軍政府之下則分為六個省，分彆為西川省、北川省 、東川省、大理省、雲南省、交趾省和流求省。北川省轄區為漢中和利州等川北之地，西川省為成都府路及潼川路一部分，東川省則是以重慶為中心的夔州路等地。大理王國則一分為二，分彆成立大理城和善闡城為中心的大理省和雲南省。流求省的轄區除了大小流求外，還包括濟州島及霹靂軍在瓊州島南部的轄區。交趾國則直接改為交趾省。苗疆雖然與霹靂軍關係密切，卻是播州楊氏領地，身為女婿的歐陽軒根本不敢染指。
各省的高級政務官員由李爽提名，由歐陽軒任命，低級官員則由各省提命，報政務院任命。軍隊的高級官員由各師和總參謀部提出建議，由歐陽軒決定；低級軍官則由各師提出人選，由總參謀部任命。鑒於當前戰事頻乃，歐陽軒決定在各省成立都督府，統攬軍政權力以形成合力。經多方考慮，他決定由黃大根負責北川省，張玨負責東川省，石中樹負責西川省，昝萬壽負責大理省，曹軒負責交趾省，餘柱仍負責流求省。段實則接替曹軒，負責經營建昌府。
按照霹靂軍“北防南進”的戰略，歐陽軒決定將軍政府總部暫時遷到善闡城。這樣做一則可以方便對大理、雲南和交趾三省的管理，二則善闡氣侯溫和，四季如春，比靠近大海但暑熱的交趾強上太多。三則可以快速到達出海口，獲得戰略資源，並加強與流求及星島、新大陸等海外領地的聯係。巴蜀大地和播州目前安全無虞，社會經濟也走上了快車道，這使得軍政府可以將精力轉移到南部三省上來。當然，在歐陽軒的計劃中，善闡城作為總部也隻是臨時之舉。軍政府的總部終將是在靠近大海，水陸交通方便的人口稠密之地，隻不過這將是戰勝蒙古人以後的事了。
眼下霹靂軍需要的是潛心經營。僅從表象來看，霹靂軍的六個省人口已達千萬，糧田礦產無數，已經有了與臨安和蒙古人分庭抗禮之力，但歐陽軒才知道，這其實是霹靂軍最虛弱的時侯。轄區麵積雖大，卻並不能完全掌控，治下人口雖多，卻並未完全歸心。雖然憑借著火器與堅城利堡，霹靂軍能應對任何入侵，也能應對任何叛亂。但大理和交趾戰役，已經耗儘了積攢下來的軍火輜重，霹靂軍再無力發動大規模戰事。
開發大理、雲南和交趾三省需要大量的錢財和人力投入。雖然這三省有著豐富的人力和礦產資源，但投入要見到初步成效，少則一年多則三年。在這之前維持霹靂軍財政的，隻有巴蜀和流求兩地，實屬小馬拉大車。雖然巴蜀的經濟發達生產效率也高，但久經戰亂勞動力也不足，提供的賦稅也有限。流求的貿易雖然利潤豐厚，發現新大陸之後，探險船隊又源源不斷運回金銀。但“黃鱔大窟窿大”，在濟州島養馬、星島大規模擴建、建設前往新大陸航線上的補給點，以及在野牛大陸和羊駝大陸上興建據點，花銷也極為驚人。相比上述花銷，擴充艦隊的金額更是個無底洞。餘柱已經得到歐陽軒的同意，將會大規模擴充艦隊，以適應海外事業發展的需要。