參與軍政
皇太極繼位為汗之後，與十四位貝勒議定君臣之間的禮儀，並且盟誓昭告天地。誓詞賦予代善與阿敏、莽古爾泰三位大貝勒教訓子弟的特權，他們對阿巴泰、阿濟格等十一位“子弟貝勒”，有管教之權、轄束之權，如果這些貝勒藐視代善三人，則將短命而亡。
1626年（天命十一年）農曆十月初，代善和阿敏等八位貝勒，率精兵一萬，往攻蒙古喀爾喀紮魯特部，生擒巴克貝勒父子及喇什希布、戴青、桑噶爾寨等十四貝勒，斬鄂爾塞圖貝勒，俘獲其子女人民牲畜之後返回。
1627年（天聰元年）正月初一，後金國舉行新年朝賀儀式，皇太極居中，代善與阿敏、莽古爾泰分坐其左右，四人並肩端坐殿上，接受群臣叩拜。
1629年（天聰三年）農曆十一月，皇太極親率大軍征明，嶽托與濟爾哈朗率右翼軍夜攻大安口，毀水門而入，擊敗馬蘭營援兵於城下。代善和莽古爾泰夜入禦帳，不許諸貝勒大臣入內，與皇太極密議說，我軍深入敵境，勞師動眾人困麻煩，即使攻入明朝邊境，也是敵眾我寡，建議皇太極立即班師回朝。皇太極雖不滿，但麵對兩大貝勒的共議，又不得不做出讓步。當天深夜，嶽托、濟爾哈朗諸貝勒一起給代善、莽古爾泰施加壓力，最終使代善與莽古爾泰收回成議，之後五戰皆勝。後金軍進逼明都北京，代善率領兒子嶽托擊敗明朝援兵。
南征北戰
參見詞條：大淩河之戰
1631年（天聰五年）農曆八月，代善與子嶽托率正紅、鑲紅二旗兵丁，參加了皇太極發動的進攻大淩河之戰，父子分領本旗兵攻城之西麵。金軍圍城曆時三月，擊敗總兵吳襄等來援明兵四萬，生擒監軍張春，迫使糧儘援斷的大淩河總兵祖大壽開城投降。當時被擒各明朝官員都跪拜在地上，唯獨獨張春不跪。皇太極大怒，拉弓想要射死張春，代善勸諫說：“這個戰俘想以死成名，何必殺死他成全他？”於是，皇太極對張春置之不理。
1632年（天聰六年）年初，代善主動要求放棄自己與皇太極平起平坐的特權。在他的堅持下，皇太極最終同意將代善和莽古爾泰的座位低於自己，分彆坐在他的左右。
1632年（天聰六年）農曆四月，代善跟隨皇太極討伐察哈爾，越過興安嶺之後，聽說林丹汗逃往遠處，於是後金軍轉移目標攻取歸化城，大同、宣府，與沙河堡、得勝堡、張家口諸守將議和之後返回後金國。
1634年（天聰八年）農曆五月，代善又跟隨皇太極進攻明朝，兵出榆林口，至宣府邊境外，分兵從喀喇鄂博攻占得勝堡，從朔州進取馬邑，在山西大同會師之後返回。
遭受斥責
1635年（天聰九年）農曆九月，因為代善私自設宴款待，並饋贈財帛給怨恨皇太極的姐姐哈達公主，皇太極登門責問代善是何居心。之後，皇太極召集諸貝勒大臣會議，羅列代善一係列罪名，並予以當麵斥責：“古往今來，無論強大的君主，幼小的君主，擁戴為君的，都是君主。既為君主，就要一統製令，怎能不分輕重？而今，正紅旗（代善所統）貝勒等輕視君主之處太多。大貝勒以前隨我征伐明國，違背眾貝勒意願欲中途回軍。出征察哈爾時，又固執欲回。此外，賞罰不公，偏袒本旗。我喜歡的人，他討厭，我厭惡的人，他喜歡，這不是離間相互關係嗎？”
皇太極在曆數代善罪狀後，宣布閉宮不出，要眾貝勒另選他人為君。於是眾貝勒集議，給代善定罪，並跪請皇太極親政。眾貝勒一致譴責代善蔑視汗王的行為，擬革去大貝勒，並削和碩貝勒職，奪去十牛錄人口。皇太極給予從寬處理，免革貝勒職，免奪十牛錄人口。代善被責以後，克製退讓，自居臣僚。
壓抑晚年
1635年（天聰九年）農曆十二月，代善和諸貝勒再三勸進，擁戴皇太極為帝。當皇太極要諸貝勒立誓以表忠心時，因為代善年邁，命令他可以免去立誓，代善卻堅請參與盟誓。經皇太極同意後，代善對天立誓說：“代善誓告天地，自今以後，若不克守忠貞，殫心竭力，而言與行違，又或如莽古爾泰、德格類謀逆作亂者，天地譴之，讓代善不得善終。“
1636年（崇德元年）農曆四月，皇太極即皇帝位，建國號為大清，改元崇德 。冊封大貝勒代善為和碩禮親王，其子嶽讬為和碩成親王，世襲罔替。農曆五月，代善第三個兒子薩哈廉病逝，皇太極特意和代善、嶽托去渾河觀看漁獵，以解代善之憂。八月初十日，皇太極就諭令鄭親王濟爾哈朗等集議嶽讬之過，議定的五條罪狀中第一條便涉及代善。儘管這些罪過缺乏根據，難以成立，可是諸王竟將此定為大罪，擬處死嶽讬或“□□籍家”。後來皇太極下諭，嶽讬免死釋放，革王爵為多羅貝勒，罰銀一千兩。同年冬，代善跟隨皇太極討伐朝鮮。
1637年（崇德二年）六月二十七日，皇太極命追論征朝鮮時諸王大臣違犯軍紀之過。法司給代善定了六條罪：一、違令多收十二名侍衛；二、誣稱係吏部車爾格令其多收；三、明知多收侍衛而說不知；四、以戴翎侍衛充當使令下役；五、違製在朝鮮王京養馬；六、妄遣家丁私往造船處。法司擬議革代善親王爵，罰銀一千兩，馬匹人丁入官。皇太極召集王公貝勒大臣，當眾宣布這些罪狀，羞辱以後，“悉宥之”，但卻斬殺庇護其主的戶部參政恩克。