功成引退
正當範文程勵精圖治業績顯著的時候，朝中政局發生了重大變化，使他不得不抑製雄心壯誌，置身中樞之外。攝政王多爾袞率清軍入主中原以後，權勢急劇膨脹，初晉叔父攝政王，再升皇叔父攝政王，順治五年竟當上了皇父攝政王，大有取代福臨帝位之勢。範文程蒙受皇太極特恩殊寵，知恩圖報，竭力效忠朝廷，誓死不忘故主，至是，見朝政日變，多爾袞權大逼帝，同僚剛林、希寵背主轉附多爾袞，福臨之位岌岌可危，心中十分不滿。兼之，幾年以前豫王多鐸奪己妻遭罰，難免有恨，恐將恃權報仇。形勢非常明顯，範文程要想晉爵加祿牢居相位，避免多鐸謀害，就得離棄幼君投靠多爾袞，要想保持氣節，忠貞不渝，就要開罪於皇父攝政王，身家性命難保。左思右想，進退兩難。最後，範文程決定托疾家居。此情當然引起多爾袞不滿。因此，儘管範文程於開國定製大有貢獻，威望甚高，從順治元年起就名列大學士之首，但攝政王對剛林、馮銓、祁充格三位大學士更為信用，範文程逐漸被排除於議政之外。
順治七年（1650年）十二月，多爾袞病逝，順治八年（1651年）閏二月，剛林、祁充格以諂附多爾袞妄改《□□實錄》刪去大福晉阿巴亥等事，被處以死刑，範文程亦係同改之人，刑部擬議革職，解任，籍沒其家，諸王大臣覆議，擬令其革職折贖留任。順治帝批示：“範文程曾效力太宗朝，在盛京時，又不曾預貝子碩讬之罪，後知睿王所行悖逆，托疾家居，眾亦共知。睿王取去剛林時，以範文程不合其意，故不取去。範文程著革職，本身折贖，仍留原任。前所行情罪已結，今後於委任職掌，當矢忠報效。”不久，範文程即複官。
順治九年（1652年）遇恩詔，複進世職為一等子，授議政大臣，任《太宗實錄》總裁官。範文程繼續儘心竭力佐治國政，三月初八日，他偕同僚參奏會試中式第一名舉人程可則“文理荒謬，首篇尤悖戾經注，士子不服，通國駭異”，請敕部議處。順治帝命革退程可則，懲治考官胡統虞等人。
順治十年（1653年）正月，範文程又上奏恢複連坐法，奏請允許部院三品以上的大臣各舉所知之人，若被舉之人任官後稱職，獎勵保舉者，如其不稱職，按罪之大小，進行論罪。他認為，“此法實行，則內外皆得真才，而天下無有不治者矣”。順治帝下詔從其議。八月，加範文程少保兼太子太保。九月，年近花甲的範文程上疏，以病奏請休致。
順治十四年（1657年），範文程的官銜又升了一級，順治帝派遣畫師去範文程家裡畫了他的像，放在宮內不時觀看。
康熙二年（1662年），範文程奉命祭告太宗山陵，趴在地上悲傷的哭，人扶著都不能起來。
因病去世
康熙五年（1666年）八月初二日，範文程因病去世，終年70歲。 康熙帝知悉文程病故，親撰祭文，遣禮部侍郎黃機諭祭，賜其葬於河北懷柔縣紅螺山，諡“文肅”。完善官製
雖然文館至天聰十年（1636年）三月才改為內三院正式設立大學士，但在此之前，範文程實際上已被皇太極當作類似此職之親信內臣來使用，經常被召入宮，與皇太極密議軍國要事。 因此，當初編漢軍旗時，廷議首推範文程。後來任固山額真，而皇太極卻不願讓其離開文館，曾下諭：“範章京才堪勝此，但固山職一軍耳。朕方資為心膂，其彆議之。”天聰九年（1635年）二月初七日，皇太極因漢官及諸生動以立即興師伐明陳奏，認為此議不妥，係“不達時勢之見”，“乃小人之淺見”，下諭給刑部承政高鴻中及文館寧完我、範文程等人，對這種意見予以批評，指出此時“人心未及安輯”、“城郭未及修繕”，不能盲目動兵。將來時機到了之後，大軍伐明，那時明帝如棄京而走，或遣使求和，是追擊逃帝，還是圍攻京城，是允和還是拒和，對其人民如何安置，對八旗貝勒等人之貪得之心，如何禁止，等等重大問題，令範文程等“酌議疏奏”。
緩和局麵
崇德六年（1641年）皇太極因為多爾袞兄弟的錯誤十分生氣，多爾袞等人雖然引咎自責，但並不心悅誠服，君、王、將之間的關係非常緊張。多爾袞身為正白旗旗主、和碩睿親王，“統攝”吏部，其親弟為鑲白旗旗主、和碩豫親王多鐸，其同母之兄阿濟格是英郡王，三兄弟擁有二旗，皆驍勇善戰，軍功卓著。安平貝勒杜度、公碩讬，是禮親王代善所轄正紅、鑲紅二旗係統中的實力人物，代善遭皇帝壓抑，心懷不滿。固山額真阿山、譚泰等二十餘名官員，皆是開國有功之戰將。統治集團中這樣多的人員與皇帝長期不和，將會帶來嚴重惡果。
範文程此時已是久經鍛煉智謀高超蒙帝寵信之大學士，為了改變這種狀況，他於四月初五日偕大學士剛林、學士額色黑奏稱：“國中諸王貝勒大臣，半皆獲罪，不許入署，不準晉謁皇上，他們回家日久，又將去錦州更替鄭親王，對明作戰，“各部事務，及攻戰器械，一切機宜俱誤”，望皇上息怒，令其入署辦事。皇太極允準，諸王貝勒大臣“遂各赴署辦事’。範文程為協調皇帝與諸王之間的緊張關係，立下一功。