此事最奇怪的是“死、傷者皆裸體”，為空前罕見的怪事，令明末清初的名人學士大惑不解。例如：
有一紹興人士周吏目的弟弟，名周季宇，當天上午去菜市口買一藍紗褶，中途遇上6個友人，於是停下行禮拜揖。禮還沒拜完，頭忽然飛去，而另外6個人卻纖毫未傷；在粵西會館路口，有一學館，其中有學童32人，一響之後，先生和學生俱無蹤跡；宣府新推總兵正出門拜客，走到圓宏寺街時，一聲巨響，一行7個人都沒了蹤影，同時消失的還有一匹據說是花千金才買到的寶馬；承恩寺街有一女轎經過，震後，隻見打壞的轎子仍在街心，而女子、轎夫都不見了；而經過玄弘寺街的女轎則幸運多了，一響掀去轎頂，轎中女子身上的衣服沒了，人卻沒事。
很多死者和傷者均赤身裸體，寸絲不掛。有一長班（侍從），巨響之後，帽子、衣褲、鞋襪一霎那全都不見了；有一人因壓傷一腿躺在地上動彈不得，見街上婦女赤體而過，有的用瓦片遮住下身，有的用半條腳帶遮掩著，有的披了半條褥子，有的披著一幅被單，一會工夫就過去了數十人，那人見了哭笑不得。
屯院何廷樞正要出門拜客，大震一聲後，全家人被埋入土中。何廷樞的兩三個文書手持鍬钁站在瓦礫上，大呼道：“底下有人可答應！”忽有人應道：“救我！救我！”眾人問道：“你是誰？”應道：“我是小二姐。”原來是何廷樞的愛妾。文書趕緊把她刨出來，隻見她“身無寸縷，以手掩陰，羞赧無措”。一文書急忙脫下大褂給她蓋上，扶著她騎驢走了。
震崩後，有人報信說，許多紅細絲衣等都飄至西山，大半掛在樹梢上；還有的飄到了昌平教場中，器皿、首飾、銀錢無所不有。戶部張鳳逵派長班前去驗對，果不其然。豐潤等縣治，樹上也掛滿成堆的衣服；還有的人，突然莫名其妙地出現在彆人家中；“更有失手足頭目於裡外得之者”。而落在昌平州教場的衣服成堆。戶部（管民政的機構）派長班去昌平查驗，長班回來報告果然衣服、器皿、首飾、金銀、鞋襪俱有。戶部張鳳奎將此事寫入奏折向皇帝彙報。
文獻中“但見飆光一道，內有大光”，“煙塵障空，白晝晦冥”等記載與現今科學證實了的隕石墜落時會出現的情況很吻合。而且當隕石墜地時會發出巨大的震動、聲響，這與記載中的“有聲如吼”也一致。不過“隕石說”又難以解釋爆炸發生之前出現的那些情況，以及為什麼會將幾噸重的大石獅子拋到數裡之外。對於隕石墜落這樣一件大事，在曆來重視天文觀測的中國，有專門的天文水利觀測記錄中卻點滴未見，很難解釋得通。
龍卷風災難說
龍卷風是一種小範圍的強烈旋風，壽命短，屬於小尺度對流性天氣係統。因此，龍卷風的發生必須具備對流性天氣發生的條件。龍卷風具有很大的破壞力，所經之處，樹木、房屋、農作物等都可能被席卷一空，撕得粉碎。但震後有人入京報告，西山飄來大量衣服掛於樹梢，隨風飄揚。昌平州教場中衣服成堆，器皿、首飾、銀錢也落得滿地都是。選擇性地轉移物品，沒有人感覺到風的存在，說明災難當時沒有發生龍卷風或颶風。
火藥焚爆說
