1620年（萬曆四十八年）七月，神宗病死，皇太子朱常洛繼位，是為光宗。1620年（萬曆四十八年）八月，光宗得病，宮廷醫生崔文升進了泄藥，光宗服後病勢加重。鴻臚寺丞李可灼自稱有“仙方”，光宗服了他進奉的兩顆紅丸後，不出一天，在1620年（萬曆四十八年）九月初一日突然駕崩，於是廷臣大嘩 。首輔方從哲還擬旨賞賜李可灼白銀五十兩，更激起了朝臣的責難。東林黨人楊漣、惠世揚、高攀龍等先後上書，指出故意用泄藥的崔文升是鄭貴妃心腹，責問方從哲為什麼加以庇護。還聯係梃擊案，聲稱張差謀逆，是鄭國泰主謀。由於鄭氏集團和方從哲的阻撓，此案未予追究，直到1624年（天啟四年），朝廷才判處李可灼遣戍，崔文升貶謫到南京。
移宮
移宮案
光宗剛剛繼位時，鄭貴妃為了控製他，將自己宮中的李選侍（選侍是沒有封號的宮嬪）送給光宗，很得光宗的寵愛。光宗死後，由十六歲的皇長子朱由校繼位，李選侍也應立即遷出宮內正殿乾清宮。李選侍企圖挾製朱由校以弄權，仍與朱由校住在乾清宮，不肯遷出。她還讓心腹太監盜竊宮中珍寶去賄賂首輔方從哲；又放出空氣說皇長子年幼，宜由李選侍以太後身分垂簾聽政。東林黨人楊漣、左光鬥等人指出，皇長子已經成人，並揭露說，這是“將借撫養之名，行□□之實”。惠世揚更大膽指斥“李選侍原為鄭氏私人，麗色藏劍”，並指責方從哲通過內監得賄，同她勾結。在這場爭議中，鄭貴妃、李選侍、方從哲不僅理虧，而且他們當時還沒有掌握最高權力，所以東林黨人終於占了上風。李選侍移出了乾清宮，朱由校在東林黨人支持下，擺脫了鄭貴妃、李選侍的挾製，於1620年（萬曆四十八年）九月初六日即位，是為明熹宗。
爭京察
在圍繞皇位繼承權進行爭鬥的同時，東林黨人同反東林各派展開了尖銳的權力之爭。這表現於許多方麵，主要是爭“京察”。京察是明代考核京官的一種製度，規定六年一次，稱職者予獎或晉升，不稱職者處罰或斥退。爭京察就是爭朝廷的人事大權。1605年（萬曆三十三年）的京察，由東林黨人、吏部侍郎楊時喬主持。他在京察中提出要處分的人，有幾個是首輔沈一貫的黨羽。沈一貫的黨羽錢夢皋等人受到包庇，未遭處分，而楊時喬反被嚴旨斥責。不過，東林黨人和其他一些朝臣一再奏劾沈一貫遍置私人、欺上瞞下，沈一貫也被迫謝病不出，於次年退休。1611年（萬曆三十九年）京察時，東林黨人、大學士葉向高主持朝政，這一次，齊、楚、浙、宣、昆等黨一些人物被罷了官。但在南京則出現了另一種局麵。原來明朝明成祖在1421年（永樂十九年）從南京遷都北京以後，仍在南京（時稱留都）保留了一套中央官署。這次在南京主持京察的，是齊、楚、浙黨方麵的官員，他們排斥了所有支持東林黨領袖李三才的東林黨一派的人。1617年（萬曆四十五年）京察時，方從哲秉政，齊、楚、浙等黨多居要職，於是又排斥了東林黨人。終萬曆一朝，東林黨人大部分時間不掌握朝政，所以在京察中基本上處於不利的地位。他們支持熹宗繼位後，才受到重用。1623年（熹宗天啟三年），當時東林黨人葉向高是首輔，趙南星則以左都禦史身分參與主持京察，他痛斥齊黨亓詩教、楚黨官應震等人，堅決罷了他們的官。
政治思想
一、反對空幻虛無、談空說玄。
東林學派以東林書院為陣地，通過講學、論辯、研討、撰文、出書，對王陽明“心學”及王學末流在道德修養和認識論方麵宣揚的種種虛、空、玄的主張和說教進行猛烈的抨擊和批判，從而推動了實學思潮的高漲。
二、提倡求真務實、實學實用。
儘管東林書院和我國古代其他書院一樣，講學和學術研究的主要內容也是儒家經史著述，但其不論在內容上、形式上和方法上都針對性、實用性較強，強調從實際出發，注重講實學，辦實事，有實用，求實益。這一點在東林書院的組織管理、規章製度、講學和學術研究的內容、方法，以及關於東林講學活動情況和顧憲成、高攀龍等東林領袖生平言行的記載中，都有比較清楚的反映。諸如：《東林書院會約儀式》第一條強調，會講屬業餘自願性質，所以參加會講的通知不必要求每個人都來參加。第三條規定，舉行會講時，主持會講的會主由大小會公推產生，根據實際需要，由不同學者擔任；第四條規定，每次會講推舉一人講《大學》、《論語》、《中庸》、《孟子》即“四書”中的一段內容，然後大家“有問則問，有商量則商量”。第十一條強調要儘量簡化來與會的學人之間的交拜手續，不搞繁瑣的禮節和形式主義。
開放言路，反對宦官乾政，反對礦稅，是東林黨的三項具體主張。
明朝中期以後，江南地區的商品經濟和工場手工業更加發展。在一些工商業發達的城市，商人、作坊主、手工匠以及其他城市平民，開始形成為一支新的社會力量，給當時的社會矛盾和鬥爭帶來了新的影響。東林黨就有不少人是中小地主兼營工商的。他們有的人突破了傳統的農為國本的經濟思想，提出了工商皆本的新觀點。如趙南星說：“士農工商，生人之本業。”李應升反對關卡重重、商稅繁多，要求執政者“愛商恤民，上不妨工而下利於途（指販運）”。
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