洪武帝頒布的《禦製孝慈錄》改變了“國無二尊、家無二斬”的老規矩, 提倡“父母同尊”，皇室則實行帝後合葬，皇帝和元後同廟，一同享受祭祀的製度。
故馬皇後去世，朝中大臣服斬衰二十七日除服, 百日內穿素服, 官員百日內禁止音樂祭祀, 停嫁娶, 民間一個月內，葬禮規格高於以往曆朝曆代的皇後。
八月。
凡在京的文武百官穿素服入朝, 行奉慰禮。
武官五品以上, 武官三品以上的誥命夫人穿著麻布衫、麻布裙、麻布蓋頭、麻布鞋，不準施脂粉和金銀首飾，依次去坤寧宮行禮。
洪武帝擬定了馬皇後的諡號——孝慈，故馬皇後以後皆被稱為孝慈皇後。
洪武帝召已經就藩的藩王們回京城參加孝慈皇後葬禮。連在圈禁在鳳陽鄉下種地的廢秦王爺召回京城。
九月。
孝慈皇後神位已成，梓宮即將發葬, 告太廟，祭鐘山之神, 祈禱神靈保佑皇後地下安寧。
一切準備妥當，各地藩王們也都趕到京城哭靈送殯。太子朱標帶著親王公主們送孝慈皇後梓宮入鐘山孝陵，在鐘山腳下時, 原本晴好的天氣突然風雨大作, 道路難行, 眼看著要誤了入葬地宮的吉時。
悲傷的洪武帝暴怒, 正要斬殺算日子的欽天監，幸虧送葬隊伍裡的高僧宗泐靈機一動，說了四句偈語：“雨落天垂淚，雷鳴地舉哀。西方諸佛子，齊送馬如來。”
意思是孝慈皇後之死，引得天地同悲，感動諸佛來送皇後。
洪武帝聽了，方放過倒黴的欽天監。這時宗泐帶領手下高僧道衍禪師等一起念經祈福，也是神了，一通經書過後，雨止雲開，送葬隊伍繼續前行。
洪武帝堅信這是神跡出現，對念經的幾位高僧另眼相看，悲傷不已的洪武帝順手將幾位高僧一一指給幾位藩王，“高僧跟著你們回到藩地，你們要為高僧建寺廟，時常去為孝慈皇後祈福，不得有誤。”
藩王們和高僧應下，道衍禪師指給了四皇子燕王朱棣。
九月底，藩王們陸續帶著洪武帝指給的高僧回到藩地，建立寺廟寄托對孝慈皇後的哀思。
由於秦王在葬禮上幾次哭暈過去，表示痛改前非，加上大明忙著南征，沐英等名將齊聚雲貴之地，防守空虛，北元又開始屢屢擾關。鑒於此，洪武帝命魏國公徐達去了東北守邊，並且決定再給兒子一次機會，恢複了他的親王爵位，命令他回藩地，守護西北邊關。
第二個消息對於正在孝陵裡喂鹿的胡善圍而言，著實是個壞消息。
鹿是吉祥之物，洪武帝大手一揮，在孝陵一次性放養了兩千頭……
洪武帝覺得鹿是吉祥物，根本沒有考慮如何養活，陵區的那些樹木花草，根本不夠養活兩千頭鹿，何況十月都霜降了，萬物凋零，能吃的東西更少，兩千頭鹿的配給和軍馬一樣，吃著草料豆餅等物。
除了喂兩千頭鹿，胡善圍還要養明德夫人進貢的那對綠孔雀，每天忙於伺候飛禽走獸，幾乎沒有時間悲傷。
自打八月初十孝慈皇後去世，胡善圍就被毛驤依照孝慈皇後的遺言送到孝陵來了，她要守孝陵三年，不得出陵區半步，形同軟禁，也是一種保護，畢竟依照洪武帝的脾氣，誰敢在孝陵搞事情，基本和求死差不多了。
孝慈皇後用這種果斷的方式切斷了胡善圍和宮廷的關係，就像初入宮廷時在藏書樓裡，幾乎與世隔絕。藏書樓至少在宮廷，孝陵在郊區鐘山。以前宮廷相好的女官也很難來這裡。
給她帶來秦王恢複爵位消息的正是同樣關注秦王一舉一動的馬三保。當年秦王被前行擄奪殘害的童男童女隻有馬三保還活著，秦王妃王氏帶發修行，被封為清淨仙師，閹童馬三保一直在庵堂伺候王氏，和胡善圍偶有來往。
三年過去了，閹童長成身量未足的少年，馬三保氣惱的將一個豆餅投給梅花鹿，“這樣禽獸般的人，流了幾滴鱷魚眼淚，居然也有再來一次的機會！那些慘死的人呢？被割了舌頭的劉司言呢？誰給她們機會？”
胡善圍也有一種深深的無力感，“我能怎麼辦？我也很絕望，我要困在這裡三年。三年之後，秦王估計成了浪子回頭的賢王，這種陰險小人肯定會來報複我們的。”
馬三保說道：“我不能坐以待斃，我這次來，除了告訴你秦王的消息，還是來向你辭行的——承蒙清淨仙師的舉薦，我這三年一直跟著道衍禪師學習佛學，這次孝慈皇後出殯，道衍禪師參與誦經止了風雨，皇上將禪師指給了燕王，要道衍禪師在燕地北平建立寺廟，為孝慈皇後祈福，我將隨道衍禪師一起奔赴燕地。三年之後，你出孝陵，倘若秦王找你麻煩，你就去燕地找我。”
馬三保已經找了燕王這個強大的保護傘。
胡善圍笑了笑，繼續往鹿群裡投喂豆餅，“多謝好意，不過三年之後，我應該會想法子回到宮廷，有一件很重要的事情，我發誓一定要做完。”
馬皇後臨死都用遺言保護她，她若不能為馬皇後複仇，找到真凶，她死不瞑目。
且說馬三保跟隨道衍禪師追隨燕王一行，奔赴燕地北平。道衍禪師頗有詩才，出發時寫了一首《十月一日金陵發船之北平》：
石頭城下水茫茫，獨上官船去遠方。食宿自憐同衛士，衣缽誰笑雜軍裝
夜深多櫓聲搖月，曉冷孤桅影帶霜。曆儘風波難苦際，無愁應隻為賓王。
馬三保知道胡善圍是道衍禪師忠實的讀者，喜歡收集他的詩歌文章，便將此詩抄錄下來，寄給孝陵喂鹿的胡善圍。
整日被“禽獸”環繞的胡善圍精神食糧極其匱乏，得到道衍禪師新詩，如獲珍寶，抄錄在詩集上，反複誦讀欣賞。
從詩句上來看，道衍禪師和燕王關係還不錯，因成為燕王座上賓，什麼“夜深多櫓聲搖月，曉冷孤桅影帶霜”都無所謂了。
胡善圍風光三年，一朝落魄，困於孝陵，以禽獸為伴，孤獨寂寞，以前得罪過的人想要踩她，報複她，也被孝陵周圍的護陵軍層層阻隔，鞭長莫及。