海山繼位之後，繼續推行寬鬆的政策，想要實現忽必烈時期的偉大構想，東西真正一統（鐵穆耳隻是形式上統一了東西），但是當時朝廷皇帝海山、皇太子愛育黎拔力八達、皇太後答己三旨並行的格局讓他深感不便。
於是海山在中書省之外（此時中書省的老大是皇太子愛育黎拔力八達）設置尚書省，以分中書省權力，尚書省的大臣都是在漠北時他的親信，利用尚書省推進改革。
他一方麵改革紙鈔發行製度，想要穩定住紙鈔的地位，發行“大元通寶”和“至大通寶”，並允許前朝曆代銅錢可以一起在市麵流通（頗有權宜之計的意思）。另一方麵還下令準備整飭吏治（不過這事一直到他去世都還隻是停留在製定方案的階段，畢竟這個時候的蒙古諸王沒有不貪的，大臣也都有樣學樣，你讓自己製定製度整飭自己，能試行下去才是見鬼了，這事兒雖然沒乾成，但是卻把上上下下的官員給得罪了一遍。）同時他還大肆分封有功之臣，大興土木，在登基第十天就下令在上都和大都之間的，旺兀察都（河北張北）興建元中都，他還下令在上都和大都大量修建寺廟。
從現在來看，海山製定新的貨幣政策、大力倡導反腐，在當時是直指時弊的，可惜他這皇帝不咋當家，以至於好的政策沒咋見成效，反而因為大肆分封、大興土木更加劇了國家矛盾。這一係列舉措，不但招致許多大臣反對，同時也加劇了他和皇太子、皇太後之間的矛盾。
這裡要說一下，為什麼海山在位的時候會出現三令並行這種奇觀呢？皇帝、太子、皇太後身後代表著三方勢力，皇太子愛育黎拔力八達因自小接受儒家思想教育，其老師李孟又是大儒，因此他天然的和儒家官員親近，獲得他們的支持在所難免，而因為海山登基後，大肆安排自己的親信，惹來蒙古諸王不滿，他們紛紛投靠到維護他們利益的皇太後答己身邊，而皇帝海山支持者就是他的漠北親信，相較於答己他的勢力是弱了一點，畢竟元朝的大權掌握在蒙古諸王手裡。
皇帝和皇太子的衝突擺上桌麵，是因監察禦史張養浩在至大三年上書的《時政書》，裡麵列舉海山十項弊政：一曰賞賜太侈、二曰刑禁太疏、三曰名爵太輕、四曰台綱太弱、五曰土木太盛、六曰號令太浮、七曰幸門太多、八曰風俗太靡、九曰異端太橫、十曰取相之術太寬。
啥意思嘞？意思就是說啊你海山賞賜諸王的土地、財寶太多了，對刑法不重視，封的爵位太多以至於質量下降，不講究長幼尊卑，建造的宮殿、廟宇太多，發號的施令沒啥實際意義（就是假大空），給奸佞小人做官的門路太多（朝中奸詐小人太多），宴飲頻繁且奢華無度，各種教徒橫行無忌，經常愛算命（比較相信相士的胡言亂語）。
要說這些話都是實話，舉個例子大家就知道異端太橫是啥意思了：海山上台之後，製定了優待喇嘛的政策（終元一朝，國教一直是藏傳佛教，藏傳佛教地位之高沒有能與之匹敵的），規定老百姓毆打喇嘛的砍手，辱罵喇嘛的斷舌。至大元年（1308年），發生過這麼一件事，也說明喇嘛在元朝的地位之高：說是在上都，居住在開元寺的喇嘛強搶賣柴人的柴火，被賣家告到上都留守長官李璧那裡，李璧升堂正在問岸，結果這時候一群喇嘛手持武器殺進大堂，不但把賣柴人打死了，還把李璧拖在地上一頓毒打，就這不儘興，還關了李璧禁閉，李璧咽不下這口氣，上書告狀，結果是不了了知。第二年又發生了更離譜的事，一群喇嘛在路上走，因為諸王合兒八剌之妃忽禿赤的斤搶了他們的道，結果這群喇嘛竟然不由分說的把王妃拉下車打了一頓，事情報上後，海山也是置之不理。這些事都反映出喇嘛在元朝的權勢之大，這樣大家就能明白金庸先生的神雕裡麵金輪法王為何敢如此囂張了吧，因為他就是這麼囂張，簡直就是二皇帝。