霹靂軍在攻打彭山城之時，城中便發生了霍亂。在歐陽軒的命令下，城中居民全被遷到了小山溝進行隔離並進行了對症治療，又對城內城外進行了徹底的消毒，使得疫病控製在了一定範圍，也大大降低了死亡率。在總結此次經驗得失的基礎上，唐順便在李爽和魯德之的大力支持下，大力推動環境整治和個人衛生的宣傳，甚至還出台了衛生不達標要被罰做短期苦役的法令，形成了人人講衛生的氛圍。在霹靂軍轄區內，蓬頭垢麵外出或者身上有跳蚤被視為極不體麵之事。事實證明這種應對措施對霍亂頗有效果，在霹靂軍轄區內雖偶有爆發，但很快便被撲滅。
除此之外，霹靂軍還大量養貓。霹靂軍糧倉為了防潮主體由木頭，其餘部分由水泥漿徹，算得上十分牢固，卻仍經不過老鼠日複一日的啃咬，養貓能從鼠口中奪回寶貴的糧食。歐陽軒親自下令養貓是因為老鼠是鼠疫杆菌的宿主，也是移動的專染源。蒙古人活動的草原地帶是鼠疫病的高發區，南下的蒙古騎兵也將傳染源帶到了漢地。更可惡的是蒙軍作戰也常使用生物戰，即將病死者的屍體用投石機拋入敵方的城軍，以汙染水源和糧食，從而達到不戰而勝的目的。事實上，在綿水前線，楊文安部發生瘟疫後，蒙軍也曾企圖將病死的新附軍屍體拋過來，卻被霹靂軍挫敗了。
對付天花病毒，歐陽軒提出的牛痘接種法是最好的預防手段。由於牛痘病毒和天花病毒共有交叉反應抗原，所以可以誘發機體產生自動免疫以預防天花。這項技術是從感染天花的牛身上取出膿汁和痂皮，接種到健康人的身上使之獲得免疫力。事實上霹靂軍早在去年便研發出了這種技術，餘柱帶到流求的士兵和技術人員便是第一批接種者。隻不過霹靂軍牛隻缺乏，不僅要用於耕地也用於在礦山和工廠作為動力，實在騰不出多少來牛來用於提取疫苗。牛是重要的戰略物資，但購買要比戰馬容易的多，故經過一年貿易已積累了不少牛隻。有了充足的牛隻，歐陽軒和唐順商議之後，便決定在霹靂軍境內大規模接種牛痘。
預防醫學的另一個重要方麵便是消毒劑的研發和生產。雖然歐陽軒是化工專業，但要在當下的生產條件下，大規模生產出含碘、含氯、含醇消毒劑來，也是不現實。一方麵是工業生產條件不達標，彆一方麵也是成本實在太昂貴了，根本無法大麵積使用。故歐陽軒和唐順商議，一方麵繼續改進消毒劑的生產工藝，待原材料充足時再行生產。另一方麵則是采用傳統的消毒方式，如用火焚燒、用沸水燙。草木灰浸出液也是很好的消毒劑，當然使用的最多的，還是生石灰及其製成的消毒劑，量足又便宜。