對於這次巨大災變，明末清初的誌、史書中多認為起因是“王恭廠災”，意為皇家部隊的火藥庫爆炸引起的。王恭廠明中葉一度製造過火藥。我國是世界上火藥□□的發明國，也是最早使用□□的國家，早期古代製造火藥係為兵卒釋放作為聯絡信號，另外，明代是中國科技史上的一個重要發展期，其中軍事科技，也不例外，得到了大發展，有可靠資料顯示中，明代軍隊對於火藥□□的使用非常廣泛，明朝中後期，明軍使用火器的部隊，高達百分之六十。另外百分之四十分彆為百分之二十的騎兵和百分之二十的步兵，其中騎兵亦有一部分使用火器的騎兵，因此可知，王恭廠，確實有一定數量的軍火儲存，王恭廠附近有兵營和軍火庫以及兵工廠，駐有士兵，但其規模比不上現代中國的兵工廠大。即使是軍火倉庫裡火藥成堆，但當時的黑色炸藥威力相對較小，所以就有人推測，就算全部點著，也不過將軍火庫以及周圍的房屋燒光、焚爆為平地而已，絕不會死傷數千數萬人。特彆是當時的司禮太監若愚明確記敘“王恭廠”是負責管營建的皇家部隊後勤部。有錢、糧草、馬匹是真的，也不排除有儲備火藥的庫房，所以將都城災變一起推給王恭廠爆炸是錯誤的。當然，王恭廠也在爆炸範圍內，居住附近的百姓說王恭廠有鐵砂紛紛飛散，但這是在“蘑菇”雲、“靈芝”雲落地之後，衝擊波摧毀了小火藥儲蓄室必然的結果，絕非王恭廠失火引起的災變。況且史、誌各書如實記載這次災變“不焚寸木”、“焚燎之跡全無”，因此，也有人認為王恭廠，是災變的受害者，根本不是災變的罪魁禍首。
史書記載編輯
關於大爆炸的情況，在《明實錄·熹宗實錄》、《國榷》、宦官劉若愚所著《酌中誌》、北京史地著作《帝京景物略》、《宸垣識略》中都有記載，尤其是根據當時屬於官方的、相當於現在政府新聞公報性質的邸報底本，佚名抄撰《天變邸抄》對王恭廠災變記述極為詳細。
明宮史
明朝天啟皇帝的司禮太監劉若愚，是這次大災變的目擊者之一，在他所著的《明宮史》一書中，詳儘地記述了這場巨大災變：
“天啟六年（公元 1626 年）五月初六辰時（注：上午 7～9 點），忽大震一聲，烈逾急霆，將大樹二十餘株儘拔出土，根或向上，而梢或向下；又有坑深數丈，煙雲直上，亦如靈芝，滾向東北。自西安門一帶皆飛落鐵渣，如麩如米者，移時方止。自宣武門迤西，刑部街迤南，將近廠房屋，猝然傾倒，土木在上，而瓦在下。殺死有姓名者幾千人，而闔戶死及不知姓名者，又不知幾千人也。凡坍平房屋，爐中之火皆滅。惟賣酒張四家兩三間之木箔焚然，其餘了無焚毀。凡死者肢體多不全，不論男女，儘皆裸體，未死者亦皆震褫其衣帽焉。”
明季北略
明末著名曆史學家計六奇在他寫的《明季北略》一書中，也生動地敘述了這次大災變：
“天啟丙寅五月初六日巳時（注：上午 9～11 點）天色皎潔，忽有聲如吼，從東北方漸至京城西南角，灰氣湧起，屋宇震蕩。須臾，大震一聲，天崩地塌，昏黑如夜，萬室平沉。東自順城門大街，北至刑部街，長三、四裡，周圍十三裡，儘為齏粉。屋數萬間，人二萬餘，王恭廠一帶糜爛尤甚。僵屍重疊，穢氣熏天，瓦礫騰空而下，無所辨彆街道門戶。傷心慘目，筆所難述。震聲南自河西務，東自通州，北自密雲、昌平，告變相同。京城中即不被害者，屋宇無不震裂，狂奔肆行之狀，舉國如狂。象房傾圮，象俱逸出。遙望天氣，有如亂絲者，有五色者，有如靈芝者，衝天而起，經時方散。”
天變邸抄
明朝的官方報紙—《邸報》為這場大災變而頒發的“號外”—《天變邸抄》之中。《天變邸抄》還記載了大震爆發後許多人失蹤的事件：
“大木飛至密雲，石駙馬大街五千斤大石獅子飛出順城門外”。
“長安街一帶，時從空中墮人頭，或眉毛或鼻，或連一額，紛紛而下”。“德勝門外，墜落人臂人腿更多”。
“宣府新推總兵拜客至元宏壽大街，一響和馬同長班七人並無蹤跡”。