歐陽軒用一句話概括了當下霹靂軍的狀態，即政治上蟄伏，軍事上積極防禦，經濟上蓬勃發展。在將士們在前線與隔河對峙期間，霹靂軍後方也沒有閒著。彭州和嘉定府的第一期工礦業的建設已接近尾聲，分彆新開了數十家煤、鐵、石灰石、硫、火硝、鉛等礦。九峰山的銅礦產能已經恢複，符文鎮附近的山中也開采出了第一批銅礦，隻是產量不多。隨著礦山的大規模開采，配套建設的硫酸廠、冶煉廠、鑄造廠等一大批工廠也陸續投產了，最為重要的彭州和嘉定兵工廠也開始試生產了。
雖然工農業生產事務繁多，但歐陽軒並沒有在政務方麵投入太多精力，一方麵是以李爽為首的政務團隊十分敬業，並不需要他過多操心，另一方麵也是因為有一大批試驗在等著他。歐陽軒雖然對科研方向和路徑進行了指引，但涉及具細節需要反複試驗和求證，楊輝負責研究院後，他將來會省不少心，但眼下還不能放手。一則楊輝的視野和理念還需要提升，他和歐陽軒這種受過現代科學訓練的人畢竟還是有差距，另一方麵也是其所擅長麵其實較窄，“術業有專攻”，他對數學和理工技術擅長，但對於化學、醫學等方麵的知識便欠缺了。化學是歐陽軒的強項，醫學他也有涉及。當然在臨床醫學方麵歐陽軒是個門外漢，他所知曉都是預防醫學知識。
在霹靂軍與蒙軍對峙期間，歐陽軒除了處理軍務，還要抽一部分時間指導科學院的化學試驗，其餘精力都投到了衛生防疫，以致於回家的時間都很少。當然回到家中也沒有人，楊嫣雖然已懷孕五個月，但仍然拖著大肚子在處理南洋公司的事務。南洋公司總部已搬到成都後，雖然有冉忠在那邊負責，但楊嫣仍需十天半月去一趟，以處理重要事務，她和歐陽軒仍然聚少離多。這情形看得小舅子楊邦憲常常歎氣道說，研究院的化學試驗室、醫學院及參謀部的會議室才是姐夫的家，而河心島上的家隻是客館而已。
眼下醫學院已在歐陽軒的指導下，在實驗室培育出了青黴素，但是離大規模生產仍有較長距離。一方麵是缺乏工業化生產的條件，彆說提純技術不成熟，就連規模培養菌種的設備也無法達標，另一方麵則是生產工藝流程和成本的問題，當下生產出來的價格甚至遠遠超黃金。歐陽軒明白技術的進步和迭代需要時間，更需要工業基礎的完善，急也急不得。從古自今，對經濟和社會破壞最大的是瘟疫，也就是歐陽軒所說的傳染病。實際上，戰爭直接殺傷人口與隨之而來的饑荒和瘟疫相比，隻是九牛一毛。當下霹靂軍已經解決了饑餓問題，下一步重點便是傳染病的控製和預防了。
歐陽軒和唐順將傳染病防治的重點放在“天花、霍亂、鼠疫”這三種最烈的疫病之上。排在這三種疾病之前的便是瘧疾，隻不過被歐陽軒用黃花蒿提取的汁液治住了。這三種病專播性極強、死亡率高，常常給一個地區帶來滅頂之災。蒙古人西征帶到歐洲“黑死病”，前後幾次爆發使幾千萬人死亡，差點將歐洲文明摧毀，這黑死病便是鼠疫。天花也是如此，人人畏之如虎避之不及，印第安文明便毀於西班牙殖民者帶去的天花、流感等疾病。霍亂雖然不如前兩種瘟疫凶險，致死率也稍低，但爆發的頻次密傳播途徑也多，其上吐下瀉常汙染水源。對付傳染病最有效方法是預防而不是治療，實際上這三種傳染病並沒有特效藥。故在防治瘟疫研討會上歐陽軒提出了三個防治途徑：消滅傳染源、切斷傳播途徑、對症治療。