陽大論》、《胎臚藥錄》等古代醫書，繼承《內經》等古典醫籍的基本理論，廣泛借鑒其他醫家的治療方法，結合個人臨床診斷經驗，研究治療傷寒雜病的方法，並於建安十年開始著手撰寫《傷寒雜病論》。
張仲景是一個當時主流社會的異類，在張仲景寫的《傷寒論》的序中，可以看到他那字裡行間顯現出憤世嫉俗的悲歎。他撰寫了《傷寒雜病論》，被後世一致奉為經典著作。但在當時可能是名聲不彰，因此正史中沒有他的地位。
張仲景撰寫《傷寒論》的時候，參照了《湯液經法》等等前經方典籍。
《傷寒論原序》有“撰用”二字，不過，經研究，“撰用《素問》、《九卷》、《八十一難》、《陰陽大論》、《胎臚藥錄》並《平脈辨證》”二十三個字為王叔和加入。
進一步證實了《傷寒論》主要內容來自《湯液經法》。
張仲景也在陰陽學說的背景下移植和整理了方證辨證診治方法。
張仲景將蠻荒年代野性思維的結晶與當時最有力的思想武器——陰陽學說結合在一起。同時，他清醒地意識到方證辨證，這種另類思維的珍貴性。所以在整理過程中儘量保存了《湯液經法》中方證的原貌。
《傷寒雜病論》係統地概括了“辨證施治”的理論，為我國中醫病因學說和方劑學說的發展做出了重要貢獻。後來該書被奉為“方書之祖”，張仲景也被譽為“經方大師”。
張仲景寫成該書後仍專心研究醫學，直到與世長辭。
晉武帝司馬炎統一天下後，張仲景的遺體才被後人運回故鄉安葬，並在南陽修建了醫聖祠和仲景墓。
張仲景為人謙虛謹慎，提倡終身堅持學習。他在序文中說：“孔子曰：生而知之者上，學則亞之，多聞博識，知之次也。餘宿尚方術，請事斯語。”
張仲景引用孔子語錄，在於說明自己不是天才，隻能靠刻苦努力學習來獲得知識。
他特彆表明自己從青少年時期就熱愛醫學，請允許他紮紮實實地按照孔子的話去做，因為醫學沒有止境，必須終身堅持學習，活到老，學到老。
張仲景還為後人樹立了淳樸無華、勤懇踏實的學風。《傷寒雜病論》著述風格樸實簡練，毫無浮辭空論，對後世中醫著作影響甚大。他診病和學習時遇到一絲一毫的疑問，即“考校以求驗”，絕不放過，一定要弄清楚是怎麼回事。