袁崇煥害怕自己去往邊關以後，朝廷中難免有人會再次誹謗自己，於是將此事告訴朱由檢，朱由檢在大學士劉鴻訓等人的建議下，收回王之臣、滿桂的尚方寶劍，將其賜給袁崇煥。鑒於此前熊廷弼、孫承宗都因為受到排擠陷害，使自己的意願難以舒展，袁崇煥於是又上書說：“恢複遼地的計策，不外乎臣往年所提出的以遼人守遼土，以遼土養遼人，防守是正規的策略，攻戰是變通的策略，和議是輔助策略的說法。執法在循序漸進而不在突變猛進，在追求實效而不在貪圖虛名。這是臣與諸邊防官員所能做到的。至於選擇用人的入，與被人用的人，都是皇上掌握其中的關鍵。怎麽才能用人而不三心二意，相信而不懷疑？因為駕馭邊防大臣與朝廷大臣不同，軍中可驚可疑的事特彆多，隻應當談論成敗的大局，不必摘取一言一行的細小過失。事情的責任既然重大，招致怨恨實在多。各種有利於邊疆的事情，都是不利於自身的。況且謀取敵人急，敵人亦從而離間，因此作邊疆的大臣很難。陛下愛護臣了解臣，臣何必過於疑慮懼怕，但心中有所危懼，不敢不告訴。”朱由檢發優詔答覆袁崇煥，並賞賜蟒袍玉帶、銀幣，但袁崇煥上疏推不接受辭蟒袍玉帶。
崇禎二年（1629年），駐守寧遠的來自於川、湖等地的士兵因為軍餉的事而嘩變，袁崇煥用計將其平定。而後袁崇煥請求將寧遠、錦州合為一鎮，讓祖大壽鎮守錦州，何可剛替代朱梅駐寧遠，趙率教守關門，袁崇煥自駐寧遠，同時上書給朱由檢極力稱讚祖大壽等三人的才能，並說自己五年複遼的計劃全靠這三人來實現，如果五年後沒有實現，他將親手將這三人斬殺，自己到司法部門領罪服死。朱由檢加封袁崇煥為太子太保，並賜給蟒衣銀幣。
殺毛文龍
崇禎二年（1629年），袁崇煥以東江毛文龍雖然能牽製後金軍，但毛文龍耗費的錢糧實在太大，袁崇煥上書請求讓朝廷派人來管理毛文龍部的軍餉，毛文龍不喜歡有文官監製著自己，於是上書爭辯。而後毛文龍前來拜謁袁崇煥，袁崇煥以上賓之禮接待毛文龍，毛文龍也不謙讓，袁崇煥於是決定殺掉毛文龍。
同年五月，袁崇煥以閱兵為由去見毛文龍，毛文龍設宴與袁崇煥喝酒，倆人常常喝到半夜，毛文龍沒有覺察到袁崇煥的來意。袁崇煥提議更改軍營製度，設置監察官員，毛文龍對此建議感到不高興，袁崇煥用回鄉來打動他，毛文龍說：“我向來有這個意思，但隻有我知曉遼東的事務，遼東的事情解決後，朝鮮衰弱，可以襲擊占有。”袁崇煥對毛文龍的回答感到不高興。
而後袁崇煥邀請毛文龍觀看將士射箭，預先在山上設置好帳篷，令參將謝尚政等率兵埋伏在帳外。毛文龍到了之後，他的部下沒能入內。袁崇煥說：“我早晨就走，你擔當海外的重托，請受我一拜。”毛文龍回拜之後倆人開始登山。路上袁崇煥問隨從官員的姓名，大多都是姓毛的。毛文龍說：“這些都是我的孫子。”袁崇煥笑著說：“你們在海外長久勞累，每月祿米隻有一斛，說來痛心，也受我一拜，請為國家儘力。”眾人都叩頭道謝。
袁崇煥接著說幾件毛文龍違法做的事，毛文龍與其爭辯，袁崇煥厲聲斥責毛文龍，下令將毛文龍的冠服去除並捆綁起來，毛文龍表示不服，袁崇煥於是列數毛文龍的十二條罪狀，拿出尚方寶劍，將毛文龍斬殺。
袁崇煥殺了毛文龍之後，害怕他的部下叛變，於是增加他們的餉銀，但是島上的人沒有主帥，人心背離，難以使用，而後會導致叛離。袁崇煥上書給明廷：“東江鎮是牽製敵人所必須依托的。現確定兩協的編製，馬軍十營，步軍五營，每年餉銀四十二萬，米十三萬六千。”皇帝朱由檢對兵員減少軍餉卻增加的事情感到疑慮，但是一看是袁崇煥奏請的，也就答應了他。
己巳之變
崇禎二年（1629年）十一月，後金主皇太極舉兵數十萬分彆進入龍井關、大安口，袁崇煥聽聞後率領祖大壽、何可剛入關守衛，所經過的薊州、撫寧、永平、遷安、豐潤、玉田各城，都分兵留守。皇帝朱由檢得知後非常高興，下令嘉獎袁崇煥的部下，並讓袁崇煥統領指揮各地援軍。
但不久之後，遵化、三屯營都被後金軍攻破，趙率教也在遵化戰役中中流矢陣亡， 巡撫王元雅、總兵朱國彥自儘而死。後金軍越過薊州往西，直逼京城，袁崇煥忙率兵護衛京師。朱由檢召見袁崇煥，賞賜禦用酒菜及貂裘慰勞袁崇煥，袁崇煥以兵馬長途奔波，疲憊不已，請求入城休整，但遭到拒絕。於是袁崇煥駐軍城外，與後金軍鏖戰，互有勝負。 袁崇煥令戴承恩在廣渠門列陣，祖大壽於南麵列陣，王承胤在西北列陣，袁崇煥在西麵列陣以備戰，中午時刻，清騎兵從東南麵進攻，祖大壽率兵奮力接戰，而王承胤卻拔陣向南避戰。後金軍力戰祖大壽不下，於是撤退，明將劉應國、羅景榮等人率兵進行追擊，殺傷後金軍千餘人，而明軍死傷也很多。收兵後，朱由檢用酒食犒賞軍隊。 袁崇煥有派遣任守忠率領五百人用火炮轟打金營，後金軍撤退，京都之威遂解。
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