回到新蜀州後，朱清立即投入了緊張的戰後建設。特諾奇提特蘭城帶回來的那五萬勞動力，被安置在了新蜀州周邊的數十個臨時營地之中。這些臨時營地以後將成為新蜀州的衛星城鎮。這些勞力將先設屯墾點，接下來則分彆從事種植、伐木、采礦、修路、築堡等工作。至於造船、冶煉等技術含量的工作，則需要較長時間的培訓，才能成為探險隊員的助手。
這五萬人的管理，雖然繁瑣但也並不困難。阿茲特克人極其信奉神明，對於神使的命令執行非常堅決，根本不需要監工，更不擔心他們叛亂。如果沒有血腥的人殉祭祀製度，阿茲特克人其實十分善良溫順，又吃苦耐勞，是優秀的建設者。他們的農業耕種技術十分先進，加之地峽一帶光熱資源豐富，盛產糧食作物，加之又有許多熱帶果類，故並不存在缺糧問題。
為了鞏固治理效果，朱清又從軍事政治經濟文化上采取了一係列舉措。在軍事上，為了防止叛亂和內部爭鬥，他從各部落抽調了精壯武士，組成了一支千人的常備軍。這支軍隊除了配備黑曜石武器外，還配備了少量的鐵製刀矛，再加上嚴格的訓練，其戰力遠超美洲虎和雄鷹戰士。除此之外，戰時新蜀州還可以征調各部落的土著士兵，以蕩平敵對勢力。
從政治上，新蜀州也賦於了各部族極大的自治權，還定期召集部族酋長議事，成立部族聯盟會議。各部族之間發生矛盾，在自行協商不成的情況下，提交聯盟會議進行裁決。除此之外，朱清還鼓勵與各部族進行聯姻，他自己便娶了最大部族的酋長女兒為妻。在他的帶頭示範下，其不少下屬也娶了各部族酋長或長老之女。話說朱清雖然是個大老粗，卻無師自通掌握了漢唐“和親”的精髓，知道血緣能有效粘合政治關係。
在經濟方麵，朱清充分利用了鐵器。鐵製武器和農具比土著部落的石製刀斧和農具實在優越太多，被各個部族視為“神器”。隻是探險隊的鐵器並不富餘，根本滿足不了熱切的需求。為了拉攏親善部族，也因為售賣鐵器實在是暴利，朱清咬牙勻出了少量的工具和刀槍進行售賣，換得了大量的糧食、棉布和金銀。除此之外，朱清又派人尋找鐵礦，開始大規模土法煉鐵，以爭取生產更多的鐵器。
在文化方麵，隨軍的幕僚根椐“車同軌、書同文”精神，提出了從語言和文字著手的建議，朱清深以為然。阿茲特克帝國並沒有文字，內有大小部落上千個，語言也有幾百種，相互之間也往往雞同鴨講。隻有漢語言和文字，才能成為通用語言和各部族的粘合劑。為此，朱清下令各部族選送聰明伶俐的青年到新蜀州，分批學習漢語和文字。他們學成之後，一部分留下協助管理，一部分成為各部落學習漢語的教師。
做完這一切之後，朱清便考慮派人返回流求之事。雖然流求派出的探險船隊為數不少，但由於季風、洋流和風暴等因素，不少船隻並沒能如期抵達地峽。實際上，自從餘福從新大陸返航，獲得了巨大的榮譽和財富之後，不少探險船隊對地峽的興趣便下降了不少。眼下地峽北方的野牛大陸和南方的羊駝大陸才是探索的重點，甚至有探險隊放棄了新大陸，轉而前往南洋更南方，去探索歐陽軒草圖上的袋鼠大陸。